JASPAR

JASPAR
JASPAR
Database.png
내용
묘사전사인자 바인딩 프로파일의 오픈액세스 데이터베이스
데이터형
발동.		진핵생물 전사인자, 그 결합부위 및 결합프로파일
유기체진핵생물
연락
작가들산델린, A
주요 인용문Sandelin, A. 등(2004년)
발매일2004
접근
웹 사이트http://jaspar.genereg.net/

JASPAR은 수동으로 큐레이션된 비장전사계수(TF) 바인딩 프로파일의 오픈액세스로 널리 사용되는 데이터베이스로, 6개의 분류학적 그룹의 종에서 TF의 Position Frequency Matrix(PFM; 위치 주파수 매트릭스) 및 TFPM([2]Transcription Factor Flexible Model)로 저장됩니다.제공된 PFM에서 사용자는 Position-Specific Weight Matrix(PWM; 위치 고유 가중치 매트릭스)를 생성할 수 있습니다.JASPAR 데이터베이스는 2004년에 도입되었습니다.JASPAR의 [3][4][5][6][7][8][9]최신 릴리스인 2006년, 2008년, 2010년, 2014년, 2016년, 2018년, 2020년 및 2022년에 7개의 주요 업데이트 및 새로운 릴리스가 있었습니다.


유용성

JASPAR 데이터베이스는 오픈 소스이며 http://jaspar.genereg.net/에서 과학 커뮤니티에서 자유롭게 사용할 수 있습니다.

유사한 데이터베이스

  • TRANPAC – 트랜스크립션 팩터 데이터베이스
  • HOCOMOCO - 호모 사피엔스 코엠피얼 모델 콜렉션
  • PAZAR - 실험적으로 검증된 전사인자 결합 사이트에 초점을 맞춘 데이터베이스
  • TFe – 전사율 백과사전
  • AnimalTFDB – 동물 전사인자 데이터베이스
  • PlantCARE – 플랜트의 cis-규제 요소 및 전사 요인(2002년)
  • RegTransBase - 다양한 박테리아 세트의 전사 인자 결합 부위.
  • RegulonDB – 대장균의 전사 규제에 관한 주요 데이터베이스
  • TRRD – Translation Regions Database(주로 규제지역 및 TF 바인딩 사이트에 관한 정보)
  • PlantRegMap 플랜트 문자 변환 규제 맵

레퍼런스

  1. ^ Sandelin, A; Alkema, W; Engström, P; Wasserman, WW; Lenhard, B (1 January 2004). "JASPAR: an open-access database for eukaryotic transcription factor binding profiles". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): D91-4. doi:10.1093/nar/gkh012. PMC 308747. PMID 14681366.
  2. ^ Mathelier, A; Wasserman, W.W. (5 September 2013). "The Next Generation of Transcription Factor Binding Site Prediction". PLOS Computational Biology. 9 (9): e1003214. Bibcode:2013PLSCB...9E3214M. doi:10.1371/journal.pcbi.1003214. PMC 3764009. PMID 24039567.
  3. ^ Vlieghe, D; Sandelin, A; De Bleser, PJ; Vleminckx, K; Wasserman, WW; van Roy, F; Lenhard, B (1 January 2006). "A new generation of JASPAR, the open-access repository for transcription factor binding site profiles". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D95-7. doi:10.1093/nar/gkj115. PMC 1347477. PMID 16381983.
  4. ^ Bryne, JC; Valen, E; Tang, MH; Marstrand, T; Winther, O; da Piedade, I; Krogh, A; Lenhard, B; Sandelin, A (January 2008). "JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D102-6. doi:10.1093/nar/gkm955. PMC 2238834. PMID 18006571.
  5. ^ Portales-Casamar, E; Thongjuea, S; Kwon, AT; Arenillas, D; Zhao, X; Valen, E; Yusuf, D; Lenhard, B; Wasserman, WW; Sandelin, A (January 2010). "JASPAR 2010: the greatly expanded open-access database of transcription factor binding profiles". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D105-10. doi:10.1093/nar/gkp950. PMC 2808906. PMID 19906716.
  6. ^ Mathelier, A; Zhao, X; Zhang, AW; Parcy, F; Worsley-Hunt, R; Arenillas, DJ; Buchman, S; Chen, CY; Chou, A; Ienasescu, H; Lim, J; Shyr, C; Tan, G; Zhou, M; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (January 2014). "JASPAR 2014: an extensively expanded and updated open-access database of transcription factor binding profiles". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D142-7. doi:10.1093/nar/gkt997. PMC 3965086. PMID 24194598.
  7. ^ Mathelier, A; Fornes, O; Arenillas, DJ; Chen, CY; Denay, G; Lee, J; Shi, W; Shyr, C; Tan, G; Worsley-Hunt, R; Zhang, AW; Parcy, F; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (4 January 2016). "JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of transcription factor binding profiles". Nucleic Acids Research. 44 (D1): D110-5. doi:10.1093/nar/gkv1176. PMC 4702842. PMID 26531826.
  8. ^ Khan, Aziz; Fornes, Oriol; Stigliani, Arnaud; Gheorghe, Marius; Castro-Mondragon, Jaime A.; van der Lee, Robin; Bessy, Adrien; Chèneby, Jeanne; Kulkarni, Shubhada R.; Tan, Ge; Baranasic, Damir; Arenillas, David J.; Sandelin, Albin; Vandepoele, Klaas; Lenhard, Boris; Ballester, Benoît; Wasserman, Wyeth W.; Parcy, François; Mathelier, Anthony (13 November 2017). "JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework". Nucleic Acids Research. 46 (D1): D260–D266. doi:10.1093/nar/gkx1126. PMC 5753243. PMID 29140473.
  9. ^ Fornes, Oriol; Castro-Mondragon, Jaime A.; Khan, Aziz; van der Lee, Robin; Zhang, Xi; Richmond, Phillip A.; Modi, Bhavi P.; Correard, Solenne; Gheorghe, Marius; Baranašić, Damir; Santana-Garcia, Walter; Tan, Ge; Chèneby, Jeanne; Ballester, Benoit; Parcy, François; Sandelin, Albin; Lenhard, Boris; Wasserman, Wyeth W.; Mathelier, Anthony (8 January 2020). "JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D87–D92. doi:10.1093/nar/gkz1001. PMC 7145627. PMID 31701148.


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