구조 정렬 소프트웨어

Structural alignment software

이 구조 비교 및 정렬 소프트웨어 목록은 쌍 또는 다중 구조 비교 및 구조 정렬에 사용되는 소프트웨어 도구와 웹 포털을 편집한 것이다.

구조 비교 및 정렬

이름 설명 클래스 유형 신축성 링크 작가 연도
3인치 시각화 및 구조 분석 도구가 포함된 단백질 구조 저장소 Seq 멀티 네 사이트 P. 슈미트케 2015
매머드 이론에서 얻은 분자 모델 Cα 짝을 아니요. 서버 다운로드. CEM 스트라우스 & AR 오르티즈 2002
CE 결합 연장 Cα 짝을 아니요. 서버 I. 신디얄로프 2000
CE-MC 결합 연장-몬테 카를로 Cα 멀티 아니요. 서버 C. 구다 2004
달리라이트 거리 행렬 선형 C맵 짝을 아니요. 서버 및 다운로드 L. Holm 1993
TM-align TM-점수 기반 단백질 구조 정렬 Cα 짝을 못을 박다 서버 및 다운로드 Y. 장&J. 스콜닉 2005
mTM-align TM 얼라인먼트를 기반으로 한 다중 단백질 구조 정렬 Cα 멀티 아니요. 서버 및 다운로드 R. Dong, Z.펑, Y. 장 & J. 2018
광대한 벡터 정렬 검색 도구 SSE 짝을 못을 박다 서버 S. 브라이언트 1996
프리스엠 모델링을 위한 단백질 정보 시스템 SSE 멀티 못을 박다 서버 B. 호닉 2000
모. 분자 작동 환경.단백질과 단백질-리간드 구조 모델링을 위한 광범위한 플랫폼. Cα, AllA, Seq 멀티 아니요. 사이트 화학 컴퓨팅 그룹 2000
SSAP 순차적 구조 정렬 프로그램 SSE 멀티 아니요. 서버 C. 오렝고 & W. 테일러 1989
SARF2 백본 조각의 공간적 AR범위 SSE 짝을 못을 박다 서버 알렉산드로프 1996
케노비/K2 NA SSE 짝을 못을 박다 서버 Z. 벵 2000
스탬프 다단백질의 Strucectural alignment Cα 멀티 아니요. 다운로드. 서버 R. 러셀 & G. 바톤 1992
미사 2차 구조물에 의한 다중 정렬 SSE 멀티 아니요. 서버 O. Dror & H. Wolfson 2003
스칼리 단백질의 구조핵 ALIGN Seq/C-Map 짝을 못을 박다 서버 다운로드. X. 위안 & C.바이스트로프 2004
데자부 NA SSE 짝을 못을 박다 서버 GJ. 클라이위트 1997
SSM 보조 구조물 일치 SSE 멀티 못을 박다 서버 크리시넬 E. 2003
시바 환경기반 정렬에 의한 구조 호몰로지 Seq 짝을 못을 박다 서버 제이정&비 2000
LGA[1] 국지-글로벌 얼라인먼트 및 GDT-TS(Global Distance Test) 구조 유사도 Cα, AllA, 모든 원자 짝을 못을 박다 서버 및 다운로드 A. 제믈라 2003
포사 부분 순서 구조 정렬 Cα 멀티 네 서버 Y. Y. Ye & A. Godzik 2005
파이몰 "super" 명령은 시퀀스에 독립적인 3D 정렬 수행 단백질 잡종 아니요. 사이트 W. L. 데라노 2007
팻캣 트위스트를 허용하는 정렬된 조각 쌍을 체인으로 하는 유연한 구조 얼라인먼트맨T Cα 짝을 네 서버 Y. Y. Ye & A. Godzik 2003
디콘스트레이티드 하위 구조 수준 및 쌍 정렬에 대한 데이터베이스 검색. SSE 멀티 아니요. 서버 ZH. 장 외 2010
마트라스 단백질 구조의 MARRkovian TRANSION α&SSE 짝을 못을 박다 서버 니시카와 케이 2000
매머드-멀티 매머드 기반 다중 구조 정렬 Cα 멀티 아니요. 서버 D. 루피안 2005
단백질3D핏 NA C맵 짝을 못을 박다 서버 D. 숄버그 1994
프라이드 IDEntity의 PRobability Cα 짝을 못을 박다 서버 S. 퐁고르 2002
FAST FAST 정렬 및 검색 도구 Cα 짝을 못을 박다 서버 제이주 2004
C-BOP 단백질의 좌표 기반 조직 해당 없음 멀티 못을 박다 서버 E. 샌들린 2005
프로핏 단백질 최소 제곱 피팅 Cα 멀티 못을 박다 서버 ACR 마틴 1996
토포핏 토포맥스 점에서 공통 볼륨의 중첩으로 정렬 Cα 짝을 못을 박다 서버 VA. 일린 2004
무스탕 MUltiple Structural AligNment AlGorithm Cα & C-맵 멀티 못을 박다 다운로드. 틀:축구단 코나구르투 외 2006
URMS 단위 벡터 RMSD Cα 짝을 못을 박다 서버 K. 케뎀 2003
자물쇠 계층적 단백질 구조 중첩 SSE 짝을 아니요. NA AP 싱 1997
자물쇠 2 LOCK에 대한 개선 사항 SSE 짝을 아니요. 다운로드. J. 샤피로 2003
CBA 일관성 기반 정렬 SSE 멀티 못을 박다 다운로드. 제이 에버트 2006
테트라다 사면 분해 정렬 SSE 멀티 네 NA 제이 로치 2005
스트랩 스트루코시 기반 정렬 프로그램 Cα 멀티 못을 박다 서버 C. 길 2006
로보알린 구조 정렬을 위한 저순서 값 최적화 방법 Cα 짝을 못을 박다 서버 안드레이니 외 2006
갱스타 비순차, 개프단백질 STruchoice 정렬을 위한 유전자 알고리즘 SSE/C 지도 짝을 아니요. 서버 콜벡 2006
갱스타+ 비순차 및 가선형 구조 정렬을 위한 조합 알고리즘 SSE/C 지도 짝을 아니요. 서버 A. 게일러 & E.W. 크냅 2008
매탈린[2] 매트릭스 정렬에 의한 단백질 구조 비교 C맵 짝을 못을 박다 사이트 Z. 아웅 & K.L. 탄 2006
보롤린 보로노이 접점을 이용한 빠른 구조 정렬 C맵 멀티 네 서버 F. 버즐 외 2006
엑프레소 T-커피와 수액을 사용한 빠른 다중 구조 정렬 Cα 멀티 못을 박다 사이트 C. Notredame 등 2007
카알린 Cα 정렬 Cα 멀티 못을 박다 사이트 TJ 올드필드 2007
야쿠사 내부 좌표 및 블라스트 유형 알고리즘 Cα 짝을 못을 박다 사이트 M. 카펜티어 외 2005
블로맵스 정합성 기반 알파벳 정렬 Cα 멀티 못을 박다 서버 W-M.정&S.왕 2008
클랩스 정합성 기반 알파벳 정렬 Cα 짝을 못을 박다 서버 W-M.정&S.왕 2008
탈리 F 토션 각도 ALIgnment Cα 짝을 아니요. NA X. 미오아 2006
몰컴 NA 기하학 멀티 못을 박다 NA 틀:축구단 오힌 2003
말레콘 NA 기하학 멀티 못을 박다 NA S. 워닥 2004
플렉스프로트 단백질 구조물의 유연한 정렬 Cα 짝을 네 서버 M. Shatsky & H. Wolfson 2002
멀티프로트 단백질 구조의 다중 정렬 기하학 멀티 아니요. 서버 M. Shatsky & H. Wolfson 2004
CTSS 국소 기하학적 형상을 이용한 단백질 구조 정렬 기하학 짝을 못을 박다 사이트 T. 캔 2004
곡선 NA 기하학 멀티 아니요. 사이트 D. 지 2006
매트 변환 및 트위스트를 사용한 다중 정렬 Cα 멀티 네 서버 다운로드. M. 멘케 2008
톱매치[3] 단백질 구조 정렬 및 구조 유사성 시각화; 다단백질 복합체 정렬 Cα 짝을 아니요. 서버 다운로드. M. 시플 & M. 위더슈타인 2012
SSGS 2차 구조 유도 중첩 CA 짝을 아니요. 사이트 G. 웨인레브 외 2006
매치프로트 근린 선형성장에 의한 단백질 구조 비교 Cα 짝을 아니요. 서버 S. 바타차랴 외 2007
UCSF 치메라 MatchMaker 도구 및 "Matchmaker" 명령 참조 Seq & SSE 멀티 아니요. 사이트 E. 멍 외 2006
플래시 단백질의 구조동질학적 발견을 위한 고속 정렬 알고리즘 SSE 짝을 아니요. NA E.S.C 시 & M-J 황 2003
RAPIDO 도메인 입구에서 단백질 구조물의 신속한 정렬 Cα 짝을 네 서버 R. 모스카 & T.R.슈나이더 2008
컴소브스트레이트 차등 기하학적 인코딩을 이용한 구조 정렬 기하학 짝을 네 사이트 모리카와 N. 2008
ProCKSI 단백질(구조) 비교, 지식, 유사성 및 정보 기타 짝을 아니요. 사이트 D. Barthel. 2007
사르스트 라마찬드란 순차 변환에 의한 구조물 유사성 검색 Cα 짝을 못을 박다 사이트 W-C. Lo 등 2007
Fr-TM-align 파편-TM-점수 기반 단백질 구조 정렬 Cα 짝을 아니요. 사이트 S.B. 판디트 & J. 스콜닉 2008
TOPS+ 비교 리간드 정보로 강화된 단백질 구조물의 위상학적 모델 비교 위상 짝을 네 서버 M. Veramalai & D.길버트 2008
TOPS++FATCAT TOPS+ String Model에서 도출된 트위스트를 허용하는 정렬된 파편 쌍에 의한 유연한 구조 AlignmenT Cα 짝을 네 서버 M. Veramala. 2008
몰록 분자 로컬 표면 정렬 파도타기 짝을 아니요. 서버 M.E. Bock 외 2007
페이시 2차 구조 요소의 유연한 정렬 SSE 짝을 네 NA J. 베스터스트롬 & W. R. 테일러 2006
사베르토프 벡터 구조표현을 이용한 단백질 구조 정렬 Cα 짝을 네 서버 F. Teichert 외 2007
스톤 NA Cα 짝을 아니요. 사이트 C. 에슬라치 외 2009
살린 시퀀스-구조 복합법 Seq 멀티 아니요. 사이트 M.S. 마두수단 외 2007
MAX-PERS NA Cα 짝을 아니요. 사이트 A. 폴크스틱 2009
테세우스 최대우도 중첩 Cα 멀티 아니요. 사이트 D.L. Theobald & D.S.우트케 2006
테이블아우쉬 단백질 접힘패턴의 Tableau 표현을 이용한 구조탐색 및 탐색 SSE 짝을 아니요. 서버 틀:축구단 코나구르투 외 2008
QP Tableau 검색 2차 프로그래밍을 이용한 Tableau 기반 단백질 하부구조 검색 SSE 짝을 아니요. 다운로드. 서버 A.스티발라 외 2009
프로스모스 단백질 구조 모티브 검색 SSE 짝을 아니요. 서버 다운로드. S. 쉬 외 2007
미스트랄 에너지 기반 다구조 단백질 정렬 Cα 멀티 아니요. 서버 C. Michelletti & H. Orland 2009
MaxCMO용 MSVNS 단백질 구조 비교를 위한 간단하고 빠른 휴리스틱 C맵 짝을 아니요. 사이트 D. 펠타 외 2008
구조체 동적 프로그래밍에 의한 최소 제곱근 평균 제곱 편차 최소화 Cα 짝을 아니요. 서버 다운로드. 게르슈타인 & 레빗 2005
프로비즈[4] 국부적 구조 정렬에 의한 구조 유사 단백질 결합부위 검출 파도타기 짝을 네 서버 다운로드. J. Konc & D. Janezic 2010
알라딘 역학 기반 정렬: 단백질의 집단 움직임을 일치시켜 단백질을 상쇄한다. Cα 짝을 아니요. 서버 포테스티오 외 2010
스왑SC 단백질 코딩 시퀀스 정렬의 제약조건을 사용하여 패밀리 또는 계통생성 트리에 대해 구성된 유전 데이터를 분석하기 위한 선택적 제약조건 탐지를 위한 슬라이딩 윈도우 분석 절차 Seq 멀티 네 서버 마리오 A.운임 2004
SA Tableau 검색 시뮬레이션된 어닐링 및 GPU를 사용한 빠르고 정확한 단백질 하부 구조 검색 SSE 짝을 아니요. 다운로드. 서버 A.스티발라 외 2010
RCSB PDB 단백질 비교 도구 원형 순열, 시퀀스 정렬에 CE, FATCAT, CE 변동 제공 Cα 짝을 네 서버 다운로드. A. 프릭 외 2010
CSR 최대 공통 3D 모티브, 비모수, 쌍방향 대응 출력, 작은 분자에서도 작동 SSE 또는 Cα 짝을 아니요. 서버 다운로드. M. 쁘띠장 1998
에피토페어매치 불연속 구조 일치, 유도 적합성 고려, 유연한 기하학적 및 물리화학적 특수성 정의, 아미노산 잔류물의 유사한 공간 배열의 이식 α-알라 멀티 네 다운로드. S. 야쿠셰프 2011
클릭 위상 독립적인 3D 구조 비교 SSE & Cα & SASA 짝을 네 서버 응우옌 2011
스몰린 공간 모티브 기반 단백질 구조 정렬 SSE & C-맵 멀티 네 다운로드. H. 선 2010
3D-블래스트 3차원 형상밀도 비교 밀도 짝을 아니요. 서버 L. 마브리디스 외 연구진 2011
디달 DEscriptor 정의 Alignment SSE & Cα & C-Map 짝을 네 서버 P. Daniluk & B.레싱 2011
미스탈리 다중 스루코시 ALIgnment α & 디히드 & SSE & 서프 멀티 네 서버 P. 쉴리 & H. 발라파 2012
물파 다중 PB 시퀀스 정렬 PB 멀티 네 NA 틀:축구단 조셉 외 2012
SAS-Pro PROTEins의 동시적 정렬과 중첩 ??? 짝을 네 서버 샤&사히니디스 2012
Mirage-align 일치 지수 기반 구조 정렬 방법 SSE & PPE 짝을 아니요. 웹사이트 K. Hung 등 2012
스팔라인 구조물 쌍방향 정렬 Cα 짝을 아니요. 서버 다운로드. Y. Yang et.al. 2012
크팍스[5] 가우스 겹침을 사용한 빠른 쌍 또는 다중 선형 기타 짝을 네 웹사이트 D.W. 리치 2016
DeepAlign[6] 공간적 근접성을 넘어 단백질 구조 정렬(진화 정보 및 수소 결합이 고려됨) Cα + Seq 짝을 아니요. 다운로드. 서버 S. 왕과 J. 쉬 2013
3D컴[7] DeepAlign의 확장 Cα 멀티 아니요. 다운로드. 서버 S. 왕과 J. 쉬 2012
티스아미르[8] 초고속 단백질 구조 비교를 위한 토폴로지 스트링 정렬 방법 SSE & Cα 짝을 아니요. NA J. 라즈마라 외 2012
미칸[9] MICAN은 다중 체인, 역직렬, C α 전용 모델, 대체 선형 및 비순차 정렬을 처리할 수 있다. Cα 짝을 아니요. 다운로드. S.미나미 외 2013
스팔린스[10] 구조물 쌍방향 정렬 비순차 Cα 짝을 아니요. 서버 다운로드. P. Brown et.al. 2015
핏3D[11] 위치별 교환의 정의, 내부 및 내부 발생의 감지, 모티브 정렬에 사용되는 임의 원자의 정의가 특징인 소규모 구조 모티브에 대해 매우 정확한 선별 알라, α 멀티 아니요. 서버 다운로드. F. 카이저 외 2015
MMLigner[12] 정보 이론과 압축에 기반한 선형에 대한 베이지안 통계적 추론. Cα 짝을 네 서버 다운로드. J. 콜리어 외 2017
RCSB PDB 스트루코티프-검색[13] 핵산 및 바이오 조립을 지원하여 180k 이상의 구조에서 실행하는데 몇 초가 걸리는 소규모 구조 모티브 검색 알라 멀티 아니요. 서버/서버 다운로드. S. 비트리히 외 2020

키 맵:

  • 클래스:
  • Cα - 백본 원자(Cα) 정렬;
  • AllA - 모든 원자 정렬;
  • SSE - 이차 구조 요소 정렬;
  • Seq - 시퀀스 기반 정렬
  • Pair -- Pairwise Alignment(두 구조 *전용*);
  • 다중 - 다중 구조 정렬(MSTA);
  • C-Map - 연락처 지도
  • 서핑 - 코놀리 분자 표면 정렬
  • SASA - 용제 접근 가능 표면적
  • 디헤드 - 디헤드랄 백본 각도
  • PB - 단백질 블록
  • 유연성:
  • 아니오 - 비교 중인 구조물 간에는 강체-신체 변형만 고려된다.
  • 예 - 이 방법은 비교 중인 구조물 내에서 힌지 영역 주위의 움직임과 같은 약간의 유연성을 허용한다.

참조

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