프로비즈

ProBiS
프로비즈
ProBiS logo.png
개발자인실랍(국립화학원 슬로베니아)
초기 릴리즈2010; 12년 전(2010년)
기록 위치C++, Java 스크립트, PHP
운영 체제Unix 유사, Windows
유형웹 서버, 플러그인, 알고리즘, 데이터베이스
웹사이트probis.cmm.ki.si

ProBiS는 주어진 단백질 구조에 대해 바인딩 사이트와 해당 리간드를 예측할 수 있는 컴퓨터 소프트웨어다.초기 ProBiS는 2010년[1] Janez Konc와 Dushanka Janežich에 의해 ProBiS 알고리즘으로 개발되었으며 현재는 ProBiS 서버, ProBiS CHARMING 서버, ProBiS 알고리즘, ProBiS 플러그인으로 이용 가능하다.ProBiS라는 이름은 주어진 단백질 구조 바인딩 사이트와 그에 상응하는 리간드를 예측하기 위한 소프트웨어 자체의 목적에서 유래한다.

설명

ProBiS 소프트웨어는 빠른 최대 클라이크 알고리즘을 사용하여 로컬 표면 구조 정렬에 의해 단백질 표면에서 구조적으로 유사한 부위를 검출하는 ProBiS 알고리즘으로 시작했다.ProBiS 알고리즘에 이어 ProBiS 서버가 로컬 구조 정렬을 기반으로 단백질 결합 부위를 검출하는 ProBiS 프로그램에 대한 액세스를 제공했다.이용 가능한 ProBiS 서버는 ProBiS 서버와 ProBiS CHARMING 서버 등 2개다.후자는 ProBiS와 CHARMING 서버를 단백질-리간드 복합체의 예측이 가능하고 기하학적 최적화 및 상호작용 에너지 계산이 가능한 하나의 기능 단위에 연결한다.이러한 추가 기능이 있는 ProBiS CHARMING 서버는 미국 국립보건원에서만 사용할 수 있으며, 그렇지 않으면 일반 ProBiS 서버 역할을 한다.추가로 ProBiS PyMol 플러그인과 ProBiS UCSF Chimera 플러그인이 만들어졌다.두 플러그인은 인터넷을 통해 사전 계산된 결합 사이트 비교의 새로운 데이터베이스에 연결되어 단백질 데이터 뱅크에서 기존 단백질의 결합 사이트를 신속하게 예측할 수 있다.예측 바인딩 사이트와 리간드 포즈 등을 3차원 그래픽으로 볼 수 있다.

단백질 건축 현장 도구

구조적으로 유사한 바인딩 사이트를 탐지하기 위한 ProBiS 소프트웨어의 출력 예.
두 단백질의 쌍방향 정렬을 위한 ProBiS 소프트웨어의 예제 출력.
구조적으로 유사한 바인딩 사이트 탐지
이 도구는 질의 단백질이나 바인딩 사이트를 입력으로 사용한다.ProBiS 알고리즘은 시퀀스와 독립적으로 쿼리를 구조적으로 비교하거나 이중화되지 않은 단백질 구조의 데이터베이스와 접는다.이 도구의 출력은 Jmol 뷰어에서 청색(비컨버전스)에서 적색(구조 보존)까지의 구조적 보존 정도에 따라 채색된 3D 쿼리 단백질과 유사한 단백질의 표다.
쌍방향 로컬 구조 정렬
이 도구는 두 개의 단백질이나 결합 부위로 입력한다.ProBiS 알고리즘은 물리화학적 특성뿐만 아니라 기하학적 특성에 기반한 구조물을 비교하고 그 지역적 구조 정렬을 반환한다.
ProBiS 웹 서버 RESTful Web Services
ProBiS 웹 서버는 RESTful(대표적 상태 전송) 웹 서비스를 통해 바인딩 사이트 유사성과 PDB 단백질 구조에 대한 로컬 쌍 정렬을 스크립트에서 쉽게 액세스할 수 있도록 한다.
ProBiS-데이터베이스 액세스
ProBiS-Database는 ProBiS(CHARMING) 서버, ProBiS-Database 위젯에서 직접 액세스할 수 있으며, ProBiS-Database에 대한 액세스를 제공하기 위해 모든 웹 페이지에 포함될 수 있다. 또는 RESTful Web Services에서 ProBiS-Database에 쉽게 액세스할 수 있다.

역사

  • 로컬 구조 정렬에 의한 구조적으로 유사한 단백질 결합 부위의 탐지를 위한 ProBiS 알고리즘(2010년 3월)[1]
  • ProBiS: 구조적으로 유사한 단백질 결합 사이트를 탐지하는 웹 서버(2010년 2월)[2]
  • ProBiS-Database:Pdb 구조의 사전 계산된 바인딩 사이트 유사성 및 로컬 쌍 정렬(2011년 12월)[3]
  • ProBiS - 2012: 구조적으로 유사한 단백질 결합 사이트를 탐지하는 웹 서버 및 웹 서비스(2012년 2월)[4]
  • 병렬-ProBiS:단백질 구조와 결합 부위의 국소 구조 비교를 위한 고속 병렬 알고리즘(2012년 3월)[5]
  • ProBiS-ligands: 단백질 결합 사이트 검사에 의한 리간드 예측용 웹 서버(2014년 2월)[6]
  • ProBiS-Charming:단백질 결합현장의 리간드 예측 및 최적화를 위한 웹 인터페이스 (2015년 8월)[7]

참조

  1. ^ a b Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). "ProBiS algorithm for detection of structurally similar protein binding sites by local structural alignment". Bioinformatics. 26 (9): 1160–1168. doi:10.1093/bioinformatics/btq100. PMC 2859123. PMID 20305268.
  2. ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2010). "ProBiS: A web server for detection of structurally similar protein binding sites". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W436–W440. doi:10.1093/nar/gkq479. PMC 2896105. PMID 20504855.
  3. ^ Tomo Česnik; Joanna Trykowska Konc; Matej Penca; Dušanka Janežič (2012). "ProBiS-Database: Precalculated Binding Site Similarities and Local Pairwise Alignments of Pdb Structures". Journal of Chemical Information and Modeling. 52 (2): 604–612. doi:10.1021/ci2005687. PMC 3287116. PMID 22268964.
  4. ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2012). "ProBiS - 2012: Web server and web services for detection of structurally similar binding sites in proteins" (PDF). Nucleic Acids Research. 40 (Web Server issue): W214–21. doi:10.1093/nar/gks435. PMC 3394329. PMID 22600737.
  5. ^ Janez Konc; Matjaz Depolli; Roman Trobec; Kati Rozman; Dušanka Janežič (2012). "Parallel-ProBiS: Fast Parallel Algorithm for Local Structural Comparison of Protein Structures and Binding Sites" (PDF). Journal of Computational Chemistry. 33 (27): 2199–2203. doi:10.1002/jcc.23048. PMID 22718529. S2CID 12067419.
  6. ^ Janez Konc; Dušanka Janežič (2014). "ProBiS-ligands: a web server for prediction of ligands by examination of protein binding sites". Nucleic Acids Research. 42 (Web Server issue): W215–20. doi:10.1093/nar/gku460. PMC 4086080. PMID 24861616.
  7. ^ Janez Konc; Benjamin T. Miller; Tanja Štular; Samo Lešnik; H. Lee Woodcock; Bernard R. Brooks; Dušanka Janežič (2015). "ProBiS-Charmming: Web Interface for Prediction and Optimization of Ligands in Protein Binding Sites". Journal of Chemical Information and Modeling. 55 (11): 2308–2314. doi:10.1021/acs.jcim.5b00534. PMC 8725999. PMID 26509288.

외부 링크