UC베이스
UCbase | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | Ultraserved Sequence 데이터베이스입니다. |
| 유기체 | 호모 사피엔스 근골근 노베기쿠스 |
| 연락 | |
| 연구소 | 오하이오 주립 대학교 |
| 실험실. | 카를로 M 교수 크로체, MD |
| 작가들 | 크리스티안 타치올리 교수, Ph.d |
| 주요 인용문 | Taccioli, C. et al.[1] (2014) |
| 발매일 | 2014 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://ucbase.unimore.it |
| 여러가지 종류의 | |
| 데이터 릴리즈 빈도수. | 6개월 |
UCbase는 2004년 Bejerano, G.[2] 등에 의해 최초로 기술된 UCR 또는 UCE의 데이터베이스입니다.인간, 쥐, 쥐의 신분을 100% 공유하는 고도로 보존된 게놈 영역입니다.UCR은 200 base보다 긴 481 시퀀스입니다.그것들은 종종 암과 관련된 게놈 영역에 위치하며, 사람 백혈병과 암종에서 다르게 발현되며, 어떤 경우에는 마이크로RNA에 [3]의해 조절된다.UCbase의 첫 번째 릴리스는 [4]Taccioli, C. 등에 의해 2009년에 발행되었습니다.최근 업데이트에는 hg19 인간 게놈에 기초한 새로운 주석, SNOMED CT 분류를 사용한 염색체 좌표와 관련된 장애 정보, SNP를 검색하기 위한 쿼리 도구, MySQL 인터페이스를 사용하여 데이터베이스를 직접 조회하는 새로운 텍스트 상자가 포함됩니다.게다가 배열 비교 툴은 특정 장애에 관여하는 게놈 영역에 위치한 초보존 요소와 선택된 배열을 일치시킬 수 있게 한다.UCR 염색체 좌표에 대한 대화적이고 시각적인 해석을 용이하게 하기 위해 저자들은 UCSC 게놈 브라우저에 대한 링크를 만드는 UCbase의 그래프 시각화 기능을 구현했다.UCBase 2.0에서는 UCR에만 초점을 맞춘 microRNA(miRNA) 정보가 제공되지 않게 되었습니다.UCbase 2.0의 정식 릴리스는 2014년에[1] 공개되었으며 http://ucbase.unimore.it에서 구할 수 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ a b Lomonaco, Vincenzo; Martoglia R; Mandreoli F; Anderlucci L; Emmett W; Bicciato S; Taccioli C. (Jan 2009). "UCbase 2.0: ultraconserved sequences database (2014 update)". Database. 2014: bau062. doi:10.1093/database/bau062. PMC 4064129. PMID 24951797.
- ^ Bejerano, Gill; Pheasant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (May 2004). "Ultraconserved elements in the human genome". Science. 304 (5675): 1321–5. Bibcode:2004Sci...304.1321B. CiteSeerX 10.1.1.380.9305. doi:10.1126/science.1098119. PMID 15131266. S2CID 2790337.
- ^ Calin GA, Liu CG, Ferracin M, Hyslop T, Spizzo R, Sevignani C, Fabbri M, Cimmino A, Lee EJ, Wojcik SE, Shimizu M, Tili E, Rossi S, Taccioli C, Pichiorri F, Liu X, Zupo S, Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (Sep 2007). "Ultraconserved regions encoding ncRNAs are altered in human leukemias and carcinomas". Cancer Cell. 12 (3): 215–29. doi:10.1016/j.ccr.2007.07.027. PMID 17785203.
- ^ Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (Jan 2009). "UCbase & miRfunc: a database of ultraconserved sequences and microRNA function". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D41–8. doi:10.1093/nar/gkn702. PMC 2686429. PMID 18945703.
