차이밀도도

Difference density map

X선 결정학에서 차이 밀도 맵은 결정의 측정된 전자 밀도와 현재 모델에 의해 설명되는 전자 밀도 사이의 차이의 공간 분포를 보여준다.[1]

이러한 계수는 현재 모형에 기초하여 관측된 구조물 인자의 우도함수의 구배에서 도출된다.

디스플레이

통상적으로, 그것들은 양의 밀도를 가진 이소서페이스(전자 밀도)로 표시된다. 즉, 모델에 아무것도 없는 전자 밀도로 표시되며, 일반적으로 모델링되지 않은 결정의 일부 구성 요소(예: 리간드 또는 결정 보조제(녹색, 음의 밀도)에 해당된다. 모델의 일부는 전자 밀도는 전자 밀도로 백업되지 않는다.원자가 방사선 손상으로 인해 정렬되지 않았거나 잘못된 위치(빨간색)에서 모델링되었음을 나타낸다.

계산

차이 밀도 맵은 일반적으로 X선 회절 실험에서 관측된 구조 인자 진폭과 현재 모델에서 계산된 구조 인자 진폭 사이의 차이인 푸리에 계수를 사용하여 계산되며, 두 항에 대해 모델에서 나온 위상을 사용한다(관측에는 위상이 없으므로).d 데이터).두 구조 요인 세트는 동일한 척도에 있어야 한다.현재 모형에 추정 오차를 고려한 가중치 항도 포함하는 것이 일반적이다.

여기서 m은 상 오차의 코사인 추정치인 공적의 수치, D는 척도계수다.

참조

  1. ^ Bank, RCSB Protein Data. "RCSB PDB: X-ray Electron Density Maps". www.rcsb.org. Retrieved 2021-01-08.