EMAGE
EMAGE | |
|---|---|
| 내용 | |
| 묘사 | 유전자 발현 전자 마우스 지도 |
| 유기체 | 마우스 |
| 연락 | |
| 연구소 | MRC 인간유전학부 |
| 주요 인용문 | PMID 19767607 |
| 접근 | |
| 웹 사이트 | emouseatlas |
| 여러가지 종류의 | |
| 면허증. | Creative Commons Attribution License 3.0 |
EMAGE(e-Mouse Atlas of Gene[note 1] Expression)는 발달 중인 마우스([1][2][3]Mus musculus) 태아의 유전자 발현 데이터에 대한 온라인 생물학적 데이터베이스입니다.EMAGE에 저장된 데이터는 EMAP(e-Mouse Atlas Project)에서 제작한 3D 마우스 배아 모델의 프레임워크에 공간적으로 주석을 달았다.이러한 공간 주석을 통해 사용자는 유전자 이름, 해부학 용어 또는 GO(Gene Ontology) 용어뿐만 아니라 공간 패턴별로 EMAGE를 쿼리할 수 있습니다.EMAGE는 의학연구위원회(영국)가 자금을 지원하는 웹 기반 리소스로, 영국 에든버러에 있는 유전학 및 분자의학 연구소의 MRC 인간 유전학 유닛에 기반을 두고 있습니다.
내용물
EMAGE는 현장 교배, 면역 조직 화학 및 현장 리포터(예: 노크인 및 유전자 트랩) 데이터를 포함한다.여기에는 전체 마운트 데이터, 단면 데이터 및 전체 3D OPT(광학 투영 단층 촬영) 데이터가 포함됩니다.유전자 발현 패턴은 맞춤형 매핑 소프트웨어를 사용하여 바이오쿨레이터 팀에 의해 표준 모델에 매핑됩니다.EMAGE 데이터는 공간 주석 외에 표현 패턴에 대한 텍스트 기반 설명을 제공하기 위해 텍스트 주석도 부여됩니다.이 텍스트 주석은 EMAP 마우스 해부학적 온톨로지를 사용하여 MGI 유전자 발현 데이터베이스(GXD)와 공동으로 수행됩니다.
EMAGE 데이터는 주로 동료 검토, 출판된 저널 기사 및 대규모 화면에서 얻을 수 있지만, 현장에서 작업하는 연구로부터의 직접 제출에서도 얻을 수 있다.데이터는 EMAGE에 포함되기 위해 게시할 필요는 없지만, EMAGE는 큐레이티드 데이터베이스이다.바이오코레이터는 데이터베이스 엔트리에 포함된 메타 데이터의 정확성을 확인하고 데이터의 공간 주석을 수행합니다.
EMAGE 항목 최소 정보 규격에 사양(MISFISHIE)[4]인사이트 교잡과 면역 조직 화학 실험에 집착하여며 그런 점에서 submitter/author 출판에 대한 정보 검출 시약, 분석 표본 준비 및 실험 절차뿐만 아니라 원본 데이터가 포함되도록 설계되어 있다. images 및 공간 및 텍스트 주석.EMAGE 항목은 또한 측정되는 유전자 또는 분석 자체에 기초한 다양한 관련 자원과의 연결을 포함합니다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Richardson L, Venkataraman S, Stevenson P, et al. (January 2010). "EMAGE mouse embryo spatial gene expression database: 2010 update". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D703–9. doi:10.1093/nar/gkp763. PMC 2808994. PMID 19767607.
- ^ Venkataraman S, Stevenson P, Yang Y, et al. (January 2008). "EMAGE--Edinburgh Mouse Atlas of Gene Expression: 2008 update". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D860–5. doi:10.1093/nar/gkm938. PMC 2238921. PMID 18077470.
- ^ Christiansen JH, Yang Y, Venkataraman S, et al. (January 2006). "EMAGE: a spatial database of gene expression patterns during mouse embryo development". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D637–41. doi:10.1093/nar/gkj006. PMC 1347369. PMID 16381949.
- ^ Deutsch E W; et al. (March 2008). "Minimum information specification for in situ hybridization and immunohistochemistry experiments (MISFISHIE)". Nature Biotechnology. 26 (3): 305–312. doi:10.1038/nbt1391. PMC 4367930. PMID 18327244.
- 메모들
