caBIG

caBIG


카그리드
개발자NCI의 생물 의학 정보 및 정보 기술 센터(CBIIT), 오하이오 주립 대학교 연구 재단, 시카고 대학교 - 아르곤네 국립 연구소, 시맨틱비트 LLC, Ekagra 소프트웨어 기술
유형그리드 컴퓨팅, 웹 서비스
면허증BSD 3-폐쇄
웹사이트cagrid.org

암 생물 의학 정보 그리드(caB)IG)는 암 연구에 관한 안전한 데이터 교환을 위해 caGrid라고 불리는 오픈소스 오픈 액세스 정보 네트워크를 개발하기 위한 미국 정부 프로그램이었다.이니셔티브는 국립암연구소(National Institute of Health)가 개발했으며, 바이오의학정보기술센터(CBIIT)가 유지했다.2011년 caB에 대한 보고서인터넷 거버넌스는 효과와 감독에 대해 중대한 문제를 제기했고, 예산과 범위가 대폭 축소되었다.2012년 5월 caB로 국가암정보프로그램(NCIP)이 만들어졌다.IG의 후계자 프로그램.

역사

미국 국립암연구소(NCI)는 암 생물 의학 정보 그리드(caB)에 자금을 지원했다.IG) 2004년 봄의 이니셔티브,[1] 케네스 뷰에토우 대표.그리드 컴퓨팅으로 알려진 기술을 이용해 미국의 바이오의학 암 연구자들을 연결시키는 것이 목표였다.생명정보기술센터(CBIIT)가 주도하는 이 프로그램은 3년 시범 단계로 시작됐다.시범 단계는 2007년 3월에 마무리되었고, 재판이 발표되었다.[2]Buetow는 2008년에 이 프로그램을 홍보했다.[1][3]

조직 간 데이터 공유를 위한 기반 인프라인 caGrid 외에도 caBIG는 데이터 공유를 촉진하기 위해 소프트웨어 툴, 데이터 공유 정책, 공통 표준 및 어휘를 개발했다.

대상 소프트웨어 도구:

  • 기초연구자료의 수집, 분석, 관리
  • 환자 등록에서 부작용 보고 및 분석에 이르기까지 임상 시험 관리
  • 의료 영상 데이터의 수집, 주석, 공유 및 저장
  • 바이오스페시먼트 관리

CABIG는 소위 "학습 의료 시스템"이라고 불리는 바이오의약품에 대한 접근방식에 기초적인 기술을 제공하려고 노력했다.[4]이는 연구자와 임상의가 협업적으로 검토하여 최신 연구 결과를 작업에 정확하게 통합할 수 있도록 연구와 관리의 모든 분야 간의 신속한 정보 교환에 의존한다.궁극적인 목표는 생물의학 연구과정의 속도를 높이는 것이었다.흔히 '개인의학'이라고 불리는 것을 위해 추진되기도 했다.caBIG 기술은 생체마커를 사용하여 유방암에 걸린 여성들에게 적합한 치료법을 결정하도록 고안된 이미징으로 치료 반응을 예측하기 위한 시리얼 연구와 분자 애나루션 2(I-SPy2)와 같은 적응형 임상시험에 사용되었다.[5]

건강정보기술

의료정보기술(HIT)은 연구자, 의료사업자, 소비자 간 의료정보의 관리와 안전한 교환을 위해 추진됐다.caB를 언급하는 HIT 이니셔티브인터넷 거버넌스: NCI와 미국임상 종양학회는 caB를 사용하여 종양학 고유의 전자 건강 기록 시스템을 만들기 위한 협력을 시작했다.상호운용성을 위한 IG 표준으로, 종양학자가 종양학 고유의 특정 중재적 문제를 정확하게 포착하는 전자적 형식으로 환자 정보를 관리할 수 있게 된다.전국 보건 정보 네트워크는 지리적으로 상이한 소스 간에 환자 의료 데이터를 공유하고 전자적으로 연결된 국가 보건 정보 교환을 만들기 위한 이니셔티브였다.어떻게든 관련이 있을지도 모른다.

공동작업

개인 맞춤형 의약품을 홍보하기 위해 2008년 BIG Health Consortium이 결성되었으나 2012년 해체되었다.[6]2009년 7월, caBIG는 임상시험에 참여하고자 하는 여성의 온라인 코호트를 구축하기 위해 수잔 러브 연구 재단과의 협력을 발표했다.[7]'여성의 군대'라고 불리는 이 사이트는 2009년 12월까지 데이터베이스에 100만 명의 목표를 가지고 있었으며, 2010년까지 약 3만 명의 여성과 남성이 가입자가 있었다.[8]

암 게놈아틀라스는 2015년까지 최소 20개 암에 걸쳐 1만개 이상의 종양을 특성화하는 것을 목표로 삼았다.caBIG는 데이터베이스의 다양한 연구 데이터를 수집, 구성, 공유 및 분석할 수 있는 연결성, 데이터 표준 및 도구를 제공했다.2007년부터 NCI는 영국 국립암연구소(NCRI)와 협력했다.양 기관은 2009년 8월 발표된 NCRI OnIX(Oncology Information Exchange) 웹 포털과 caGrid를 활용한 협업 연구 및 연구 데이터의 안전한 교환을 위한 기술을 공유했다.[9]오닉스는 2012년 3월 문을 닫았다.[10]듀크연구소는 caB를 사용했다.IG 임상시험 도구들은 북경대학교 베이징 암병원과의 협력에 있다.[11]

실행

이 프로젝트는 65개의 NCI 지정 암센터를 연결하여 공동 연구를 가능하게 하는 것을 목적으로 했다.참여 기관은 caB를 "적용"할 수 있다.caGrid 또는 "적응" 상용 또는 자체 개발 소프트웨어를 통해 데이터를 직접 공유하는 IG 도구 caBIG 호환.더 caBIG 프로그램은 상호운용 가능한 소프트웨어 도구를 위한 SDK(Software Development Kit)를 개발했으며, 기존 도구를 수정하거나 애플리케이션을 개발하는 프로세스에 대한 지침을 caB로 개발했다.IG 호환.

기업 지원 네트워크 프로그램에는 도메인별 전문지식과 서비스 계약 방식으로 지원을 제공하는 제3자 기관인 지원 서비스 제공업체가 포함되었다.[12]라이프레이 소프트웨어를 사용하는 웹 포털은 2008년부터 2013년까지 이용 가능했다.[13]

오픈 소스

2004년 이후, caB는인터넷 거버넌스 프로그램은 다른 민관 협력관계를 채택한 오픈소스 커뮤니티를 사용했다.더 caB인터넷 거버넌스 프로그램은 주로 상업적 연구 공동체 내의 소프트웨어 개발 팀과 계약에 따라 소프트웨어를 생산했다.[citation needed]

일반적으로 미국 정부 계약에 따라 개발된 소프트웨어는 미국 정부와 미국 납세자의 재산이다.특정 계약의 조건에 따라 정보자유법(FOIA)에 따른 요청에 의해서만 접근할 수 있을 것이다.그러한 요청에 대한 대응의 적시성은 요청자가 FOIA 요청에 따라 출시된 소프트웨어로부터 이차적 가치를 얻는 것을 방해할 수 있다.

caBIG 프로그램은 모든 caB를 배치했다.소프트웨어 저장소에 있는 IG 소프트웨어는 자유롭게 다운로드할 수 있다.오픈 소스는 누구나 다운로드 받은 소프트웨어를 수정할 수 있다는 것을 의미하지만, 다운로드된 소프트웨어에 적용되는 라이센스는 일반적인 것보다 더 큰 유연성을 허용한다.개인 또는 기업이 수정된 코드를 caB에 다시 제공할 수 있음인터넷 거버넌스 프로그램 그러나 그렇게 할 필요는 없다.마찬가지로 개조는 오픈 소스로 사용할 수 있지만 오픈 소스로 사용할 필요는 없다.더 caBIG 라이선싱은 caB의 사용도 허용한다.IG 애플리케이션 및 구성요소는 추가 및 변경사항과 결합하여 상용 제품으로 출시되어야 한다.caB의 이러한 측면들인터넷 거버넌스 프로그램은 실제로 caB의 상용화를 장려한다.인터넷 거버넌스 기술.

결과.

2008년 GlaxoSmithKline은 암세포 유전체 데이터를 caBIG와 공유할 것이라고 발표했다.[14]일부 민간 기업들은 caB의 혜택을 주장했다.2010년의 인터넷 거버넌스 기술.[15]

caGrid 커뮤니티 웹사이트는 2007년에 만들어졌다.[16]핵심 소프트웨어의 1.x 버전은 BSD 3-Clause 라이센스에 따라 2013년 중반 GitHub 프로젝트에 추가되었다.[17]Globus Toolkit 버전 4.03과 Taborna 워크벤치 시스템을 사용하여 워크플로우와 비즈니스 프로세스 실행 언어를 관리했다.[17][18][19]도입이라고 불리는 소프트웨어는 2006년경에 개발되었다.[20]기고자에는 오하이오 주립대 임상 및 번역 과학 센터와 민간 기업 에카그라 소프트웨어 기술과 시멘틱 비트가 포함되었다.[16]

비판

2008년까지 일부에서는 이 프로그램이 대형 제약회사에 혜택을 주고 있는지에 대해 의문을 제기했다.[21]2011년까지 이 프로젝트는 약 3억 5천만 달러를 썼다.[22]비록 그 목표가 칭찬할 만한 것으로 여겨졌지만, 많은 소프트웨어들이 상업적 제공과 경쟁하기 위해 많은 비용을 들여 개발된 후 고르지 않게 채택되었다.2011년 3월, NCI 실무그룹 평가에서, 특히 임상시험관리시스템(CTMS) 분야에서, 지나치게 복잡하고 야심찬 NCI 브랜드 툴의 소프트웨어 기업을 구현하기 위해, caBIG가 이러한 목표를 훨씬 뛰어넘어 확장되었다고 결론지었다.이는 암 커뮤니티에서 제한된 추진력을 만들어냈고, 기존의 상업적 판매업체와 경쟁했으며, 재정적으로 불가능한 장기적 유지보수와 NCI 지원 약속을 만들어냈다."[2]2012년 NCI는 caB의 후속으로 새로운 프로그램을 발표했다.인터넷 [23][24][25]거버넌스

카그리드

카그리드
개발자NCI의 생물 의학 정보 및 정보 기술 센터(CBIIT), 오하이오 주립 대학교 연구 재단, 시카고 대학교 - 아르곤네 국립 연구소, 시맨틱비트 LLC, Ekagra 소프트웨어 기술
운영 체제크로스 플랫폼
유형그리드 컴퓨팅, 웹 서비스
면허증BSD 3-폐쇄
웹사이트cagrid.org

caGrid 컴퓨터 네트워크와 소프트웨어는 암 생물 의학 정보 그리드(caB)를 지원했다.IG) 미국 국립 보건원연구소의 이니셔티브.

caBIG는 데이터, 연구 도구, 과학자 및 조직을 연결하는 자발적인 가상 정보 기술 인프라였다.

2013년, NCIP(National Cancer Informatics Program)는 BSD 3-Clause 라이선스에 따라 caGrid를 다시 발매하고, 소스 저장소를 github로 마이그레이션했다.

caGrid는 Globus Alliance에서 제작한 Globus Toolkit 버전 4.03을 사용했다.

포털

caGrid Portal은 사용자가 caGrid 인프라에서 사용할 수 있는 서비스를 발견하고 상호 작용할 수 있도록 하는 Liferay를 기반으로 구축된 웹 기반 애플리케이션이었다.포털은 caGrid 미들웨어의 기본 시각화 도구 역할을 한다.caB 역할도 했다.IG 정보 출처.caGrid Portal을 통해 사용자는 caB에 대한 정보에 액세스할 수 있었다.IG 참여자, caGrid 연락 지점(POCs) 및 caGrid 관련 뉴스 및 이벤트

워크플로우

caGrid 워크플로우 사용:

기부자

비판

2011년 3월, NCI는 CaBIG, NCI CB에 대한 광범위한 리뷰를 발표하였다.프로그램의 많은 문제를 포함하고 있는 caGrid 소프트웨어 개발 자금([1], [2] 참조)에 자금을 지원한 IIT 프로그램으로서, 소프트웨어 개발 프로젝트의 대부분을 중단할 것을 권고했다.

참조

  1. ^ a b Kenneth Buetow (April 1, 2008). "Heading for the BIG Time" (PDF). The Scientist. Vol. 22, no. 4. p. 60. Archived from the original (PDF) on March 4, 2012. Retrieved September 9, 2013.
  2. ^ a b Board of Scientific Advisors Ad Hoc Working Group (March 3, 2011). "An Assessment of the Impact of the NCI Cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG®)" (PDF). National Cancer Institute. Retrieved August 14, 2017.
  3. ^ Laurie Wiegler (July 14, 2008). "Connecting the Cancer Community caBIG Time". Bio IT World. Archived from the original on June 10, 2011. Retrieved September 10, 2013.
  4. ^ "A Learning Healthcare System for Cancer Care". Archived from the original on 2010-03-07. Retrieved 2010-03-09.
  5. ^ Barker AD, Sigman CC, Kelloff GJ, Hylton NM, Berry DA, Esserman LJ (July 2009). "I-SPY 2: an adaptive breast cancer trial design in the setting of neoadjuvant chemotherapy". Clinical Pharmacology and Therapeutics. 86 (1): 97–100. doi:10.1038/clpt.2009.68. PMID 19440188. S2CID 22909517.
  6. ^ "BIG Health Consortium". Archived from the original on February 13, 2009. Retrieved June 10, 2013.
  7. ^ Edyta Zielinska (July 22, 2009). "NCI tackles trial enrollment". The Scientist. Retrieved October 4, 2011.
  8. ^ "Health of Women study". Army of Women website. Archived from the original on May 30, 2010. Retrieved October 4, 2011.
  9. ^ "NCRI launches ONIX free online cancer research portal". Oncology Times UK. August 2009. p. 4.
  10. ^ "NCRI Informatics Initiative". NCRI. Archived from the original on August 22, 2013. Retrieved September 10, 2013.
  11. ^ "Duke plays a major role in a nationwide project for improving cancer care" (PDF). Cancer Center Notes. Duke Comprehensive Cancer Center. March 2004. p. 6. Archived from the original (PDF) on 2016-03-04. Retrieved 2013-06-10.
  12. ^ "Enterprise Support Network". Archived from the original on 2010-05-28. Retrieved 2010-03-09.
  13. ^ "Gateway to the cancer Biomedical Informatics Grid". Old web portal. Archived from the original on September 7, 2008.
  14. ^ "GlaxoSmithKline collaborates with National Cancer Institute to make large body of cancer cell genomic data available to all cancer researchers". Press release. cancer cell genomic data available. Archived from the original on June 27, 2008. Retrieved June 10, 2013.
  15. ^ "An Unexpected and Fortuitous Synergy: BIGR® and caBIG®". Company website. HealthCare IT, Inc. Archived from the original on October 18, 2010. Retrieved June 10, 2013.
  16. ^ a b "CaGrid". Web site. Archived from the original on July 1, 2007. Retrieved September 10, 2013.
  17. ^ a b "Welcome to the caGrid Core Project". GitHub. Retrieved September 9, 2013.
  18. ^ Wei Tan; Paolo Missier; Ravi Madduri; Ian Foster (2009). Building Scientific Workflow with Taverna and BPEL: A Comparative Study in caGrid (PDF). ICSOC 2008 Workshop on Service-Oriented Computing. Lecture Notes in Computer Science. Vol. 5472. pp. 118–129. doi:10.1007/978-3-642-01247-1_11. ISBN 978-3-642-01246-4.
  19. ^ Wei Tan; Ian Foster; Ravi Madduri (November–December 2008). "Combining the Power of Taverna and caGrid: Scientific Workflows that Enable Web-Scale Collaboration". IEEE Internet Computing. 12 (6): 61–68. doi:10.1109/MIC.2008.120. S2CID 2690862.
  20. ^ Shannon Hastings; Scott Oster; Stephen Langella; David Ervin; Tahsin Kurc & Joel Saltz (December 2007). "Introduce: An Open Source Toolkit for Rapid Development of Strongly Typed Grid Services". Journal of Grid Computing. 5 (4): 407–427. doi:10.1007/s10723-007-9074-8.
  21. ^ Gareth Halfacree (June 23, 2008). "Cancer research goes open". Bit-Tech. Archived from the original on March 20, 2012. Retrieved June 10, 2013.
  22. ^ John Foley (April 8, 2011). "Report Blasts Problem-Plagued Cancer Research Grid". Information Week. Retrieved June 10, 2013.
  23. ^ Uduak Grace Thomas (April 20, 2012). "NCI Reorganizes Cancer Informatics Efforts; Cuts Some caBIG Programs, Moves Others to NCIP". BIOINFORM. Retrieved April 25, 2012.
  24. ^ George A. Komatsoulis. "Program Announcement". National Cancer Institute. Archived from the original on July 30, 2012. Retrieved June 10, 2013.
  25. ^ Harold Varmus. "About NCIP". National Cancer Institute. Archived from the original on August 6, 2013. Retrieved September 9, 2013.

추가 읽기

외부 링크

구성 요소들