RA 플롯

비율 평균(RA) 그림은 2-조건 카운트 데이터를 시각화하기 위한 MA 그림의 정수 기반 버전이다.그것의 독특한 화살표 같은 모양은 엡실론 인자를 통해 그림에 조건 고유점(0,n) 또는 (n,0) 점을 포함하는 방식에서 유래한다.

정의

RA 플롯은 그것의 사촌인 MA 플롯과 마찬가지로, a 대 b의 단순한 2차원 산란 플롯의 재확대 및 (45도) 회전 버전이며, 여기서 a와 b는 양의 측정값의 동일한 길이의 벡터다.이러한 재조정과 회전을 통해 두 측정 조건 사이에 차이가 있는 중요한 특이치 점을 더 잘 볼 수 있고 강조할 수 있다.^[1]본질적으로 그것은 a와 b의 각 요소 쌍의 로그 비율[R] 대 평균 로그[A]의 그림이다.그러나 MA 플롯과는 달리, RA 플롯은 음수가 아닌 정수 카운트를 입력으로 사용하기 때문에 수학적으로 보이지 않는 점(예: 쌍의 한 요소 또는 두 요소가 모두 0인 점)을 포함하는 해결 방법을 채택해야 한다.

다음을 통해 원래 a(또는 b) 벡터를 수정하는 경우:

${\displaystyle a={\prease}a+\varepsilon ,&\text{{}a=0\a,&\text{}a}a>0\end{case}}}}$

어디에

$'0.5' '0.5' '0' 'displaystyle 0'$

R과 A는 다음과 같이 정의될 수 있다.

${\displaystyle R=\log _{2}(a/b)}$

${\displaystyle A={\frac {1}{2}}회\time (\log _{2}a+\log _{2}b)}$

R은 M과 마찬가지로 y축에 표시되며 a와 b 사이의 로그(폴드 변화) 비율을 나타낸다.A는 X 축에 표시되며 좌표 쌍의 평균 풍요를 나타낸다.RA 플롯은 0이 아닌 카운트로 구성된 데이터 집합의 분포와 크기에 대한 간략한 개요를 제공한다.

어원

줄거리가 기하학적 광선과 강하게 닮았기 때문에 약어 "R.A"는 단음절 단어 "레이"로 발음되기도 한다.이러한 특징적인 화살과 같은 형태는 벡터 원점의 오른쪽과 긴 점근 꼬리, 그리고 왼쪽(화살표 머리 형성) 두 개의 상태 고유점 패치(종종 밀도)에서 유래한다.

포인트 가시성 및 포함을 위한 해결책

조건 고유 포인트

a와 b의 쌍 중 많은 부분이 한 가지 또는 두 가지 조건에서 모두 0을 포함하기 때문에 로그 척도에 있는 그대로를 표시할 수 없다.다른 MA 플롯 기능은 위아래에 있는 "약물"로서 왼쪽이나 수평으로 "미소"로 수직으로 확산시켜 이러한 조건 고유점을 플롯에 인위적으로 포함한다.반면 RA 플롯에서는 작은 엡실론 인자(.1과 .5 사이)를 추가하여 단일 기호가 포함되며, 이 요인은 플롯에서 통계적으로 더 적절한 위치에 배치된다.

오버플롯팅

이(또는 모든) 유형의 카운트 데이터를 플로팅할 때 또 다른 문제는 RA 플롯에서 서로 멀리 떨어져 있지만 다른 좌표와 병합할 정도로 멀리 떨어져 있는 점을 지렛대함으로써 해결되는 오버플로팅이다.이 특성의 결과는 A가 증가할수록 점점 희미해져 가는 줄거리의 패치워크와 같은 외관이다.

패키지

Caroline CRAN R 패키지는 RA 플롯의 알려진 유일한 구현을 포함하고 있다.그러나 메타트랜텍토믹스 "만타" R 패키지는 이 RA 플롯 구현을 중심으로 포장지를 제공하며, 각 유전자의 분류학 분포를 개별 파이 차트 포인트로 동시에 시각화하면서 유전자(포인트)의 전사에서 접이식 변화를 평가하는 데 사용된다.^[2]

예

라이브러리(caroline) a <- rnbinom(n=10000, mu=5, size=2) b <- rnbinom(n=10000, mu=5, size=2) raPlot(a, b)

참조

참고 항목

• MA 플롯
• 디엔에이 마이크로 어레이
• 블렌드-알트만 줄거리