파테마

Pathema

Pathema는 미국 보건복지부 산하 NIH(National Institute of Health and Human Services)의 산하 NIAID(National Institute of Algery and Infectivis Diseases)가 자금을 지원하는 8개 생물정보학 자원 센터 중 하나였다.

Pathema는 2004년부터 5년간 The J. Craig Venter Institute와의 계약을 통해 자금을 지원받았으며 현재 PI Granger Sutton이 이끌고 있습니다.

Pathema는 JCVI의 NIAID가 출자하는 생물정보학 자원 센터의 웹 리소스이며, 생물 방어 및 감염병 연구를 지원하기 위해 설계된 8개의 센터 중 하나였습니다.Pathema의 가장 중요한 목표는 A-C 등급 병원균의 6군데(Bacillus annthracis, Clostridium botulinum, Burkholderia mallei, Burkholderia pseudomalei, Clostridea Perfringens)에 의해 야기되는 질병의 이해, 발견, 진단 및 치료를 가속화하는 핵심 자원을 제공하는 것입니다.ba histolytica)는 신규 및 재진행 감염성 질환에 관여한다.Pathema는 표적 병원체군에 대해 종합 큐레이티드 데이터셋을 제공하며, 특히 생물 방어 요건과 백신 개발, 치료 및 진단을 위한 잠재적 목표물의 식별에 맞춰진 고급 바이오 정보학 기능을 제공한다.

지원되는 파테마 생물

파테마바실루스

  • 무연균
  • 세레우스균
  • 바실러스 튜링기엔시스
  • 서브틸리스균
  • 바실러스푸밀루스

파테마버크홀데리아

  • 부르크홀데리아말레이
  • 버크홀데리아 슈도말레이
  • 버크홀데리아 타일랜드엔시스
  • 부르크홀데리아암비파리아
  • 부르크홀데리아 세노세파시아
  • 버크홀데리아 멀티보란
  • 버크홀데리아베타니엔시스
  • 버크홀데리아세노보란
  • Burkholderia sp.
  • 버크홀데리아 화초
  • 히가시모나스아루기노사
  • 랄스토니아솔라나시룸

파테마클로스트리디움

  • 아세트부틸리쿰 클로스트리듐
  • 보툴리누스속
  • 클로스트리디움낙티리쿰
  • 클로스트리듐 디피실
  • 클로스트리디움크루이베리
  • 클로스트리디움노비
  • 클로스트리디움 퍼프링겐스
  • 클로스트리듐피토페란탄스
  • 클로스트리듐테타니
  • 클로스트리디움 서모셀럼

파테마엔타메바

  • 엔타메바히스토리티카
  • 엔타메바차
  • 엔타모에바 인바덴스

Pathema 분석 도구

Pathema는 80개 이상의 NIAID 카테고리 A-C 원핵 병원체의 게놈 배열 및 주석 데이터 분석을 용이하게 하기 위해 50개 이상의 웹 기반 단일 유전자, 전체 유전자 및 다중 유전자 비교 도구를 지원합니다.BRC 자원에서 사용할 수 있는 도구는 커뮤니티 아웃리치를 통해 요청받은 피드백을 바탕으로 병원체 연구 커뮤니티의 과학적 요구를 가장 잘 충족하도록 개발 및 맞춤화된다.또한 기능 큐레이션, 병원성, 치료, 비교 분석 및 기능 유전체학 분야에서 과학적 탐구를 용이하게 하도록 설계되어 있습니다.모든 툴에는 여러 애플리케이션이 있지만, 이러한 툴은 함께 수많은 발견 및 가설 생성 기회를 제공합니다.

Pathema 분석 도구 세트에는 다음이 포함됩니다.

  • 25개 이상의 다른 검색 기능을 통해 사용자는 BRC 비교 데이터베이스에 저장된 데이터를 마이닝 및 검색할 수 있습니다.검색 도구는 유전자, 게놈, 배열 또는 텍스트를 조회하여 유전자 위치, 유전자 기호 및 단백질 제품 이름에 걸쳐 사용자 정의 문자열을 일치시킵니다.기타 쿼리에는 EC#, GenBank, SwissProt 및 GO ID 검색이 포함됩니다.BLAST, HMM, 단백질 모티브 검색과 같은 일반적인 시퀀스 검색 방법도 사용할 수 있습니다.
  • 20개 이상의 다른 전체 유전자 데이터 표시 및 분석.전체 유전자 데이터는 염색체 영역에서의 유전자의 선형 표현 또는 전체 염색체에 대한 완전한 원으로 그래픽으로 표시될 수 있다.사용자는 생화학적 경로, 코돈 사용표, 백분율 GC 플롯, 컴퓨터 생성 2D 및 제한 다이제스트 젤을 조사하고 평균 유전자 크기 또는 코드화 영역의 수와 같은 요약 정보를 볼 수 있고 다운로드 가능한 테이블과 목록으로 검색할 수 있습니다.
  • 15개 이상의 비교 분석 도구.파테마의 비교 도구의 기초는 사전 생성된 단백질 클러스터 또는 All vs.모든 검색통합은 공개적으로 이용 가능한 Sybil 비교 분석 제품군의 가장 인기 있는 도구이다.Sybil은 사전 생성된 단백질 클러스터를 합성 구배 및 비교 게놈 디스플레이의 기본 데이터로 사용하며, 사용자가 단백질 클러스터 정형, 패럴로그 및 싱글톤 데이터를 사용할 수 있다.
  • 주석 데이터와 관련 증거 및 단일 유전자 분석 도구를 강조하는 개별 유전자 페이지.표시 및 다운로드 가능한 주석 데이터는 제품명, 유전자 기호, EC 번호, GO ID, 기능 역할 카테고리 할당, DNA 배열 및 단백질 배열을 포함한다.TmHM 프로파일, 2차 구조 및 3차 위치 GC-Skew 계산은 사용자가 수행할 수 있는 분석의 몇 가지 유형입니다.Swiss-Prot, GenBank, Prosite, Pfam 등 기타 관련 리소스에 대한 링크도 이용할 수 있습니다.

레퍼런스

  • Brinkac LM, Davidsen T, Beck E, et al. (January 2010). "Pathema: a clade-specific bioinformatics resource center for pathogen research". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D408–14. doi:10.1093/nar/gkp850. PMC 2808925. PMID 19843611.
  • Greene JM, Collins F, Lefkowitz EJ, et al. (July 2007). "National Institute of Allergy and Infectious Diseases bioinformatics resource centers: new assets for pathogen informatics". Infection and Immunity. 75 (7): 3212–9. doi:10.1128/IAI.00105-07. PMC 1932942. PMID 17420237.

외부 링크