진패턴

GenePattern
진패턴
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개발자샌디에이고 캘리포니아 대학교 브로드 인스티튜트
안정적 해제
3.9.11 rc4 b216 / 2019년 5월
운영 체제
유형게놈 분석
면허증BSD[1]
웹사이트www.genepattern.org

GenePattern은 Genomic 데이터 분석을 위해 원래 Broad Institute에서 제작 및 개발한 자유롭게 이용할 수 있는 컴퓨터 생물학 오픈 소스 소프트웨어 패키지다.연구자들이 유전체 분석 방법론을 개발, 포착, 재현할 수 있도록 고안된 GenePattern은 2004년에 처음 출시되었다.진패턴은 현재 샌디에이고 캘리포니아 대학에서 개발 중이다.null

기능

GenePattern은 수백 개의 유전체 분석 도구를 이용할 수 있는 강력한 과학적 워크플로우 시스템이다.이러한 분석 도구를 빌딩 블록으로 사용하여 분석 결과를 생성하는 데 사용되는 방법, 파라미터 및 데이터를 캡처하는 정교한 분석 파이프라인을 설계하십시오.파이프라인은 실리코 결과에서 재현 가능한 생성, 편집 및 공유에 사용될 수 있다.null

프로젝트 목표

  1. 접근성:정기적으로 업데이트되는 200개 이상의 분석 및 시각화 도구(데이터 사전 처리, 유전자 표현 분석, 프로테오믹스, 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP) 분석, 흐름 사이토메트리 및 차세대 시퀀싱 지원)를 실행하고 한 지점을 통한 프로그래밍 없이 분석 워크플로우를 생성하고 사용자 인터페이스를 클릭한다.
  2. 재현성:모든 사용자가 완전한 컴퓨터 분석을 공유하고 반복하며 이해할 수 있도록 버전 관리를 통한 자동화된 기록 및 증명서 추적
  3. 확장성:컴퓨팅 사용자는 쉬운 생성 및 통합을 지원하는 도구를 사용하여 공유 방법 및 코드를 가져올 수 있음
  4. 여러 인터페이스:웹 브라우저, 애플리케이션 및 프로그래밍 방식 인터페이스로 다양한 사용자가 분석 모듈과 파이프라인을 사용할 수 있음; 공용 호스팅 서버

특징들

  • 데이터 사전 처리, 유전자 표현 분석, 프로테오믹스, 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP) 분석, 흐름 시토메트리 및 짧은 읽기 시퀀싱을 지원하는 수백 개의 계산 분석 모듈의 리포지토리.
  • Python, Java, MATLAB 및 R의 계산 생물학자 및 개발자가 분석 모듈을 사용할 수 있도록 하는 프로그래밍 방식 인터페이스.
  • 진패턴 노트북 환경: 주피터 노트북 환경에 구축된 진패턴 노트북은 연구원들이 텍스트와 그래픽, 실행 가능한 코드를 상호 연동시키는 진패턴 분석을 노트북 내에서 실행할 수 있도록 해 하나의 '연구 서사'를 만들어낸다.
  • GParc: GenePattern 사용자가 자신의 GenePatter 모듈을 공유하고 논의할 수 있는 리포지토리 및 커뮤니티

유용성

GenePattern 이용 가능:

  1. 아마존 웹 서비스에서 호스팅되는 [2]무료 공공 웹 애플리케이션으로.사용자는 서버에 계정을 만들고, 분석을 수행하고, 파이프라인을 만들 수 있다.
  2. 로컬로 다운로드하여 설치할 수 있는 오픈 소스 소프트웨어로서.[3]
  3. 다른 조직이 호스팅하는 공용 웹 서버.[4]

메모들

  1. ^ "GenePattern: A platform for reproducible bioinformatics". GitHub. 5 November 2021.
  2. ^ "GenePattern". cloud.genepattern.org. Retrieved 2012-05-07.
  3. ^ "GenePattern: Download GenePattern". Broadinstitute.org. Archived from the original on 2012-05-09. Retrieved 2012-05-07.
  4. ^ "Use GenePattern". genepattern.org. 2006-10-07. Archived from the original on 2012-06-07. Retrieved 2012-05-07.

참조

  • GenePattern 노트북 환경] Reich M, Tabor T, Liefeld T, Thorvalddottir H, Hill B, Tamayo P, Mesirov JP.셀 시스템. 2017년 8월 23일(2):149-151.e1.doi:10.1016/j.cels.2017.07.003.Epub 2017년 8월 16일. PMID 28822753; PMC 5572818.
  • Integrative genomic analysis by interoperation of bioinformatics tools in GenomeSpace Qu K, Garamszegi S, Wu F, Thorvaldsdottir H, Liefeld T, Ocana M, Borges-Rivera D, Pochet N, Robinson JT, Demchak B, Hull T, Ben-Artzi G, Blankenberg D, Barber GP, Lee BT, Kuhn RM, Nekrutenko A, Segal E, Ideker T, Reich M, Regev A, Chang HY, Mesirov JP.NAT 방법. 2016년 3월 13일:245-247. doi:10.1038/nmeth.3732.Epub 2016년 1월 18일. PMID 26780094; PMC 4767623.
  • 유전자 발현 분석을 위한 GenePattern 사용] Kuehn, H, Liberzon, A, Reich, M. 및 M. M. Mesirov, J. P. Current Protocols in Bio Informatics.2008. 22:7.12:7.12.1–7.12.39. doi:10.1002/0471250953.bi0712s22
  • 진패턴 2.0 마이클 라이히, 테드 리펠드, 조슈아 굴드, 짐 러너, 파블로 타마요 & 질 P. 메시로프.Nature Genetics - 38, 500 - 501(2006) doi:10.1038/ng0506-500

외부 링크

관련 소프트웨어: