디프로토

DisProt
디프로토
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내용
묘사본능적으로 무질서한 단백질(IDP)과 영역(IDR)의 수동 큐레이션 데이터베이스
데이터형
발동.		본질적으로 무질서한 단백질
유기체모든.
연락
실험실.Bio Computing UP 연구소(파도바 대학 생물의학부)
주요 인용문PMID 34850135
접근
웹 사이트https://disprot.org/
다운로드 URLhttps://disprot.org/download
여러가지 종류의
면허증.Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) 라이선스
큐레이션 정책프로페셔널 및 커뮤니티 바이오 큐레이터의 수동 큐레이션

DisProt는 본질적으로 무질서 단백질(IDP)과 영역(IDR)[1][2][3]의 수동 큐레이션된 생물학적 데이터베이스이다.DisProt 주석에는 단백질에 대한 상태 정보뿐만 아니라 특정 실험 방법에 의해 감지된 장애의 상태 전환, 상호작용 및 기능적 측면도 포함됩니다.DisProt는 BioComputing UP 연구소(Padua University, 생명과학부)에서 호스팅 및 유지보수됩니다.

웹 사이트

최신 DisProt 버전인 DisProt [3]9에는 2,300개 이상의 단백질 항목과 4,500개 이상의 구조적 상태, 상태 전환, 상호작용 및 기능 증거 및 2,500개 이상의 과학 출판물이 포함되어 있습니다.

DisProt에서의 바이오케이션

DisProt 엔트리에는 과학 문헌에 게재된 실험 데이터에서 전문 및 커뮤니티 바이오코쿠레이터가 주석을 달았다.DisProt 홈페이지에는 DisProt 항목(예: p53 및 Catenin 베타-1)의 예와 함께 SARS-CoV-2 바이러스에 속하는 단백질 항목(예: 핵단백질)이 있습니다.

디스프로토9

주제 데이터 세트

DisProt는 2020년부터 IDP가 관여하고 중요한 [3]역할을 하는 생물학적 영역을 설명하는 '주제 데이터 세트'를 출시합니다.이러한 데이터 세트에 속하는 모든 항목에는 테마 이름이 태그로 지정됩니다.

  • 단세포 독소 및 항독소 (DisProt 릴리즈 2020_12)
  • 세포외 매트릭스 단백질 (DisProt 방출 2021_06)
  • 바이러스 단백질 (DisProt 릴리즈 2021_12)

모델 유기체 엔트리

DisProt 홈페이지 모델 유기체는 아이콘, 종의 이름 및 각 특정 유기체에 속하는 DisProt 항목의 수로 표시됩니다.다음 유기체의 항목은 DisProt 홈페이지의 'Organizes' 섹션에서 액세스할 수 있으며 단일 파일로 다운로드할 수 있습니다.호모 사피엔스, 뮤스클루스, 라투스 노르베기쿠스, 당류 세레비시아이, 대장균, 아라비도시스 탈리아나, 드로필라 멜라노가스터, 케노하브디티스 엘레강스.

DisProt 버전 및 릴리스

DisProt 버전 및 릴리스에는 웹 사이트 및 데이터베이스의 수동으로 큐레이션된 컨텐츠에 대한 변경 사항이 포함되어 있습니다.

  • DisProt[4] 7 (2016): 800개 이상의 단백질 항목과 1,000개 이상의 출판물에 주석을 달았습니다.DisProt의 각 단백질 엔트리는 프리픽스 DP의 형태를 취하는 DisProt 식별자에 의해 특징지어진다.예를 들어 DP00016은 Cyclin 의존성 키나제 억제제 1 단백질에 대응한다.Angular를 기반으로 한 새로운 웹 인터페이스가 특징입니다.JS.
  • DisProt[5] 8(2019): 1400개 이상의 단백질 엔트리 및 3000개 이상의 무질서 단백질 영역.DisProt 8은 또한 안정적인 DisProt 영역 식별자의 개념을 도입했습니다.DisProt는 단백질에서 무질서한 영역을 예측하는 기계 학습(ML) 방법을 훈련하는 데 널리 사용되어 왔다.또한 DisProt는 본질적으로 구조화되지 않은 [6]단백질의 특성을 이해하기 위해 사용되어 왔다.DisProt 8은 텍스트 마이닝 기술을 통합한 새로운 웹 인터페이스와 확장된 API 및 새로운 주석 인터페이스를 특징으로 했습니다.
  • DisProt[3] 9 (2021) : 2,300개 이상의 단백질 입력과 2,500개 이상의 과학적 기사에서 주석을 단 4,500개 이상의 증거.DisProt 9는 재스타일화된 웹 인터페이스와 리팩터링된 내장 무질서 단백질 온톨로지(IDPO)를 특징으로 합니다.Gene Ontology(IDP와 IDR의 상호작용과 기능에 대한 주석)와 근거와 결론 Ontology(실험 방법에 대한 주석)의 채택을 통해 더 나은 상호 운용성을 제공한다.

DisProt 온톨로지

DisProt는 세 가지 다른 온톨로지(Intently Disordered Proteins Ontology, IDPO), 증거 및 결론 온톨로지(ECO) 및 유전자 온톨로지(GO)를 사용하여 무질서한 영역에 주석을 달았다. DisProt에는 각 IDPO 용어 전용 페이지가 있으며, 용어 및 외부 참조에 대한 식별자, 이름 및 정의를 포함한다.(예: Gene Ontology).각 IDPO 용어 페이지에는 해당 용어가 주석을 단 모든 DisProt 항목이 나열됩니다.

  • 본질적으로 무질서 단백질 온톨로지: 1.구조 상태(즉, 무질서, 용융구, 용융구, 순서), 2.구조적 전이(구조적 상태 간의 전이), 3.자기 기능(예: 자기 억제) 및 비구조적 단백질 상태와 관련된 기능의 다음 유형의 증거에 주석을 달기 위해 사용된다.(유연성 링커/스페이서 등)
  • 증거와 결론 온톨로지: 내재적 장애의 존재 또는 그 측면 중 하나를 평가하는 데 사용되는 실험 방법에 주석을 달기 위해 사용된다. 예를 들어 순환 이분법 증거.
  • Gene Ontology: 결합 파트너(예: 단백질 결합) 및 기타 기능(예: RNA 폴딩 샤페론)에 주석을 달기 위해 사용됩니다.

외부 링크

레퍼런스

  1. ^ Vucetic, Slobodan; Obradovic, Zoran; Vacic, Vladimir; Radivojac, Predrag; Peng, Kang; Iakoucheva, Lilia M.; Cortese, Marc S.; Lawson, J. David; Brown, Celeste J. (2005-01-01). "DisProt: a database of protein disorder". Bioinformatics. 21 (1): 137–140. doi:10.1093/bioinformatics/bth476. ISSN 1367-4803. PMID 15310560.
  2. ^ Sickmeier, Megan; Hamilton, Justin A.; LeGall, Tanguy; Vacic, Vladimir; Cortese, Marc S.; Tantos, Agnes; Szabo, Beata; Tompa, Peter; Chen, Jake (2007-01-01). "DisProt: the Database of Disordered Proteins". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D786–793. doi:10.1093/nar/gkl893. ISSN 1362-4962. PMC 1751543. PMID 17145717.
  3. ^ a b c d Quaglia, Federica; Mészáros, Bálint; Salladini, Edoardo; Hatos, András; Pancsa, Rita; Chemes, Lucía B.; Pajkos, Mátyás; Lazar, Tamas; Peña-Díaz, Samuel; Santos, Jaime; Ács, Veronika (2021-11-25). "DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation". Nucleic Acids Research. 50 (D1): D480–D487. doi:10.1093/nar/gkab1082. ISSN 1362-4962. PMC 8728214. PMID 34850135.
  4. ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Mičetić, Ivan; Necci, Marco; Quaglia, Federica; Oldfield, Christopher J.; Aspromonte, Maria Cristina; Davey, Norman E.; Davidović, Radoslav (2016-11-28). "DisProt 7.0: a major update of the database of disordered proteins". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D219–D227. doi:10.1093/nar/gkw1056. ISSN 1362-4962. PMC 5210544. PMID 27899601.
  5. ^ Hatos, András; Hajdu-Soltész, Borbála; Monzon, Alexander M.; Palopoli, Nicolas; Álvarez, Lucía; Aykac-Fas, Burcu; Bassot, Claudio; Benítez, Guillermo I.; Bevilacqua, Martina; Chasapi, Anastasia; Chemes, Lucia (2019). "DisProt: intrinsic protein disorder annotation in 2020". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D269–D276. doi:10.1093/nar/gkz975. PMC 7145575. PMID 31713636.
  6. ^ Kovačević JJ (June 2012). "Computational analysis of position-dependent disorder content in DisProt database". Genomics Proteomics Bioinformatics. 10 (3): 158–65. doi:10.1016/j.gpb.2012.01.002. PMC 5056116. PMID 22917189.