합성 단위
Synthesizing unit | 이 기사는 대부분의 독자들이 이해하기에는 너무 전문적일 수 있다. 2021년 6월 (이를 에 대해 설명합니다) |
합성 단위(SUs)는 두 가지 변형으로 기존 효소 동역학의 규칙을 따르는 일반화 효소이다.
- 제품 형성은 기질 농도의 함수가 아니라 SU에 도달하는 기질 플럭스의 함수로 간주된다.
- (변화되지 않은) 기질 및 (무한) SU에 대한 기질-SU 복합체의 해리 속도는 작다고 가정한다.
고전 이론의 수정
내선
첫 번째 수정은 고전 이론의 연장선이다. 도착 플럭스가 기질 농도에 비례하면 고전 이론이 된다.이러한 확장은 공간적으로 이질적인 환경(살아 있는 세포 등)에 적용되고 광자와 분자를 동일한 프레임워크(광합성에 중요)로 취급할 수 있게 한다.
심플화
두 번째 수정은 고전 이론의 상당한 단순화를 가능하게 하며, 따라서 복잡한 대사 네트워크에서의 적용을 가능하게 한다.유닛 합성[1] 이론은 4가지 기본 모드를 구별하는 동적 에너지 버젯 이론에서 사용됩니다.
- 기판은 치환가능 또는 보충(=보완적)일 수 있다. A -> C 및 B -> C 변환이 발생할 수 있는 경우, 기판 A와 B는 C로의 변환에 관해 치환가능하다고 하며, C를 생성하기 위해 둘 다 요구되면 보충적이라고 한다.
- SU에 의한 이들 기판의 처리는 순차적일 수도 있고 병렬일 수도 있다.변환 A + B -> C에서 기판 A와 SU의 결합이 B의 결합에 영향을 미치지 않는 경우, 이들 기판은 순차적으로 처리되지 않는 한 동시에 처리된다.
4가지 기본 모드의 혼합이 발생할 수 있으며, 특히 기판이 순수한 화합물보다는 일반화된 화합물을 나타낼 경우 더욱 그러하다.일반화합물은 조성이 변하지 않는 화합물의 혼합물이다.
레퍼런스
원천
- Kooijman SA (July 1998). "The Synthesizing Unit as model for the stoichiometric fusion and branching of metabolic fluxes". Biophys. Chem. 73 (1–2): 179–88. doi:10.1016/S0301-4622(98)00162-8. PMID 17029722.
- Kooijman, S.A.L.M; Segel, L.A. (2005). "How growth affects the fate of cellular metabolites" (PDF). Bulletin of Mathematical Biology. 67 (1): 57–77. doi:10.1016/j.bulm.2004.06.003. PMID 15691539. Retrieved 2009-05-12.
