B박스 아연 핑거

B-box zinc finger
zf-B_box
PDB 1fre EBI.jpg
xnf7 B박스, 발달단백질 구조
식별자
기호.zf-B_box
팜PF00643
인터프로IPR000315
프로 사이트PDOC50015
SCOP21fre/SCOPe/SUPFAM
CDDcd00021

분자생물학에서 B-box형 아연 핑거 도메인은 길이가 약 40개의 아미노산 잔류물의 짧은 단백질 도메인이다.B박스 아연 핑거는 두 그룹으로 나눌 수 있으며, 타입 1과 타입 2 B박스 도메인은 합의 순서와 7-8의 아연 결합 잔류물의 간격에서 다르다.몇몇 단백질은 타입 1과 타입 2의 B-박스를 모두 포함하고 있어, 이 두 도메인 사이의 어느 정도의 협력성을 시사한다.

발생.

B-box 도메인은 다양한 유기체의 1500개 이상의 단백질에서 발견됩니다.그것들은 N-말단 RING 핑거(원래 A-box라고 불림)로 구성된 TRIM(Trim) 단백질에서 발견되며, 이어서 1-2개의 B-box 도메인과 코일 코일 도메인(RBCC for Ring, B-box, Coilled-Coil이라고도 함)이 뒤따른다.TRIM 단백질은 타입 2 B-box 도메인을 포함하고 타입 1 B-box를 포함할 수도 있다.RING 또는 코일 코일 도메인을 포함하지 않는 단백질에서 B-box 도메인은 주로 2형이다.많은 타입 2 B-box 단백질은 유비퀴티닐화에 관여한다.B박스 아연 핑거 도메인을 포함하는 단백질은 전사인자, 리보핵단백질 및 프로토온단백질(예를 들어 MID1, MID2, TRIM9, TNL, TRIM36, TRIM63, TRIC, NCL1 및 CONS 유사단백질)[1]을 포함한다.

마이크로튜브 관련 E3 리가아제 MID1(EC)은 타입 1 B박스 아연 핑거 도메인을 포함한다.MID1은 알파-4와 특이적으로 결합하며, 이는 다시 포스파타아제 2A(PP2Ac)의 촉매 서브유닛을 모집한다.이 복합체는 프로테아솜 매개 분해를 위한 PP2Ac 표적화에 필요하다.MID1 B-box는 두 개의 아연 이온을 조정하며 ZZ, PHD, RING 및 FYVE 아연 [2][3]핑거와 유사한 베타/베타/알파 크로스 브레이스 구조를 채택합니다.

호몰로그

도메인의 원핵생물 호몰로지는 여러 세균 계통과 메타노겐성 고세균에 존재하며, 종종 마름보이드 유사 세린 펩티다아제 및 Zn 의존성 메탈로펩티다아제와 같은 펩티다아제 도메인에 대한 융합을 나타낸다.다른 버전은 일반적으로 막 통과 나선을 포함하며 DNAJ, FHA, SH3, WD40 및 테트라토캅타이드 반복과 같은 영역으로의 융합을 보일 수 있다.이러한 연관성은 세포막 관련 단백질의 단백질 분해 처리, 접힘 또는 안정성에 있어 B박스 아연 핑거 도메인의 원핵 상동성자에 대한 역할을 시사한다.도메인 아키텍처 구문은 AN1 아연 핑거 [4]및 LIM 도메인의 원핵생물 호몰로그에서 볼 수 있는 구문과 현저하게 유사합니다.

레퍼런스

  1. ^ Short KM, Cox TC (March 2006). "Subclassification of the RBCC/TRIM superfamily reveals a novel motif necessary for microtubule binding". J. Biol. Chem. 281 (13): 8970–80. doi:10.1074/jbc.M512755200. PMID 16434393.
  2. ^ Massiah MA, Matts JA, Short KM, Simmons BN, Singireddy S, Yi Z, Cox TC (May 2007). "Solution structure of the MID1 B-box2 CHC(D/C)C(2)H(2) zinc-binding domain: insights into an evolutionarily conserved RING fold". J. Mol. Biol. 369 (1): 1–10. doi:10.1016/j.jmb.2007.03.017. PMID 17428496.
  3. ^ Massiah MA, Simmons BN, Short KM, Cox TC (April 2006). "Solution structure of the RBCC/TRIM B-box1 domain of human MID1: B-box with a RING". J. Mol. Biol. 358 (2): 532–45. doi:10.1016/j.jmb.2006.02.009. PMID 16529770.
  4. ^ Burroughs AM, Iyer LM, Aravind L (July 2011). "Functional diversification of the RING finger and other binuclear treble clef domains in prokaryotes and the early evolution of the ubiquitin system". Mol. Biosyst. 7 (1): 2261–77. doi:10.1039/C1MB05061C. PMC 5938088. PMID 21547297.

외부 링크

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