옥살로박터 파라포름 유전자

Oxalobacter paraformigenes
옥살로박터 파라포름 유전자
과학적 분류 Edit this classification
도메인: 박테리아
문: 가성소모나도타속
클래스: 베타프로테오박테리아
순서: 부르크홀더리알레스
가족: 옥살로박테리아과
속: 옥살로박터
종:
O. 파라포름 유전자
이항명
옥살로박터 파라포름 유전자
Chmiel 외, 2022
유형변형률
옥살로박터 파라포름 유전자 HOxBLST

Oxalobacter paraformigenes는 인간의 분변 샘플로부터 처음 분리된 그람 음성, 비-포자 형성, 옥살산 분해 혐기성 박테리아입니다.[1]O. 파라포름진은 옥살산칼슘을 주 탄소원으로 사용하는 독특한 능력 때문에 옥살산칼슘 신장 결석 질환에서 역할을 할 수 있습니다.[1]

분류학

Oxalobacter paraformigenes는 원래 Oxalobacter forigenes의 하위 집단으로 여겨졌습니다.[1]O. paraformigenes 균주 HOxBLS는 지방산 프로파일, 16S 리보솜 RNA 염기서열 분석, oxc(oxalyl-CoA decarboxylase) 유전자 및 frc(formyl-CoA transferase)에 특이적인 DNA 프로브를 기반으로 그룹 II 균주로 간주되었습니다.[2][3][4][5]그러나, 전체 게놈 시퀀싱은 O. paraformigenes HOxBLS가 O. forigenes와는 다른 종이라는 것을 밝혀냈고, 그 후 이름이 바뀌었습니다.[6]파라포르미제네스라는 새로운 종명은 유전자에 대한 모종을 사용하고 "옆에"라는 의미의 그리스 접두사 para를 붙였는데,[7] 이는 가장 오랜 시간 동안 완전한 유전자 배열을 가진 O. paraformigenes가 유일한 II 그룹 균주였기 때문이며, I 그룹 균주(현재 O. formigenes로 알려져 있음) 간의 유전자 비교를 위해 사용되었습니다.[6]

게놈

O. paraformigenes의 게놈은 Human Microbiome Project의 일부로서 서열화되었고, G+C 함량은 약 52.7%[8][9]로 약 2.5 Mb입니다.O. 파라포름 유전자는 O. 포름 유전자보다 약간 높은 G+C 함량과 약간 더 많은 유전자 서열을 가지고 있습니다.[1][6][10]

문화의 성장

O. 파라포름진은 CO-중탄산염2 완충 옥살산 배지에서 성장하며, 일반적으로 혐기성 헝가리 튜브 또는 혐기성 챔버에서 배양됩니다.[1]옥살레이트는 (원하는 세포 밀도에 따라) 20-100 mM에서 보충되고 박테리아는 37 °C에서 24-48 시간 동안 성장합니다.[1][6]불투명한 한천으로 채워진 헝가리산 튜브인 혐기성 롤 튜브는 세균 분리에 사용됩니다.[1]

참고문헌

  1. ^ a b c d e f g Daniel, Steven L.; Moradi, Luke; Paiste, Henry; Wood, Kyle D.; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P.; Nazzal, Lama; Hatch, Marguerite; Knight, John (2021-08-26). Julia Pettinari, M. (ed.). "Forty Years of Oxalobacter formigenes, a Gutsy Oxalate-Degrading Specialist". Applied and Environmental Microbiology. 87 (18). doi:10.1128/AEM.00544-21. ISSN 0099-2240. PMC 8388816. PMID 34190610.
  2. ^ Allison MJ, Dawson KA, Mayberry WR, Foss JG (February 1985). "Oxalobacter formigenes gen. nov., sp. nov.: oxalate-degrading anaerobes that inhabit the gastrointestinal tract". Archives of Microbiology. 141 (1): 1–7. doi:10.1007/BF00446731. PMID 3994481. S2CID 10709172.
  3. ^ Jensen, N.S.; Allison, M.J. (1994). "Studies on the diversity among anaerobic oxalate-degrading bacteria now in the species Oxalobacter formigenes, abstr. I-12". Abstracts of the 94th General Meeting of the American Society for Microbiology 1994. Washington, D.C., USA: American Society for Microbiology. p. 255.
  4. ^ Garrity, George M.; Bell, Julia A.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.), "Class II. Betaproteobacteria class. nov.", Bergey’s Manual® of Systematic Bacteriology, Boston, MA: Springer US, pp. 575–922, doi:10.1007/978-0-387-29298-4_2, ISBN 978-0-387-24145-6, retrieved 2022-11-10
  5. ^ Sidhu, H; Enatska, L; Ogden, S; Williams, W; Allison, M; Peck, A (June 1997). "Evaluating children in the Ukraine for colonization with the intestinal bacterium Oxalobacter formigenes, using a polymerase chain reaction-based detection system*". Molecular Diagnosis. 2 (2): 89–97. doi:10.1016/S1084-8592(97)80015-X.
  6. ^ a b c d Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). "New perspectives on an old grouping: The genomic and phenotypic variability of Oxalobacter formigenes and the implications for calcium oxalate stone prevention". Frontiers in Microbiology. 13: 1011102. doi:10.3389/fmicb.2022.1011102. ISSN 1664-302X. PMC 9812493. PMID 36620050.
  7. ^ Pallen, Mark J.; Telatin, Andrea; Oren, Aharon (April 2021). "The Next Million Names for Archaea and Bacteria". Trends in Microbiology. 29 (4): 289–298. doi:10.1016/j.tim.2020.10.009.
  8. ^ Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). "New perspectives on an old grouping: The genomic and phenotypic variability of Oxalobacter formigenes and the implications for calcium oxalate stone prevention". Frontiers in Microbiology. 13. doi:10.3389/fmicb.2022.1011102. ISSN 1664-302X. PMC 9812493. PMID 36620050.
  9. ^ "MIGS Cultured Bacterial/Archaeal sample from Oxalo... - BioSample - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2023-10-23.
  10. ^ Knight, John; Deora, Rajendar; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P. (June 2013). "The genetic composition of Oxalobacter formigenes and its relationship to colonization and calcium oxalate stone disease". Urolithiasis. 41 (3): 187–196. doi:10.1007/s00240-013-0566-7. ISSN 2194-7228. PMC 3713771. PMID 23632911.

외부 링크