BioCyc 데이터베이스 수집

BioCyc database collection
바이오사이크
Database.png
내용
설명기본 데이터베이스를 탐색, 시각화 및 분석하고, 오믹스 데이터를 분석하는 도구
연락처
리서치센터스리 인터내셔널
작가들피터 카프 , 등
출시일자1997
접근
웹사이트biocyc.org

BioCyc 데이터베이스 컬렉션은 수천 개의 유기체에 대한 게놈 및 대사 경로 정보에 대한 참조를 제공하는 유기체별 경로/게놈 데이터베이스(PGDBs)의 모음입니다.[1]2021년 6월 현재 바이오사이크 내에는 17,800개 이상의 데이터베이스가 있다.캘리포니아 멘로파크에 [2]본사를 둔 SRI 인터내셔널은 바이오사이크 데이터베이스 제품군을 유지하고 있다.null

데이터베이스 카테고리

BioCyc 데이터베이스 제품군은 수동 큐레이션에 따라 다음 3가지 계층으로 구분된다.

계층 1: 최소 1년 이상의 문헌 기반 수동 큐레이션을 받은 데이터베이스.현재 Tier 1에는 7개의 데이터베이스가 있다.7개 중 MetaCyc는 많은 유기체로부터 거의 2500개의 신진대사 경로를 포함하고 있는 주요 데이터베이스다.[1][3]다른 중요한 Tier 1 데이터베이스는 인간에게서 발견되는 약 300개의 대사 경로를 포함하고 있는 HumanCyc이다.[4]나머지 5개의 데이터베이스는 에코사이크([5]대장균), 아라사이크(아랍디옵시스 탈리아나), 이스트사이크(사카로미세스 세레비시아), 레이쉬사이크(라이슈마니아 메이저 프리들린), 트라이파노사이크(트라이파노소마 브루시) 등이다.null

계층 2: 계산적으로 예측되었지만 적절한 수동 큐레이션(대부분 1~4개월 큐레이션)을 받은 데이터베이스.Tier 2 데이터베이스는 특정 유기체에 관심이 있는 과학자들에 의해 수동 큐레이션이 가능하다.Tier 2 데이터베이스는 현재 43개의 서로 다른 유기체 데이터베이스를 포함하고 있다.null

Tier 3: PathoLogic에 의해 계산적으로 예측되었으며 수동 큐레이션이 없는 데이터베이스.Tier 2와 마찬가지로 Tier 3 데이터베이스도 관심 있는 과학자들을 위한 큐레이션에 이용할 수 있다.null

소프트웨어 도구

BioCyc 웹사이트에는 게놈 및 경로 정보를 검색, 시각화, 비교, 분석하기 위한 다양한 소프트웨어 도구가 포함되어 있다.그것은 게놈 브라우저와 대사 및 규제 네트워크를 위한 브라우저를 포함한다.또한 이 웹사이트에는 대사 및 규제 네트워크와 게놈에 대규모("오믹스") 데이터 세트를 도장하는 도구가 포함되어 있다.null

연구에 사용

BioCyc Database 제품군은 유기체별 데이터베이스의 긴 목록과 살아있는 시스템의 서로 다른 시스템 수준의 데이터를 구성하기 때문에, 연구에서의 사용은 매우 다양한 맥락에서 이루어져 왔다.여기서는 게놈 척도에서의 특정 SNP(단일 뉴클레오티드 폴리모르프리즘) 식별에 관한 두 가지 다양한 용도를 보여주는 두 가지 연구가 강조되어 있다.null

알가젬

알가젬은 클라미도모나스 라인하르티 게놈을 기반으로 [6]고메스 드 올리베이라 달몰린 등이 개발한 구획화된 조류 세포의 게놈 스케일 대사 네트워크 모델이다.866개의 고유 ORF, 1862개의 대사물, 2499개의 유전자-엔자임-반응-연관 항목, 1725개의 고유 반응을 가지고 있다.재구성에 사용되는 Pathway 데이터베이스 중 하나가 MetaCyc이다.null

SNPs

Simul Choudhury 등의 연구는 대조군과 반대로 선천성 심장 결함(CHD)의 경우 산모 SNP와 호모시스테인, 엽산, 전이 경로에 관여하는 대사물 간에 연관성이 다르다는 것을 보여주었다.[7]이 연구는 HumanCyc를 사용하여 후보 유전자와 SNP를 선택했다.null

참조

  1. ^ a b Caspi, R.; Altman, T.; Dreher, K.; Fulcher, C. A.; Subhraveti, P.; Keseler, I. M.; Kothari, A.; Krummenacker, M.; Latendresse, M.; Mueller, L. A.; Ong, Q.; Paley, S.; Pujar, A.; Shearer, A. G.; Travers, M.; Weerasinghe, D.; Zhang, P.; Karp, P. D. (2011). "The Meta Cyc database of metabolic pathways and enzymes and the Bio Cyc collection of pathway/genome databases". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D742–53. doi:10.1093/nar/gkr1014. PMC 3245006. PMID 22102576.
  2. ^ SRI 인터내셔널 홈페이지
  3. ^ Karp, Peter D.; Caspi, Ron (2011). "A survey of metabolic databases emphasizing the Meta Cyc family". Archives of Toxicology. 85 (9): 1015–33. doi:10.1007/s00204-011-0705-2. PMC 3352032. PMID 21523460.
  4. ^ Romero, Pedro; Wagg, Jonathan; Green, Michelle L; Kaiser, Dale; Krummenacker, Markus; Karp, Peter D (2004). "Computational prediction of human metabolic pathways from the complete human genome". Genome Biology. 6 (1): R2. doi:10.1186/gb-2004-6-1-r2. PMC 549063. PMID 15642094.
  5. ^ Keseler, I. M.; Collado-Vides, J.; Santos-Zavaleta, A.; Peralta-Gil, M.; Gama-Castro, S.; Muniz-Rascado, L.; Bonavides-Martinez, C.; Paley, S.; Krummenacker, M.; Altman, T.; Kaipa, P.; Spaulding, A.; Pacheco, J.; Latendresse, M.; Fulcher, C.; Sarker, M.; Shearer, A. G.; MacKie, A.; Paulsen, I.; Gunsalus, R. P.; Karp, P. D. (2010). "Eco Cyc: A comprehensive database of Escherichia coli biology". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D583–90. doi:10.1093/nar/gkq1143. PMC 3013716. PMID 21097882.
  6. ^ Dal'Molin, C. G.; Quek, L. E.; Palfreyman, R. W.; Nielsen, L. K. (2011). "AlgaGEM--a genome-scale metabolic reconstruction of algae based on the Chlamydomonas reinhardtii genome". BMC Genomics. 12 Suppl 4: S5. doi:10.1186/1471-2164-12-S4-S5. PMC 3287588. PMID 22369158.
  7. ^ Chowdhury, S; Hobbs, C. A.; MacLeod, S. L.; Cleves, M. A.; Melnyk, S; James, S. J.; Hu, P; Erickson, S. W. (2012). "Associations between maternal genotypes and metabolites implicated in congenital heart defects". Molecular Genetics and Metabolism. 107 (3): 596–604. doi:10.1016/j.ymgme.2012.09.022. PMC 3523122. PMID 23059056.