STRIDE(알고리즘)
STRIDE (algorithm)STRIDE(Structural Identification)는 단백질의 원자 좌표가 주어진 단백질 2차 구조 요소를 할당하기 위한 알고리즘으로, X선 결정학, 단백질 NMR 또는 다른 단백질 구조 결정 방법에 의해 정의됩니다.보다 일반적인 DSSP 알고리즘에서 사용되는 수소 결합 기준 외에도 STRIDE 할당 기준에는 이면체 각도 전위도 포함됩니다.따라서 개별 2차 구조를 정의하는 기준은 DSSP의 기준보다 더 복잡합니다.STRIDE 에너지 함수는 레나드-존스와 같은 8-6 거리 의존성 전위와 최적화된 수소 결합 기하학의 평면성을 반영하는 두 개의 각도 의존성 인자를 포함하는 수소 결합 항을 포함합니다.DSSP가 보고한 것과 동일한 그룹으로 나뉘는 개별 2차 구조 요소에 대한 기준에는 단백질 데이터 뱅크에서 추출한 시각적으로 할당된 2차 구조 요소로 해결된 구조의 경험적 검사에서 파생된 통계적 확률 요소도 포함되어 있습니다.
비록 DSSP가 더 오래된 방법이고 계속해서 가장 일반적으로 사용되고 있지만, 원래 STRIDE 정의는 적어도 70%의 경우에 더 만족스러운 구조적 할당을 제공한다고 보고했습니다.특히 STRIDE는 전문 결정학자가 지정한 것보다 짧은 2차 구조를 할당하는 DSSP의 경향을 수정하는 것으로 관찰되었는데, 이는 2차 구조 [1]요소의 말단 근처에서 가장 일반적인 구조의 작은 국소적 변화 때문입니다.단일 단자 잔류물 할당의 변화를 원활하게 하기 위해 슬라이딩 윈도우 방법을 사용하여 STRIDE와 DSSP의 현재 구현은 [2]사례의 최대 95.4%에서 일치하는 것으로 보고되었습니다.STRIDE와 DSSP 모두 다른 일반적인 2차 구조 할당 방법 중에서 파이럴을 [3]예측하지 못하는 것으로 여겨집니다.
참고 항목
레퍼런스
- ^ 프리슈만 D, 아르고스 P. (1995).지식 기반 단백질 2차 구조 할당.단백질 23(4): 566-79. doi:10.1002/prot.340230412PMID8749853
- ^ 마틴 J, * 레텔리어 G, 마린 A, 탈리 JF, 드 브레번 AG, 지브라트 JF(2005).단백질 2차 구조 할당 재검토: 다양한 할당 방법에 대한 상세 분석. BMC Struct Biol 5:17. PMID 16164759
- ^ Fodje MN, Al-Karadaghi S. (2002).파이-헬릭스에 대한 발생, 입체구조 및 아미노산 성향.단백질 Eng 15(5):353-8. PMID 12034854
외부 링크
- STRIDE - 웹 인터페이스, STRIDE 원본 인쇄물 및 소프트웨어 설명서 포함
- 원본 웹 서버 구현에 대한 문서
