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CAZy
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콘텐츠
묘사탄수화물활성효소 데이터베이스
연락
연구소AFMB, 프랑스 국립과학연구센터
실험실.글리코노믹스군
주요 인용문롬바르드 & al. (2014년)[1]
접근
웹 사이트http://www.cazy.org/
도구들
웹http://research.ahv.dk/cazy

http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi

http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZy는 탄수화물 활성 엔ZYMES(CAZymes)[1][2] 데이터베이스입니다.데이터베이스는 복합 탄수화물, 즉 이당류, 올리고당류, 다당류 및 당결합체의 합성, 대사 및 인식에 관여하는 효소에 대한 분류 및 관련 정보를 포함한다.데이터베이스에는 글리코시드 가수분해효소,[3] 글리코실전달효소,[4] 다당류분해효소,[5] 탄수화물 에스테라아제 [6]및 비촉매 탄수화물 결합 모듈의 [7]패밀리가 포함된다.CAZy 데이터베이스는 리그노셀룰로오스 [8]분해에 관여하는 보조 활성 산화 환원 효소의 분류도 포함한다.

CAZy는 1990년대 초에 글리코사이드 가수분해효소를 [9]분류하기 위해 개발된 CAZymes의 [1]단백질 배열 기반 패밀리 분류에 대한 온라인 및 지속적인 업데이트를 제공하기 위해 1999년에 설립되었다.새로운 엔트리는 GenBank의 일일 릴리즈에 등장한 직후에 추가됩니다.높은 처리량 DNA 염기서열 분석의 급속한 진화로 CAZy [1][2][9]데이터베이스는 계속해서 기하급수적으로 성장하여 현재 수십만 개의 [10]염기서열을 다루고 있습니다.CAZy는 프랑스 국립과학연구센터와 Ax-Marseille [11][12]University에 부속된 연구 센터인 AFMB에서 글리코노믹스 그룹에 의해 큐레이션 및 개발되고 있다.

CAZy 데이터베이스는 CAZypedia와 결합되어 있습니다.CAZypedia는 2007년에 연구 커뮤니티에 의한 Wiki 기반의 CAZymes [13]백과사전으로서 시작되었습니다.

분류

CAZy는 Bernard Henrissat에 [3][9][14]의해 도입된 분류를 사용하여 진화적으로 관련된 글리코실 가수분해효소 패밀리를 식별한다.이들 패밀리는 식별하기 위한 번호가 부여되므로 예를 들어 글리코실 가수분해효소 패밀리는 TIM 배럴 폴드를 가진 효소를 포함한다.이들 가족은 구조적으로 유사한 14개의 다른 씨족으로 집결되어 있습니다.CAZy는 94개의 글리코실전달효소,[4] 22개의 다당류 용해효소[5], 16개의 탄수화물 에스테라아제 패밀리를 포함한다.

레퍼런스

  1. ^ a b c d Lombard, V.; Golaconda Ramulu, H.; Drula, E.; Coutinho, P. M.; Henrissat, B. (2014). "The carbohydrate-active enzymes database (CAZy) in 2013". Nucleic Acids Research. 42 (D1): D490–D495. doi:10.1093/nar/gkt1178. PMC 3965031. PMID 24270786.
  2. ^ a b Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (January 2009). "The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D233–8. doi:10.1093/nar/gkn663. PMC 2686590. PMID 18838391.
  3. ^ a b Henrissat, B.; Davies, G. (1997). "Structural and sequence-based classification of glycoside hydrolases". Current Opinion in Structural Biology. 7 (5): 637–644. doi:10.1016/S0959-440X(97)80072-3. PMID 9345621.
  4. ^ a b Coutinho, P. M.; Deleury, E.; Davies, G. J.; Henrissat, B. (2003). "An evolving hierarchical family classification for glycosyltransferases". Journal of Molecular Biology. 328 (2): 307–317. doi:10.1016/S0022-2836(03)00307-3. PMID 12691742.
  5. ^ a b Lombard, V.; Bernard, T.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Coutinho, P. M.; Henrissat, B. (2010). "A hierarchical classification of polysaccharide lyases for glycogenomics". Biochemical Journal. 432 (3): 437–444. doi:10.1042/BJ20101185. PMID 20925655.
  6. ^ Nakamura, Aline M.; Nascimento, Alessandro S.; Polikarpov, Igor (2017). "Structural diversity of carbohydrate esterases". Biotechnology Research and Innovation. 1 (1): 35–51. doi:10.1016/j.biori.2017.02.001.
  7. ^ Armenta, Silvia; Moreno-Mendieta, Silvia; Sánchez-Cuapio, Zaira; Sánchez, Sergio; Rodríguez-Sanoja, Romina (2017). "Advances in molecular engineering of carbohydrate-binding modules". Proteins. 85 (9): 1602–1617. doi:10.1002/prot.25327. PMID 28547780. S2CID 26493197.
  8. ^ Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (March 2013). "Expansion of the enzymatic repertoire of the CAZy database to integrate auxiliary redox enzymes". Biotechnol Biofuels. 6 (1): 41. doi:10.1186/1754-6834-6-41. PMC 3620520. PMID 23514094.
  9. ^ a b c Davies GJ, Sinnott ML (2008). "Sorting the diverse: The sequence‑based classifications of carbohydrate‑active enzymes" (PDF). The Biochemist. 30 (4): 26–32. doi:10.1042/BIO03004026.
  10. ^ 현재 통계는 각 글리코사이드 가수분해효소, 글리코실전달효소, 다당류분해효소, 탄수화물 에스테라아제, 보조활성 및 탄수화물 결합 모듈 섹션 페이지에서 확인할 수 있습니다.
  11. ^ "About". CAZy.org. Retrieved 3 September 2014.
  12. ^ "AFMB UMR 7257 - UMR7257 : CNRS - AIX MARSEILLE UNIV". www.afmb.univ-mrs.fr. Retrieved 3 September 2014.
  13. ^ CAZypedia Consortium (2018). "Ten years of CAZypedia: a living encyclopedia of carbohydrate-active enzymes". Glycobiology. 28 (1): 3–8. doi:10.1093/glycob/cwx089. PMID 29040563.
  14. ^ Henrissat, B. (1991). "A classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities". The Biochemical Journal. 280 (Pt 2): 309–316. doi:10.1042/bj2800309. PMC 1130547. PMID 1747104.

외부 링크