Knet Miner
KnetMiner |
 | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | Knowledge Network Miner(Knowledge Network Miner) |
| 데이터형 발동. | 지식 검색 및 시각화 |
| 연락 | |
| 연구소 | 로담스테드 리서치 |
| 실험실. | 생물정보학 |
| 주요 인용문 | doi: 10.1111/pbi.13583 |
| 발매일 | 2013년 10월 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | Knet Miner |
| 도구들 | |
| 웹 | KnetMiner 유전자 뷰 KnetMiner 증거 보기 KnetMiner 네트워크 보기 Ondex-knet-builder 데이터 통합 플랫폼 |
| 여러가지 종류의 | |
| 면허증. | MIT |
| 버전 관리 | 네. |
| 데이터 릴리즈 빈도수. | 분기별의 |
| 버전 | 4.0 (2020년 6월) |
| 큐레이션 정책 | 수동 큐레이션 |
Knowledge Network Miner(Knet Miner)[1][2]는 KG(Biological Knowledge Graph)의 통합, 검색 및 시각화에 사용되는 툴의 생태계입니다.KnetMiner KG는 회사의 데이터 통합 플랫폼 KnetBuilder를 사용하여 구축되었으며 OXL, Neo4j 및 RDF 그래프 형식으로 제공됩니다.KnetMiner API는 유전자와 키워드를 사용하여 KG를 검색할 수 있는 웹 엔드포인트를 제공하여 지식을 그래프 형식으로 반환합니다.후보 유전자는 특정 검색어와의 연관성에 따라 순위가 매겨진다.KnetMiner는 처음에 Rothamsted Research의 연구원들의 협업에 의해 만들어졌으며 이후 스핀아웃 프로세스를 확장하고 시작했습니다.KnetMiner는 2021년 11월 25일 KnetMiner 상표 출원하여 2022년 [3]5월 6일 등록부에 등록되었다.
KnetMiner는 과학자들이 유전자, 특성, 질병 및 기타 정보 유형 사이의 연관성을 찾기 위해 대규모 생물학적 데이터베이스와 문헌을 검색할 수 있도록 하는 것을 목표로 하고 있다.FAIR[4] 데이터 원칙을 사용하고 다양한 생물학적 데이터 형식의 사용을 지원한다.
현재 KnetMiners(전체 목록 아님)
KnetMiner는 Rothamsted Research HPC 머신에 대해 2020년 글로벌 대유행에 대응한 SARS-CoV-2에[5][6] 관한 지식 그래프를 포함한 다양한 종을 호스트하고 있습니다.이러한 예는 다음과 같습니다.
- Triticum emiivum - 여기에서 구할 수 있습니다.
- Arabidopsis Taliana - 여기에서 구할 수 있습니다.
- Oryza Saiva Japonica - 이쪽
- SARS-CoV-2 - 여기에서 구할 수 있습니다.
- 후사리움 그라미네움 - 이쪽
- 후사리움 컬모룸 - 이쪽
- Zimoseptoria tritici - 여기에서 이용 가능
KnetMiner는 밀,[7][8][9] [9]버드나무 및 SARS-CoV-2에 [5]대한 연구를 포함한 많은 연구에 참여하고 있습니다.또한 PHI 베이스, 콩 루퍼 및 다른 종과 협력하여 병원체와 숙주의 상호작용을 탐색하는 데에도 사용되고 있습니다.
API 액세스
KnetMiner는 각 뷰 유형의 JSON 출력을 가져오거나 특정 검색에 대한 네트워크 뷰를 얻기 위한 REST API 액세스를 제공합니다.
자금 조달
KnetMiner는 영국 연구 [10]위원회인 생명공학 및 생물과학 연구 위원회에서 자금을 지원받고 있습니다.
레퍼런스
- ^ Hassani‐Pak, Keywan; Singh, Ajit; Brandizi, Marco; Hearnshaw, Joseph; Parsons, Jeremy D.; Amberkar, Sandeep; Phillips, Andrew L.; Doonan, John H.; Rawlings, Chris (2021-03-22). "KnetMiner: a comprehensive approach for supporting evidence‐based gene discovery and complex trait analysis across species". Plant Biotechnology Journal. 19 (8): 1670–1678. doi:10.1111/pbi.13583. ISSN 1467-7644. PMC 8384599. PMID 33750020.
- ^ Hassani-Pak, Keywan (2017). "KnetMiner - An integrated data platform for gene mining and biological knowledge discovery". Bielefeld University, Bielefeld.
- ^ "Search for a trade mark - Intellectual Property Office". trademarks.ipo.gov.uk. Retrieved 2022-07-13.
- ^ Brandizi, Marco; Singh, Ajit; Rawlings, Christopher; Hassani-Pak, Keywan (2018). "Towards FAIRer Biological Knowledge Networks Using a Hybrid Linked Data and Graph Database Approach". Journal of Integrative Bioinformatics. 15 (3). doi:10.1515/jib-2018-0023. ISSN 1613-4516. PMC 6340125. PMID 30085931.
- ^ a b Hearnshaw, Joseph; Brandizi, Marco; Singh, Ajit; Hassani-Pak, Keywan. "Rothamsted Answers White House Call For Coronavirus Data Help". Rothamsted Research.
- ^ "Artificial-intelligence tools aim to tame the coronavirus literature". Nature.
- ^ Adamski, Nikolai M; Borrill, Philippa; Brinton, Jemima; Harrington, Sophie; Marchal, Clemence; Bentley, Alison R; Bovill, Wiliam D; Cattivelli, Luigi; Cockram, James; Contreras-Moreira, Bruno; Ford, Brett; Ghosh, Sreya; Harwood, Wendy; Hassani-Pak, Keywan; Hayta, Sadiye; Hickey, Lee T; Kanyuka, Kostya; King, Julie; Maccaferri, Marco; Naamati, Guy; Pozniak, Curtis J; Ramirez-Gonzalez, Ricardo H; Sansaloni, Carolina; Trevaskis, Ben; Wingen, Luzie U; Wulff, Brande BH; Uauy, Cristobal. "A roadmap for gene functional characterisation in wheat". doi:10.7287/peerj.preprints.26877v2.
{{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항journal=(도움말) - ^ Harrington, Sophie A.; Backhaus, Anna E.; Singh, Ajit; Hassani-Pak, Keywan; Uauy, Cristobal (2019). "Validation and characterisation of a wheat GENIE3 network using an independent RNA-Seq dataset". doi:10.1101/684183. S2CID 198383382.
{{cite journal}}:Cite 저널 요구 사항journal=(도움말) - ^ a b Alabdullah, Abdul Kader; Borrill, Philippa; Martin, Azahara C.; Ramirez-Gonzalez, Ricardo H.; Hassani-Pak, Keywan; Uauy, Cristobal; Shaw, Peter; Moore, Graham (2019). "A Co-Expression Network in Hexaploid Wheat Reveals Mostly Balanced Expression and Lack of Significant Gene Loss of Homeologous Meiotic Genes Upon Polyploidization". Frontiers in Plant Science. 10: 1325. doi:10.3389/fpls.2019.01325. ISSN 1664-462X. PMC 6813927. PMID 31681395.
- ^ Hassani‐Pak, Keywan; Singh, Ajit; Brandizi, Marco; Hearnshaw, Joseph; Parsons, Jeremy D.; Amberkar, Sandeep; Phillips, Andrew L.; Doonan, John H.; Rawlings, Chris (August 2021). "KnetMiner: a comprehensive approach for supporting evidence‐based gene discovery and complex trait analysis across species". Plant Biotechnology Journal. 19 (8): 1670–1678. doi:10.1111/pbi.13583. ISSN 1467-7644. PMC 8384599. PMID 33750020.
