프로 사이트
PROSITE | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 기능적 특성 및 주석을 위한 단백질 도메인 데이터베이스인 PROSITE. |
| 연락 | |
| 연구소 | 스위스 생물정보학연구소 |
| 실험실. | 구조생물정보학부 |
| 주요 인용문 | PMID 19858104 |
| 발매일 | (1988년 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | prosite |
PROSITE는 단백질 데이터베이스입니다.[1][2]단백질 패밀리, 도메인 및 기능 부위, 아미노산 패턴 및 프로파일을 설명하는 항목으로 구성됩니다.이것들은 스위스 생물정보학 연구소의 팀에 의해 수동으로 큐레이션 되고 스위스-프로트 단백질 주석과 긴밀하게 통합됩니다.PROSITE는 아모스 바이로흐에 의해 1988년에 설립되었으며, 그는 20년 이상 이 그룹을 지휘했다.2018년 7월부터 PROSITE와 Swiss-Prot의 디렉터는 Alan Bridge입니다.
PROSITE의 용도에는 새롭게 발견된 단백질의 가능한 기능을 식별하고 이전에 결정되지 않은 활성에 대해 알려진 단백질의 분석을 포함한다.잘 연구된 유전자의 특성은 생물학적으로 관련된 유기체에 전파될 수 있으며, 서로 다르거나 잘 알려지지 않은 유전자의 생화학적 기능은 유사성으로부터 예측할 수 있다.PROSITE는 단백질 배열 분석 및 모티브 검출 도구를 제공합니다(순서 모티브, PROSITE 패턴 참조).ExPASy 프로테오믹스 분석 서버의 일부입니다.
데이터베이스 ProRule은 PROSITE의 [3]도메인 설명을 기반으로 구축됩니다.기능적 또는 구조적으로 중요한 아미노산에 대한 추가 정보를 제공합니다.규칙에는 활성 부위, 기질 또는 공동 인자 결합 부위, 번역 후 변형 부위 또는 디술피드 결합과 같은 생물학적으로 유의미한 잔류물에 대한 정보가 포함되어 있어 기능 결정에 도움이 된다.PROSITE 모티브를 기반으로 자동으로 주석을 생성할 수 있습니다.
통계 정보
2022년 2월[update] 26일 현재 릴리즈 2022_01에는 1,902개의 문서 엔트리, 1,311개의 패턴, 1,336개의 프로파일 및 1,352개의 ProRules가 있습니다.
「 」를 참조해 주세요.
- Uniprot - 범용 단백질 데이터베이스, 단백질 정보에 대한 중앙 리소스 - PROSITE는 여기에 데이터를 추가합니다.
- InterPro(단백질 패밀리, 도메인 및 기능 사이트의 데이터베이스에서 데이터를 그룹화하는 집중형 데이터베이스)는 데이터의 일부를 PROSITE에서 가져옵니다.
- 단백질 아세포 국재 예측 - PROSITE의 또 다른 사용 예.
레퍼런스
- ^ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins". Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–365. doi:10.1093/nar/gkl124. PMC 1538847. PMID 16845026.
- ^ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). "The 20 years of PROSITE". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D245–9. doi:10.1093/nar/gkm977. PMC 2238851. PMID 18003654.
- ^ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles". Bioinformatics. 21 (21): 4060–4066. doi:10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411.
