코엔투브
CoNTub | |
 CoNTub 1.0의 메인 뷰 스크린샷. | |
| 개발자 | 그뤼포 데 모델리자시온 이 디데뇨 분자[1][2] |
|---|---|
| 초기 릴리즈 | 2004년 4월; 전( |
| 안정적 해제 | 2.0 / 2011년 9월; 전 |
| 운영 체제 | 교차 플랫폼. |
| 유형 | 체민포머틱스 / 분자 모델링 |
| 면허증 | 프리웨어 |
| 웹사이트 | www |
CoNTub는 Java로 작성된 소프트웨어 프로젝트로, Java 지원 웹 브라우저를 통해 Windows, Mac OS X, Linux 및 Unix 운영 체제에서 실행된다.결함이나 공개라고도 하는 비헥사곤(펜타곤 또는 헵타곤) 링의 배치를 통해 임의 탄소 나노튜브 연결부의 3D 구조를 생성하는 알고리즘을 최초로 구현한 것이다.null
소프트웨어는 계산 화학에 사용하기 위한 복잡한 탄소 나노튜브 구조 구축 전용 공구 세트다.CoNTub 1.0은[1] 이러한 복잡한 구조물을 구축하기 위한 최초의 구현이었으며 나노튜브 이질접합을 포함했으며, CoNTub 2.0은[2] 주로 3나노튜브접합을 전담한다.그것의 목표는 새로운 나노튜브 기반의 장치에 대한 디자인과 연구를 돕는 것이다.CoNTub는 스트립 대수학을 기반으로 하며, 두 개의 구체적이고 임의적인 탄소 나노튜브와 가능한 많은 3-튜브 결합을 연결하는 독특한 구조를 찾을 수 있다.null
CoNTub는 단일벽 나노튜브(SWNT)와 다중벽 나노튜브(MWNT)를 포함한 다양한 종류의 나노튜브 결합물, 즉 나노튜브 이성교합물 및 3 나노튜브 결합물의 기하학적 구조를 생성한다.null
현재 버전의 CoNTub는 v2.0이지만 v1.0 기능을 v.2.0에 통합할 계획이지만 v2.0은 현재 3나노튜브 연결에만 전용되므로 이 버전이 v1.0을 대체하지는 않는다.나노튜브 이질 결합은 v1.0에서만 생성될 수 있다.null
CoNTub v1.0은 5개의 탭베드 패널 CoNTub로[1] 구성되어 있으며, 첫 번째 3개는 구조 생성 전용, 네 번째는 PDB 형식의 출력 전용이며, 다섯 번째에는 짧은 도움말 섹션이 포함되어 있다.null
CoNTub v2.0은 주요 재설계를 실험했고, 창은 제거되었다. 대신 생성될 구조의 유형을 선택할 수 있는 전통적인 메누황이 추가되었다.이질결합생성을 위한 메뉴 항목이 메뉴에 나타나지만 버튼이 비활성화되어 있어 NTHJ는 v1.0으로만 생성할 수 있다.
특징들
- 3D 분자 뷰어
- 두 나노튜브의 지수(i,j)와 길이(l)로부터 탄소 나노튜브 헤테로준치의 구조 생성.
- 지수(i,j) 및 길이(l)에서 단벽 나노튜브(SWNT)의 구조 생성
- 결합된 나노튜브의 지수를 고려할 때 가능성 목록에서 선택한 대칭 3나노튜브 결합(TNJ)의 구조 생성.
- 단일 벽 나노튜브(SWNT)에 대한 전자 밴드 구조 및 상태 밀도(DOS) 표시
- 지수(i,j) 및 길이(l), 쉘 수(N) 및 간격(S)에서 다중 벽 나노튜브의 구조 생성.
- 구조물의 xyz 좌표를 PDB 파일 형식으로 출력
나노튜브 세대
SWNT를 생성하려면 튜브의 지수, 원하는 길이(Angstrom), 매달린 결합의 종료를 위한 원자의 유형만 소개하면 된다.콘튜브는 촘촘한 바인딩 모델에 이어 나노튜브뿐만 아니라 전자 밴드 구조와 상태 밀도(DOS)를 디스플레이 한다.[3]null
MWNT - 축과 길이가 같은 다중 튜브 - 가장 안쪽 튜브(i,j), 원하는 길이(l), 쉘 수(N), 앙스트롬에서 쉘 또는 간격(S) 사이의 대략적인 거리를 제공함으로써 생성된다.간격의 기본값은 결정 흑연(3.4 å)의 층간 표준 거리에 해당한다.ConTub는 나머지 튜브의 지수를 자동으로 선택해 층간 간격을 조정하고 내부 나노튜브와 동일한 처림성을 가진 튜브를 사용하려고 시도한다.null
이질결합생성
이것이 CoNTub[1] 프로그램의 핵심이다.스트립 대수학(Strip 대수학)은 두 개의 완벽한 탄소 나노튜브를 기하학, 반지름 또는 치례와 독립적으로 결합할 수 있도록 구현되었는데,[4] 가능한 가장 단순한 기하학, 즉 비헥사곤 고리(오각형 및 헵타곤)의 수가 가장 적은 것으로 결점 또는 공개라고도 한다.두 개의 튜브와 스트립 대수 사이에는 항상 가능한 연결이 존재하며, 그 해결책은 고유하고 두 튜브의 지수(i,j)에만 의존한다.null
C3 대칭 3나노튜브 접합 생성
3나노튜브의 결합으로 이어지는 원자와 고리의 정확한 위치를 설명하기 위해 CoNTub 제2판에서는 스트립 대수학의 추가 구현이 발표되었다.null
3나노튜브 사이의 연결은 이단접합에 필요한 단일 오각형 및 헵타곤 대신 적어도 6 헵타의 존재가 필요하다.이 경우 기하학을 지배하는 방정식 집합은 제한보다 풀어야 할 변수가 많아 가능한 기하학은 무한 집합을 구성한다.나노튜브 구축에 대한 세부 절차도 발표되었다.
기하학에 추가적인 제약을 가하면 실행 가능한 기하학의 발견을 용이하게 할 수 있으며, 이것이 CoNTub의 현재 버전에서 적용되는 것이다.연결된 관을 같은 종류로 강제하고, 추가3 C 대칭을 강제하면 기하학적 구조를 자동화하는 방법을 찾을 수 있다.그러나 이러한 제약이 있더라도 가능성은 여전히 무궁무진하다.따라서, 분기점을 건설하기 전부터, 접속점의 생존 가능성을 추정할 수 있는 방법이 개발되어야 했다.그 비육각 고리를 보면
이미지 갤러리
CoNTub v1.0 - 3D 뷰어 패널(확대축소)null
CoNTub v1.0 - 3D 뷰어 패널(커트백 및 볼&스틱 모드)null
CoNTub v1.0 HEATEOJUNTION 패널.null
CoNTub v1.0 HEATEOJUNTION 패널.null
CoNTub v1.0 SWNT 패널.null
CoNTub v1.0 SWNT 패널.null
CoNTub v1.0 MWNT 패널.null
CoNTub v1.0 출력 패널.null
참고 항목
참조
- ^ Melchor, S.; Dobado, J.A. (2004). "CoNTub: An Algorithm for Connecting Two Arbitrary Carbon Nanotubes". J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 (5): 1639–1646. doi:10.1021/ci049857w. PMID 15446821.
- ^ Melchor, S.; Martin-Martinez, F.J.; Dobado, J.A. (2011). "CoNTub v2.0 - Algorithms for Constructing C3-Symmetric Models of Three-Nanotube Junctions". J. Chem. Inf. Model. 51: 1492–1505. doi:10.1021/ci200056p.
- ^ S.S. S.S.의 사빈스키; Khokhriakov, N.V. Pi-Electron States of Carbon Nanotube의 특징.J. Exp.이론, 1997, 84, 1131-1137
- ^ Melchor, S.; Khokhriakov, N.V.; Savinskii, S.S. (1999). "Geometry of Multi-Tube Carbon Clusters and Electronic Transmission in Nanotube Contacts". Molecular Engineering. 8 (4): 315–344. doi:10.1023/A:1008342925348.
