분자 운동 데이터베이스

Database of Molecular Motions
고분자 운동 데이터베이스
원본 작성자마크 거슈타인
베르너 G. 크레브스[1]
개발자예일 대학교 molmovdb.org 팀
초기 릴리즈1996; 26년 전 (1996년)[2]
유형생물정보학 데이터베이스, 서비스형 소프트웨어(Software as a Service[3]
웹사이트molmovdb.org

고분자 운동 데이터베이스(Molmovdb)는 고분자 운동을 분류하려고 시도하는 생물정보학 데이터베이스와 Software-as-a-Service 도구로, 때로는 순응적 변화라고도 한다.[4][5][6]이것은 원래 마크 B에 의해 개발되었다. 예일대 분자생물물리학 생화학과의 게르슈타인, 베르너 크렙스, 나트 에콜스.[7][8]null

토론

1990년대 후반 그것의 도입 이후, 데이터베이스 상의 동료 검토 논문들은 수천 건의 인용문을 받았다.[9][10]이 데이터베이스는 주요 과학저널,[4][6][5] 도서장 등의 뉴스 기사에서 언급되어 왔다.[7][8]null

사용자는 단백질 이름 또는 단백질 데이터 뱅크 ID 번호로 특정 동작에 대한 데이터베이스를 검색할 수 있다.[1]그러나 일반적으로 사용자는 단백질 데이터 뱅크를 통해 데이터베이스에 입력하게 되는데, 두 데이터베이스에서 발견된 단백질의 molmovdb 엔트리에 대한 하이퍼링크를 제공하는 경우가 많다.null

데이터베이스에는 비전문가가 단편영화의 제작을 통해 특정 유형의 단백질 순응적 변화를 애니메이션화 및 시각화할 수 있는 웹 기반 툴(모프 서버)이 포함되어 있다.이 시스템은 두 개의 서로 다른 단백질 컨포머 사이의 구조적 변화를 보간하고 일련의 중간 구조를 생성하기 위해 분자 모델링 기법을 사용한다.그런 다음 형태 결과를 가리키는 하이퍼링크가 사용자에게 이메일로 전송된다.[3]null

모프 서버는 원래 일반 분자 애니메이션 툴이 아닌 주로 연구 툴이었기 때문에 렌더링, 애니메이션 매개변수, 색상, 관점에 대한 제한된 사용자 제어만 제공했으며, 원래 방법은 때때로 완료되기까지 상당한 CPU 시간이 필요했다.[11]1996년 처음 도입된 이후 데이터베이스와 관련 형태 서버는 정상 모드 분석과 같은 새로운 기능을 추가하기 위해 이러한 단점들을[2][12] 해결하기 위해 개발을 거쳤다.[13]다른 연구 근거들은 이후 앨버타 대학의 무비메이커와 같은 대체 시스템을 개발했다.[11]null

상용화

생물정보학 벤더 DESTAR는 데이터베이스의 형태들을 상업용 Protean3D 제품에 통합했다.[14][15]DOSTAR와 데이터베이스 작성자 간의 연결은, 있는 경우, 즉시 명확하지 않다.null

참고 항목

메모들

  • Gu, Jenny; Bourne, Philip E. (March 2009). Structural Bioinformatics (2nd ed.). Wiley-Blackwell. ISBN 978-0-470-18105-8.
  • Frauenfelder, Hans (10 June 2010). "Chapter 26 on Protein Motions". The Physics of Proteins: An Introduction to Biological Physics and Molecular Biophysics (Biological and Medical Physics, Biomedical Engineering). ISBN 978-1441910431.
  • Frauenfelder H (20 April 1989). "New looks at protein motions". Nature. 338 (6217): 623–4. Bibcode:1989Natur.338..623F. doi:10.1038/338623a0. S2CID 33628943.
  • Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). "Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool". Protein Sci. 14 (3): 633–43. doi:10.1110/ps.04882105. PMC 2279292. PMID 15722444.
  • Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). "Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures". BMC Bioinformatics. 5: 2. doi:10.1186/1471-2105-5-2. PMC 344530. PMID 14715091.
  • Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). "MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility". Nucleic Acids Res. 31 (1): 478–82. doi:10.1093/nar/gkg104. PMC 165551. PMID 12520056.
  • Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). "Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic". Proteins. 48 (4): 682–95. doi:10.1002/prot.10168. PMID 12211036. S2CID 1132091.

참조

  1. ^ a b Gerstein M, Krebs W (September 1998). "A database of macromolecular motions". Nucleic Acids Res. 26 (18): 4280–90. doi:10.1093/nar/26.18.4280. PMC 147832. PMID 9722650.
  2. ^ a b Flores, S; Echols, N; Milburn, D; Hespenheide, B; Keating, K; Lu, J; Wells, S; Yu, E. Z.; Thorpe, M; Gerstein, M (2006). "The Database of Macromolecular Motions: new features added at the decade mark". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D296–301. doi:10.1093/nar/gkj046. PMC 1347409. PMID 16381870.
  3. ^ a b Krebs WG, Gerstein M (April 2000). "SURVEY AND SUMMARY: The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework". Nucleic Acids Res. 28 (8): 1665–75. doi:10.1093/nar/28.8.1665. PMC 102811. PMID 10734184.
  4. ^ a b "Hot Picks". Science. 284 (5416): 871b–871. 1999-05-07. doi:10.1126/science.284.5416.871b. ISSN 0036-8075. S2CID 220104660.
  5. ^ a b Bourne PE, Helge W, eds. (2003). Structural Bioinformatics. Hoboken, NJ: Wiley-Liss. p. 229. ISBN 978-0-471-20199-1. OCLC 50199108.
  6. ^ a b Bourne,PE; Murray-Rust, J; Lakey JH (Feb 1999). "Protein-nucleic acid interactions Folding and binding Web alert". Current Opinion in Structural Biology. 9 (1): 9–10. doi:10.1016/S0959-440X(99)90000-3.
  7. ^ a b "Morphs". Proteopeida. Proteopeida. Retrieved 2015-10-30.
  8. ^ a b Borner (ed.). Knowledge Management and Visualization Tools in Support of Discovery (NSF Workshop Report) (PDF) (Report). National Science Foundation Workshop. p. 5. Archived from the original (PDF) on 2016-03-04. Retrieved 2015-12-26.
  9. ^ "Mark Gerstein - Google Scholar Citations". scholar.google.com. Retrieved 2015-12-26.
  10. ^ "Werner G. Krebs - Google Scholar Citations". scholar.google.com. Retrieved 2015-12-26.
  11. ^ a b Maiti R, Van Domselaar GH, Wishart DS (July 2005). "MovieMaker: a web server for rapid rendering of protein motions and interactions". Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue): W358–62. doi:10.1093/nar/gki485. PMC 1160245. PMID 15980488.
  12. ^ Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). "Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures". BMC Bioinformatics. 5: 2. doi:10.1186/1471-2105-5-2. PMC 344530. PMID 14715091.
  13. ^ Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). "Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool". Protein Sci. 14 (3): 633–43. doi:10.1110/ps.04882105. PMC 2279292. PMID 15722444.
  14. ^ "The Motion Library in Protean3D documentation". www.dnastar.com. Retrieved 2015-11-13.
  15. ^ "Protean3D overview". www.dnastar.com. Retrieved 2015-11-13.

외부 링크