시프토
SHIFTCOR| 내용 | |
|---|---|
| 묘사 | 단백질 화학 시프트 참조용 |
| 데이터형 발동. | 데이터 입력:BMRB 또는 SHIFTY 형식 및 해당 3D 단백질 구조(PDB 형식)의 화학적 이동 할당. 데이터 출력:기준 보정된 화학적 이동 할당 |
| 연락 | |
| 연구소 | 앨버타 대학교 |
| 실험실. | 데이비드 위샤트 박사 |
| 주요 인용문 | [1] |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | http://shiftcor.wishartlab.com/ |
| 여러가지 종류의 | |
| 큐레이션 정책 | 수동 큐레이션 완료(최종 업데이트: 2003) |
SHIFTCOR(Shift Correction)는 무료로 사용할 수 있는 웹 서버이자 단백질 화학 시프트 [1]참조를 위한 독립형 컴퓨터 프로그램입니다.화학 이동 참조는 생체 분자 NMR에서 특히 널리 사용되는 문제이며, 기존 NMR 화학 이동 할당의 최대 25%가 부적절하게 [1]참조된다.이러한 기준 문제 중 일부는 1.0 ~ 2.5ppm의 시스템 오류를 일으킬 수 있습니다(특히 13C 및 15N 화학 변화).이러한 규모의 오류는 단백질 간의 할당을 비교하거나 화학적 변화를 구조적으로 해석하려는 어떠한 시도에도 대혼란을 일으킬 수 있다.어떤 단백질이 잘못 할당되거나 부적절하게 참조되는지를 식별하는 것은 일단 발견되면 오류를 수정할 수 있기 때문에 어려울 수 있다.SHIFTCOR 프로그램은 이러한 화학적 변화를 참조하여 문제를 식별하고 수정하는 데 도움이 되도록 설계되었습니다.구체적으로 관찰된 화학적 변화를 관심 단백질의 3D 구조에서 도출된 예측 화학적 변화[1]와 비교, 식별, 보정 및 참조 [1]의 1H, 13C 및 15N 골격 화학 변화를 비교, 참조한다.예측된 화학적 변화는 ShiftX [2]프로그램을 사용하여 계산됩니다.SHIFTCOR 프로그램은 원래 RefDB라고 [1]불리는 적절하게 참조된 단백질 화학 이동 할당 데이터베이스를 구축하기 위해 사용되었습니다.RefDB는 정확하게 참조된 2000개 이상의 단백질 화학 시프트 할당으로 이루어진 웹 액세스 가능한 데이터베이스입니다.SHIFTCOR는 원래 독립형 프로그램으로만 제공되었지만, 이후 웹 서버로서 일반적으로 사용할 수 있도록 출시되었습니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ a b c d e Zhang, H; Neal, S.; Wishart, D.S. (2003). "RefDB: A database of uniformly referenced protein chemical shifts". J. Biomol. NMR. 25 (3): 173–195. doi:10.1023/A:1022836027055. PMID 12652131. S2CID 12786364.
- ^ Neal, S; Nip, A.; Zhang, H.; Wishart, D.S. (2003). "Rapid and accurate calculation of protein 1H, 13C and 15N chemical shifts". J. Biomol. NMR. 26 (3): 215–240. doi:10.1023/A:1023812930288. PMID 12766419. S2CID 29425090.
외부 링크
