가상 플라이 브레인
Virtual Fly Brain
Virtual Fly Brain(VFB)은 신경생물학자들이 Drosophila Melanogaster [1]뇌의 상세한 신경해부술, 트랜스제네 발현 및 관련된 표현형을 탐색할 수 있도록 하는 인터랙티브 웹 기반 도구입니다.사용자는 Drosophila 뇌의 도장된 3D 이미지 스택을 탐색하고 원하는 단면의 평면을 선택한 후 도장된 영역을 클릭하여 선택한 영역에 대한 이름 정의, 참조 및 동의어를 찾을 수 있습니다.각 영역에 대해 뉴런, 트랜스유전자 발현 및 표현형을 찾기 위한 쿼리를 실행할 수 있습니다.발견된 각 뉴런에 대해 사용자는 정의, 참조 및 동의어를 찾아볼 수 있습니다.
배경
Virtual Fly Brain은 3D 이미지 스택을 탐색하고 FlyBase에서 [2]유지 관리하는 기본 해부 및 표현 데이터베이스를 쿼리할 수 있는 일반적인 웹 기반 응용 프로그램입니다.버추얼 플라이 브레인 프로젝트는 캠브리지 대학과 에든버러 대학의 연구원들에 의해 수행된다.
기술적 세부사항
버추얼 플라이 브레인(Virtual Fly Brain)은 OWL2로 작성된 드로소필라 해부학의 존재론적 모델을 사용하며 드로소필라 문헌을 기반으로 합니다.이것은 전체 신경해부술, 뉴런 클래스 및 그들 사이의 관계에 대한 자세한 정보를 포함합니다.각 신경해부학적 쿼리에는 OWL-DL의 이 온톨로지 쿼리가 있습니다.
표현형 및 표현식의 쿼리는 Drosophila 해부학적 온톨로지를 사용하여 주석이 달린 FlyBase의[3] 표현형 및 표현형 데이터의 대용량을 활용합니다.각 표현식 또는 표현형 쿼리는 선택한 영역에 적합한 용어에 대한 해부학적 온톨로지의 쿼리로 시작합니다.그런 다음 이 쿼리의 출력은 FlyBase chado[4] 데이터베이스의 쿼리에 대한 입력으로 사용됩니다. 표현식 또는 표현형이 이러한 용어를 사용하여 주석을 달았습니다.
뷰어의 이미지는 브라우저 창에서 보이는 영역만 덮는 일련의 타일로 전달됩니다.타일은 전체 구조와 개별 도장 영역을 나타내는 복합 3D Woolz[5][6] 객체에서 생산됩니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ http://www.virtualflybrain.org/
- ^ http://flybase.org/
- ^ R, Drysdale; FlyBase Consortium (2008). FlyBase : a database for the Drosophila research community. Methods Mol. Biol. Vol. 420. pp. 45–59. doi:10.1007/978-1-59745-583-1_3. PMID 18641940.
- ^ "Chado - Getting Started". GMOD. 13 February 2014. Retrieved 2017-06-09.
- ^ "Woolz Image Processing: Woolz Core Software". EMAP Home. Retrieved 2017-06-09.
- ^ "Ma-tech/Woolz". GitHub. 10 May 2021.
