슈퍼포즈

SuperPose
슈퍼포즈
내용
설명단백질 구조 중첩용
연락처
리서치센터앨버타 대학교
실험실닥터 데이비드 위스타트
1차 인용[1]
출시일자2004
접근
데이터 형식데이터 입력: 겹쳐질 두 구조물의 PDB 파일.
데이터 출력:시퀀스 정렬, 구조 정렬, PDB(Protein Data Bank) 좌표 및 RMSD 통계, 중첩된 분자의 차이 거리 그림 및 이미지(정적 및 양방향 모두)
웹사이트http://wishart.biology.ualberta.ca/SuperPose/

SuperPose는 쌍방향과 다단백질 구조의 상상을 모두 수행할 수 있도록 고안된 무료 웹 서버다.[1]"구조적 중첩"이란 한 구조물에 다른 구조물이나 구조물과 일치하거나 정렬하기 위해 수행하는 회전과 번역을 말한다.구조 중첩은 유사성 또는 차이 측정의 관점에서 수량화할 수 있다.최적 중위는 유사성 측정이 극대화(이전 사례)되거나 차이 측정(후기 사례)이 최소화되는 위치다."SuperPose" 웹 서버는 "RMSD" 또는 "Root-Mean-Square Deviation"을 차이의 척도로 사용하여 최적의 쌍 또는 다중 단백질 구조 중첩 위치를 찾는다.SuperPose는 초기 시퀀스와 2차 구조(서열 ID가 낮은 경우) 정렬 후 두 분자의 등가 C-알파 원자로부터 차이 거리(DD) 행렬을 생성한다.그런 다음 시퀀스/구조물 정렬 및 DD 행렬 분석 정보를 수정된 쿼터니온 고유값 알고리즘에 입력하여 구조 중첩을 신속하게 수행하고 두 고분자의 정렬된 영역 사이의 RMSD를 계산한다.

입출력

SuperPose 웹 서버는 PDB 형식의 파일(2개 이상의 단백질 구조 중 중첩) 또는 PDB 등록 번호를 입력으로 요구한다.SuperPose는 X선과 NMR 구조를 모두 처리할 수 있다.NMR 구조는 다단계 구조 "블루로그램"을 생성하기 위해 서로 중첩해야 하는 20-30개에 가까운 구조로 구성되는 경우가 많다.두 개 이상의 구조물의 중첩에 대해 SuperPose는 중첩된 분자의 차이 거리 그림 및 이미지(정적 및 상호 작용 모두)뿐만 아니라 시퀀스 정렬, 구조 정렬, PDB(Protein Data Bank) 좌표 및 RMSD 통계치를 생성한다.[1]겹쳐진 모든 구조 영상은 Output Options 메뉴를 사용하여 와이어프레임 또는 리본, 색상 또는 그레이스케일, 스테레오 또는 모노로 재포맷할 수 있다.이미지의 배경색도 검정색에서 흰색으로 전환할 수 있다.

일반범위

SuperPose는 매우 유연하며 시퀀스, 크기 또는 모양에서 상당한 차이가 있는 구조물을 겹칠 수 있다.결과적으로, 그것은 대부분의 다른 프로그램이나 서버들보다 훨씬 더 다양한 중첩 질의와 상황을 처리할 수 있다.특히 SuperPose는 (i) 순서는 동일하나 구조가 약간씩 다르며, (ii) 순서는 동일하나 구조는 심오하게 다른 (예를 들어, 열린 형태와 닫힌 형태의 칼모듈린), (iii) 순서와 길이, 구조는 다소 다르지만, (iv) 유사한 구조 또는 시퀀스 길이를 가진 슈퍼포즈를 처리할 수 있다.; 및 (v) 대체로 다른 시퀀스이지만 대체로 유사한 구조.슈퍼포즈는 쌍방향과 다중 구조물의 상상을 모두 계산할 수 있다.또한 알파 탄소, 백본 원자, 무거운 원자 및 모든 원자에 대해 평균 RMSD 값을 생성할 수 있다.동일한 시퀀스 비교의 경우 SuperPose는 사용자가 개별 잔류물 이동 또는 위치 변위를 식별, 평가 및 볼 수 있는 "residue당" RMSD 표와 플롯을 생성한다.

피겨

Figure: Screenshot images of SuperPose server showing different kinds of graphical and textual outputs available. (a) A WebMol viewer, (b) a MolScript image, (c) a pairwise alignment, (d) a difference distance matrix and (e) the RMSD output for a pairwise superposition of 2TRX_A and 3TRX_A (Escherichia coli thioredoxin and human thioredoxin) are sh두 단백질 사이의 염기서열 정체성은 29%라는 점에 유의하십시오.

참고 항목

참조

  1. ^ a b c Maiti, Rajarshi; Gary H. Van Domselaar; Haiyan Zhang; David S. Wishart (July 2004). "SuperPose: a simple server for sophisticated structural superposition". Nucleic Acids Res. 32 (Web Server issue): W590-594. doi:10.1093/nar/gkh477. PMC 441615. PMID 15215457.
  2. ^ Richards, F.M.; Kundrot, C.E. (1988). "Identification of structural motifs from protein coordinate data: secondary structure and first-level supersecondary structure". Proteins. 3 (2): 71–84. doi:10.1002/prot.340030202. PMID 3399495. S2CID 29126855.
  3. ^ Kearsley, S.K. (1990). "An algorithm for the simultaneous superposition of a structural series". J. Comput. Chem. 11 (10): 1187–1192. doi:10.1002/jcc.540111011. S2CID 122352488.

외부 링크

SuperPose 웹 서버