진콜링

GeneCalling

유전체학 분야에서 진콜링은 개방형 플랫폼 mRNA 전사 프로파일링 기법이다.[1]GeneCalling 프로토콜은 cDNA의 수준을 측정하는데, 이는 특정 대본의 유전자 발현 수준과 상관관계가 있다.이 기술에서는 건강한 조직의 유전자 발현과 질병 또는 약물 반응 조직의 차이를 조사하여 비교한다.[2]이 기술은 인간의 조직과[3] 식물 조직의 연구에 적용되었다.[4]null

방법

진콜링 프로세스

GeneCalling 프로토콜에서 mRNA는 먼저 주어진 샘플에서 격리되어 분석을 위해 단편적으로 처리된다.이것은 보통 폴리A RNA로부터 이중 가닥으로 된 cDNA의 합성 및 분열을 포함한다. 그리고 나서 PCR에 의해 증폭되기 위해 라벨로 표시된 어댑터에 묶인 분할된 cDNA와 그 결과로 생긴 파편들의 집합을 소화하기 위해 별개의 제한 효소의 세트를 사용할 수 있다.그런 다음 PCR 제품을 정제하여 고정 레이저 흥분 및 멀티 컬러 충전 결합 장치 영상 시스템을 사용하는 탑재 플랫폼에서 젤 전기영향을 받는다.[5]PCR 프라이머 중 하나의 5' 끝단에 있는 형광 라벨은 PCR 파편을 시각화할 수 있도록 하며, cDNA는 피크 높이와 분산을 기반으로 병합된 프로필을 생성하기 위해 여러 개의 분리되고 동일한 제한 다이제스트에 노출된다.[6]그런 다음, cDNA 준비물에서 합병된 소화 프로필을 (정상 조직과 병든 조직 또는 약물 반응 조직과 같은) 다르게 표현된 조각의 위치와 비교한다. 이러한 프로파일은 GeneScape와 같은 다양한 인터넷 사용 데이터베이스를 통해 비교된다.[7]null

참조

  1. ^ Kirst, M. E. (1 May 2005). "Identification and Characterization of Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation Proteins Differentially Affected by Endoplasmic Reticulum Stress". Plant Physiology. 138 (1): 218–231. doi:10.1104/pp.105.060087. PMC 1104177. PMID 15849299.
  2. ^ Green, Cynthia D.; Simons, Jan Fredrik; Taillon, Bruce E.; Lewin, David A. (April 2001). "Open systems: panoramic views of gene expression". Journal of Immunological Methods. 250 (1–2): 67–79. doi:10.1016/S0022-1759(01)00306-4. PMID 11251222.
  3. ^ 유전자 데이터베이스 조회에 결합된 대본 프로파일링에 의한 유전자 표현 분석네이처 바이오테크놀로지 17, 798-803: 1999
  4. ^ 에스트라디올 유도전사계수 CRC와 P에 의해 제어되는 메이즈 플라보노이드 경로유전자의 표현 프로파일링플랜트 셀 12, 65-79: 2000
  5. ^ Klein, S; de Fougerolles, AR; Blaikie, P; Khan, L; Pepe, A; Green, CD; Koteliansky, V; Giancotti, FG (August 2002). "Alpha 5 beta 1 integrin activates an NF-kappa B-dependent program of gene expression important for angiogenesis and inflammation". Molecular and Cellular Biology. 22 (16): 5912–22. doi:10.1128/mcb.22.16.5912-5922.2002. PMC 133962. PMID 12138201.
  6. ^ Shimkets, R.A.; et al. (1999). "Gene Expression Analysis by Transcript Profiling Coupled to a Gene Database Query". Nat. Biotechnol. 17 (8): 798–803. doi:10.1038/11743. PMID 10429247. S2CID 25463457.
  7. ^ Grotewold, Erich (2003). Plant Functional Genomics. Springer Science & Business Media. p. 386. ISBN 9781592594139. Retrieved 17 October 2016.