DIMPL

DIMPL

DIMPL(Discovery of Intergenic Motives PipeLine)은 구조화 비부호화 RNA(ncRNA)[1]를 위해 농축된 세균 GC가 풍부한 유전자간 영역(IGR)을 추출 및 선택할 수 있는 바이오 인포매틱 파이프라인입니다.ncRNA 모티브 발견을 위해 세균 IGR을 농축하는 방법은 "세균에서 구조화된 비코드 RNA의 유전자 전체 발견"[2] 연구를 위해 처음 보고되었다.

DIMPL 파이프라인은 IGR을 추출하고 길이와 핵산 조성에 따라 필터링하며 후보 모티브를 식별하고 가능한 기능을 할당하는 데 필요한 데이터를 수집함으로써 전체 게놈 분석 프로세스를 자동화합니다.DIMPL 파이프라인은 서포트 벡터 머신(SVM) 분류기를 통해 ncRNA용으로 농축된 게놈 영역을 식별하기 위한 재현 가능한 기술을 제공합니다.리보스위치 유사 요소, 업스트림 오픈 리딩 프레임(uORF), 쇼트 오픈 리딩 프레임(sORF), 리보솜 단백질 리더 배열, 이기적인 유전 요소 및 미지의 다른 구조화된 RNA 모티브를 포함한 핵산 및 단백질 모티브를 찾는 데 사용할 수 있다.

DIMPL에서는 다음과 같은 다양한 시퀀스 분석 리소스가 사용됩니다.

  • Rfam 데이터베이스,[3] 알려진 RNA 패밀리의 참조
  • BLASTX 검색 도구,[4] 비주석 단백질 코드 영역을 제거합니다.
  • INFERNAL 패키지,[5][6] IGS 시퀀스 검색
  • CMFinder,[7] 가능한 RNA 2차 구조 특징 찾기
  • 합의 모델을 생성하기[8] 위한 R-scape 소프트웨어 [9]및 R2R 그리기 알고리즘
  • RNA 코드,[10] 코딩 영역의 존재를 찾습니다.
  • GenomeView,[11] RNA 모티브의 유전적 맥락을 시각화합니다.

DIMPL을 사용하여 발견된 RNA 모티브는 HMP-PP 리보스위치, icd-II ncRNA 모티브, carA ncRNA 모티브, ldh2 ncRNA [12]모티브 등을 포함한다.

레퍼런스

  1. ^ Brewer, Kenneth I.; Gaffield, Glenn J.; Puri, Malavika; Breaker, Ronald R. (2021-09-15). "DIMPL: a bioinformatics pipeline for the discovery of structured noncoding RNA motifs in bacteria". Bioinformatics. 38 (2): 533–535. doi:10.1093/bioinformatics/btab624. ISSN 1367-4811. PMC 8723152. PMID 34524415.
  2. ^ Stav, Shira; Atilho, Ruben M.; Mirihana Arachchilage, Gayan; Nguyen, Giahoa; Higgs, Gadareth; Breaker, Ronald R. (2019-03-22). "Genome-wide discovery of structured noncoding RNAs in bacteria". BMC Microbiology. 19 (1): 66. doi:10.1186/s12866-019-1433-7. ISSN 1471-2180. PMC 6429828. PMID 30902049.
  3. ^ Kalvari, Ioanna; Nawrocki, Eric P.; Argasinska, Joanna; Quinones-Olvera, Natalia; Finn, Robert D.; Bateman, Alex; Petrov, Anton I. (2018-06-05). "Non-Coding RNA Analysis Using the Rfam Database". Current Protocols in Bioinformatics. 62 (1): e51. doi:10.1002/cpbi.51. ISSN 1934-340X. PMC 6754622. PMID 29927072.
  4. ^ Camacho, Christiam; Coulouris, George; Avagyan, Vahram; Ma, Ning; Papadopoulos, Jason; Bealer, Kevin; Madden, Thomas L. (2009-12-15). "BLAST+: architecture and applications". BMC Bioinformatics. 10: 421. doi:10.1186/1471-2105-10-421. ISSN 1471-2105. PMC 2803857. PMID 20003500.
  5. ^ Mandiwanza, Tafadzwa; Kaliaperumal, Chandrasekaran; Mulligan, Linda; Ryan, Elizabeth; Looby, Seamus; Caird, John; Brett, Francesca (2017-02-20). "Child with radiologically recurrent thalamic tumor". Brain Pathology. 27 (2): 239–240. doi:10.1111/bpa.12490. ISSN 1015-6305. PMC 8029015. PMID 28217956.
  6. ^ Nawrocki, Eric P.; Eddy, Sean R. (2013-11-15). "Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches". Bioinformatics. 29 (22): 2933–2935. doi:10.1093/bioinformatics/btt509. ISSN 1367-4811. PMC 3810854. PMID 24008419.
  7. ^ Yao, Zizhen; Weinberg, Zasha; Ruzzo, Walter L. (2006-02-15). "CMfinder--a covariance model based RNA motif finding algorithm". Bioinformatics. 22 (4): 445–452. doi:10.1093/bioinformatics/btk008. ISSN 1367-4803. PMID 16357030.
  8. ^ Rivas, Elena; Clements, Jody; Eddy, Sean R. (2016-11-07). "A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs". Nature Methods. 14 (1): 45–48. doi:10.1038/nmeth.4066. ISSN 1548-7105. PMC 5554622. PMID 27819659.
  9. ^ Weinberg, Zasha; Breaker, Ronald R. (2011-01-04). "R2R--software to speed the depiction of aesthetic consensus RNA secondary structures". BMC Bioinformatics. 12: 3. doi:10.1186/1471-2105-12-3. ISSN 1471-2105. PMC 3023696. PMID 21205310.
  10. ^ Washietl, Stefan; Findeiss, Sven; Müller, Stephan A.; Kalkhof, Stefan; von Bergen, Martin; Hofacker, Ivo L.; Stadler, Peter F.; Goldman, Nick (2011-02-28). "RNAcode: robust discrimination of coding and noncoding regions in comparative sequence data". RNA. 17 (4): 578–594. doi:10.1261/rna.2536111. ISSN 1469-9001. PMC 3062170. PMID 21357752.
  11. ^ Abeel, Thomas; Van Parys, Thomas; Saeys, Yvan; Galagan, James; Van de Peer, Yves (2011-11-18). "GenomeView: a next-generation genome browser". Nucleic Acids Research. 40 (2): e12. doi:10.1093/nar/gkr995. ISSN 1362-4962. PMC 3258165. PMID 22102585.
  12. ^ Brewer, Kenneth I.; Greenlee, Etienne B.; Higgs, Gadareth; Yu, Diane; Mirihana Arachchilage, Gayan; Chen, Xi; King, Nicholas; White, Neil; Breaker, Ronald R. (2021-05-10). "Comprehensive discovery of novel structured noncoding RNAs in 26 bacterial genomes". RNA Biology. 18 (12): 2417–2432. doi:10.1080/15476286.2021.1917891. ISSN 1555-8584. PMC 8632094. PMID 33970790. S2CID 234361097.