QIIME

QIIME

QIIME(영어: /t ʃa ɪm/ ch-eye-m)은 원래 고처리량 마이크로바이옴 마커 유전자(예: 16S 또는 18S rRNA 유전자) 앰플리콘 시퀀싱 데이터 분석을 위해 개발된 생물정보학 데이터 과학 플랫폼입니다. QIIME 플랫폼에는 크게 QIIME[2] 1과 QIIME 2 두 가지 버전이 있습니다.[3]

마이크로바이옴 표지자 유전자 분석은 QIIME 2에서 계속 주요 초점이 되고 있지만 개발자들은 마이크로바이옴 멀티오믹스 플랫폼이라고 설명하고 있으며 산탄총 메타게노믹스 및 메타전사학 데이터 및 대사체학 질량 분석 데이터 분석을 위해 지원이 존재하거나 추가되고 있습니다.

QIIME 1의 개발은 볼더에 있는 콜로라도 대학교의 나이트 랩에서 시작되었고, 2010년 1월 26일에 QIIME 1의 첫 번째 버전이 출시되었습니다. 2011년 8월부터 QIIME 1 개발은 Northern Arizona University의 Caporaso Lab과 Knight Lab의 협력으로 주도되었습니다. QIIME 2 개발은 Caporaso Lab이 주도하고 있지만, 이 프로젝트는 개발자들이 전 세계에 분산되어 있는 지역 사회의 노력으로 남아 있습니다. 2018년 1월, QIIME 2는 QIIME 1의 뒤를 이었고, 이로써 QIIME 2 커뮤니티는 QIIME 2 포럼을 통해 공식적인 도움을 받을 수 있게 되었습니다.[4]

"QIIME"은 원래 미생물 생태학에 대한 정량적 통찰의 머리글자로 만들어졌지만, QIIME 2가 개발된 이후로 이 머리글자는 사용되지 않았습니다.[citation needed]

참고 항목

참고문헌

  1. ^ "QIIME". qiime.org. Retrieved 2024-01-19.
  2. ^ Caporaso, J. Gregory; Kuczynski, Justin; Stombaugh, Jesse; Bittinger, Kyle; et al. (May 2010). "QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data". Nature Methods. 7 (5): 335–336. doi:10.1038/nmeth.f.303. PMC 3156573.
  3. ^ Bolyen, Evan; Rideout, Jai Ram; Dillon, Matthew R.; Bokulich, Nicholas A.; et al. (August 2019). "Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2". Nature Biotechnology. 37 (8): 852–857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9. hdl:1721.1/125325.
  4. ^ "QIIME 2 has succeeded QIIME 1". QIIME News and Announcements. 2018-01-03. Retrieved 2024-01-19.