무질서한 구조 개선

Disordered Structure Refinement
ShelXle의 DSR 그래픽 사용자 인터페이스.

Daniel Kratzert가 작성한 Disordered Structure[1][2] Refinement 프로그램(DSR)은 George M의 SELXL을 사용하여[3][4][5] 결정 구조의 분자 장애 모델링을 단순화하기 위해 고안되었습니다. 셰드릭.그것은 약 120개의 표준 용제 분자와 분자 부분으로 이루어진 데이터베이스를 가지고 있다.이것들은 화학적으로 유의한 결합과 각도[6] 구속이 설정되는 동시에, 거의 힘을 들이지 않고 결정 구조에 삽입될 수 있습니다.DSR은 SHELXL을 사용한 결정 구조의 장애에 대한 이전의 설명이 매우 길고 오류가 발생하기 쉽기 때문에 개발되었습니다.이 프로세스는 대용량 텍스트 파일을 수동으로 편집하고 제한을 수동으로 정의하는 대신 DSR을 통해 자동화됩니다.

어플

DSR은 명령줄에서 시작할 수 있습니다.콜의 기본 형식은 다음과 같습니다.

dsr [ option ](SHELXL 파일)

DSR은 각 SELXL 파일에서 특별한 명령어로 제어됩니다.이 구문은 다음과 같습니다.

REM DSR "스탠딩" (스탠딩) ON (스탠딩 q-스탠딩) Part 1 OCC - 21 = RESI DFIX

DSR 명령어는 SELXL이 이 행을 자체 명령으로 인식하지 않도록 항상 REM으로 시작해야 합니다.WITH 및 ON 뒤에는 결정 구조에서 어떤 원자 또는 q-피크가 위치하는 데이터베이스로부터 분자 조각의 원자가 서 있다.

실행 시

dsr -r file.res

fragment fit이 수행되고 구속이 전송됩니다.

그래피컬 사용자 인터페이스

2016년부터 ShelXle은 DSR에 대한 그래픽 인터페이스를 갖추고 있습니다.명령줄 버전의 대부분의 명령어는 여기에서 실행할 수 있습니다.

fragment를 구조체로 전송하려면 ShelXle 및 DSR GUI에서 각각 3개의 atoms/q-peaks를 선택하여 fragment의 위치를 지정해야 합니다.다음으로 fragment의 3D 뷰에 후속 fragment fit의 미리보기가 표시됩니다.

프로그래밍

DSR은 Python에서만 프로그래밍됩니다.따라서 Python 지원 운영 체제에서 실행됩니다.

무료 Beerware 라이센스 하에 있으며, 무료로 다운로드하여 원하는 대로 변경할 수 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ Kratzert, Daniel; Krossing, Ingo (3 May 2018). "Recent improvements in DSR". Journal of Applied Crystallography. 51 (3): 928–934. doi:10.1107/S1600576718004508. ISSN 1600-5767. Retrieved 17 August 2018.
  2. ^ Daniel Kratzert; Julian J. Holstein; Ingo Krossing (2015-06-01), "DSR: enhanced modelling and refinement of disordered structures with SHELXL", Journal of Applied Crystallography (in German), vol. 48, no. 3, pp. 933–938, doi:10.1107/s1600576715005580, ISSN 1600-5767, PMC 4453980, PMID 26089767, retrieved 2017-02-07
  3. ^ "The SHELX homepage" (in German). Retrieved 2017-02-07.
  4. ^ George M. Sheldrick (2008-01-01), "A short history of SHELX", Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography (in German), vol. 64, no. 1, pp. 112–122, Bibcode:2008AcCrA..64..112S, doi:10.1107/s0108767307043930, ISSN 0108-7673, PMID 18156677
  5. ^ George M. Sheldrick (2015-01-01), "Crystal structure refinement with SHELXL", Acta Crystallographica Section C: Structural Chemistry (in German), vol. 71, no. 1, pp. 3–8, doi:10.1107/s2053229614024218, ISSN 2053-2296, PMC 4294323, PMID 25567568
  6. ^ Gerard J. Kleywegt (2007-01-01), "Crystallographic refinement of ligand complexes", Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography (in German), vol. 63, no. 1, pp. 94–100, doi:10.1107/s0907444906022657, ISSN 0907-4449, PMC 2483469, PMID 17164531

외부 링크