표현 아틀라스
Expression Atlas| 내용 | |
|---|---|
| 설명 | 종과 조건에 걸친 유전자 발현 |
| 데이터 유형 발동. | 마이크로 어레이 데이터 및 기타 유전자 표현 |
| 유기체 | 인간, 쥐, 쥐, 과일파리, 닭, 회충, 멧돼지, 제브라피쉬, 소 등 |
| 연락처 | |
| 리서치센터 | 엠블-에비 |
| 1차 인용 | PMID 31665515 |
| 출시일자 | 2020년 3월 |
| 접근 | |
| 웹사이트 | www |
| 도구들 | |
| 웹 | 고급 검색, 대량 검색/다운로드 |
| 잡다한 | |
| 데이터 릴리스 빈도수 | 1년에 3~4회 |
| 큐레이션 정책 | 모든 스터디의 수동 큐레이션. |
Expression Atlas는 RNA-Seq와 Microarray 연구에서 나온 유전자 발현 패턴과 프로테오믹스 연구에서 나온 단백질 발현에 대한 정보를 제공하는 유럽 생물정보학 연구소가 관리하는 데이터베이스다.[1] Expression Atlas는 유전자, 스플라이스 변형, 단백질 속성, 질병, 치료 또는 유기체 부분(세포 유형/결함)에 의한 검색을 허용한다. 개별 유전자 또는 유전자 세트를 검색할 수 있다. Expression Atlas의 모든 데이터셋은 메타데이터를 수동으로 큐레이션하고 표준화된 분석 파이프라인을 통해 데이터를 분석한다. Expression Atlas에는 Baseline Atlas와 Different Atlas의 두 가지 구성요소가 있다.
베이스라인 아틀라스
Baseline Atlas는 "정상적인" 조건 하에서 어떤 유전자 생산물이 존재하는지(그리고 어떤 풍요로움에서)에 대한 정보를 제공한다. Expression Atlas의 이 구성요소는 ArrayExpress 리포지토리에서 RNA-seq 실험으로 구성된다. 다음과 같은 질문에 답하는 것을 목적으로 한다.
- 어떤 유전자가 신장에 구체적으로 표현되는가?
- 정상 조직에서 유전자 SAA4의 표현 패턴은 무엇인가?
차등 아틀라스
Differential Atlas는 사용자가 다른 실험 조건에서 상향 조절되거나 하향 조절된 유전자를 식별할 수 있게 해준다.
참고 항목
참조
- ^ Papatheodorou I, Moreno P, Manning J, Fuentes AM, George N, Fexova S, et al. (Jan 2020). "Expression Atlas update: from tissues to single cells". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D77–D83. doi:10.1093/nar/gkz947. PMC 7145605. PMID 31665515.
추가 읽기
- Petryszak R, Burdett T, Fiorelli B, Fonseca NA, Gonzalez-Porta M, Hastings E, et al. (January 2014). "Expression Atlas update--a database of gene and transcript expression from microarray- and sequencing-based functional genomics experiments". Nucleic Acids Research. Oxford University Press (OUP). 42 (Database issue): D926-32. doi:10.1093/nar/gkt1270. PMC 3964963. PMID 24304889.
- Kapushesky M, Adamusiak T, Burdett T, Culhane A, Farne A, Filippov A, et al. (January 2012). "Gene Expression Atlas update--a value-added database of microarray and sequencing-based functional genomics experiments". Nucleic Acids Research. Oxford University Press (OUP). 40 (Database issue): D1077-81. doi:10.1093/nar/gkr913. PMC 3245177. PMID 22064864.
외부 링크
- "About Expression Atlas". European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).
