디그라돔 배열

Degradome sequencing

디그라돔 시퀀싱(Degradome-Seq)[1][2]은 RNA 엔드(PARE) 병렬 분석이라고도 하며, 일루미나의 SBS 기술과 같은 높은 처리량과 심층 시퀀싱 방법을 사용하여 cDNA 엔드(RACE)[1][2]의 5' 급속 증폭(Rapid Amplification)을 변형한 버전입니다.디그라돔 시퀀싱은 RNA 분해 패턴을 분석할 수 있는 포괄적인 수단을 제공합니다.

miRNA는 mRNA에 대한 광범위하고 종종 완벽한 상보성에 의해 mRNA의 핵내 분열을 야기할 수 있기 때문에 분해 배열은 마이크로RNA([3]miRNA)[1][2] 절단 부위를 식별하는데 사용되어 왔다.분해체 염기서열 분석 결과 많은 알려진 새로운 식물 miRNA([1][2][4][5][6][7]siRNA) 표적이 밝혀졌다.최근에는 동물(인간과 생쥐) miRNA에서 파생된 [8][9][10]분열을 식별하기 위해 분해 염기서열 분석도 적용되고 있다.

외부 링크

  • starBase 데이터베이스: 분해 시퀀싱(Degradome-Seq) 데이터에서 마이크로RNA 절단 부위를 탐색하기 위한 데이터베이스입니다.

레퍼런스

  1. ^ a b c d German MA, Pillay M, Jeong DH, Hetawal A, Luo S, Janardhanan P, Kannan V, Rymarquis LA, Nobuta K, German R, De Paoli E, Lu C, Schroth G, Meyers BC, Green PJ (2008). "Global identification of microRNA-target RNA pairs by parallel analysis of RNA ends". Nat. Biotechnol. 26 (8): 941–946. doi:10.1038/nbt1417. PMID 18542052.
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  8. ^ Shin, C.; Nam, J. W.; Farh, K. K. H.; Chiang, H. R.; Shkumatava, A.; Bartel, D. P. (2010). "Expanding the MicroRNA Targeting Code: Functional Sites with Centered Pairing". Molecular Cell. 38 (6): 789–802. doi:10.1016/j.molcel.2010.06.005. PMC 2942757. PMID 20620952.
  9. ^ Karginov, F. V.; Cheloufi, S.; Chong, M. M. W.; Stark, A.; Smith, A. D.; Hannon, G. J. (2010). "Diverse Endonucleolytic Cleavage Sites in the Mammalian Transcriptome Depend upon MicroRNAs, Drosha, and Additional Nucleases". Molecular Cell. 38 (6): 781–8. doi:10.1016/j.molcel.2010.06.001. PMC 2914474. PMID 20620951.
  10. ^ Bracken, CP; Szubert, JM; Mercer, TR; Dinger, ME; Thomson, DW; Mattick, JS; Michael, MZ; Goodall, GJ (2011-03-22). "Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent endonucleolytic cleavage". Nucleic Acids Research. 39 (13): 5658–5668. doi:10.1093/nar/gkr110. PMC 3141239. PMID 21427086.


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