기능 주석의 중요 평가

Critical Assessment of Function Annotation

CAFA(Critical Assessment of Functional Annotation)는 단백질 [1]기능 예측 전용 계산 방법의 대규모 평가를 제공하기 위해 설계된 실험이다.다른 알고리즘은 분자 기능, 생물학적 과정 및 세포 구성 요소의 범주에서 유전자 온톨로지(GO) 용어를 예측하는 능력에 의해 평가됩니다.

실험은 두 개의 트랙으로 구성되어 있다: (i) 진핵생물 트랙, (ii) 원핵생물 트랙.각 트랙에서 일련의 목표물이 주최자에 의해 제공됩니다.참가자는 제출 마감일까지 예측을 제출해야 하며, 그 후 일련의 특정 지표에 따라 평가됩니다.

동기

유기체의 게놈은 수십만 개의 다른 단백질 서열을 암호화하는 수백에서 수만 개의 유전자로 구성될 수 있다.상대적으로 게놈 배열의 비용이 저렴하기 때문에 유전자와 단백질 배열을 결정하는 것은 빠르고 저렴하다.지금까지 수천 개의 종이 염기서열로 배열되었지만,[2] 많은 단백질들이 잘 특징지어지지 않았습니다.세포에서 단백질의 역할을 실험적으로 결정하는 과정은 비용이 많이 들고 시간이 많이 걸리는 작업이다.또한 기능성 검사를 수행하더라도 단백질 기능에 대한 완전한 통찰력을 제공할 수 없습니다.따라서 단백질에 기능적으로 주석을 달기 위해 계산 도구를 사용하는 것이 중요해졌다.단백질 기능 예측에는 다양한 생물학적, 진화적 데이터를 사용하여 단백질 기능을 추론할 수 있는 몇 가지 계산 방법이 있지만, 상당한 개선의 여지가 있다.단백질 기능의 정확한 예측은 생물의학 및 의약품 연구에 오랜 기간 영향을 미칠 수 있다.

CAFA 실험은 계산 방법에 대한 편견 없는 평가를 제공하고, 계산 기능 예측에 대한 연구를 촉진하며, 기능 예측에 대한 전반적인 최신 정보를 제공하기 위해 고안되었다.

조직

실험은 다음 세 단계로 구성됩니다.

  1. 예측 단계: 최대 4개월

주최자는 기능이 불분명하거나 불완전한 단백질 배열을 지역사회에 제공하고 예측 제출 기한을 설정한다.

  1. 누적 목표: 6~12개월

모든 예측이 저장되고 실험이 공공 데이터베이스에 단백질 기능이 축적될 것으로 예상되는 대기 기간에 들어간 후

  1. 분석 단계: 1개월

예측 변수는 성능에 따라 순위가 매겨집니다.결과는 과학 회의에서 공개적으로 공유되고 안전 점검 후 발표됩니다.

역사

CAFA 실험은 Automated Function Prediction(AFP) Special Interest Group(AFP/SIG)에 의해 수행된다.CAFA는 Dr.에 의해 고안되었다.Inbal Landsberg는 교수와 함께 그녀에 의해 조직되었다.러스 알트먼, 그리고 닥터.이도 프리드버그.AFP/SIG 회의는 2005년, 2006년, 2008년, 2011년 및 [3][4][5]2012년에 분자생물학을 위한 지능형 시스템 회의와 함께 열렸다.

CAFA 2010-2012

첫 번째 CAFA 실험은 2010년 가을과 2012년 봄 사이에 이루어졌다.주최자는 각 시퀀스에 대한 Gene Ontology 주석을 예측하는 작업과 함께 커뮤니티에 48,000개의 시퀀스를 제공했다.48,000개의 단백질 중 866개가 표적 축적 단계에서 실험적으로 주석을 달았다.그 결과, 현재의 함수 예측 알고리즘은 단순한 도메인 할당이나 BLAST 패키지의 간단한 사용보다 훨씬 뛰어난 성능을 발휘하는 것으로 나타났습니다.하지만, 그들은 또한 단백질의 생물학적 기능에 대한 정확한 예측은 여전히 개방적이고 도전적인 문제라는 것을 밝혔다.

CAFA 2013-2014

두 번째 CAFA 실험은 2013년 가을에 시작되었다.8월부터 관심 있는 사람들은 27종 10만 개 이상의 표적 시퀀스를 다운로드 받을 수 있다.등록된 팀은 Gene Ontology 용어로 시퀀스에 주석을 달아야 하며, Human Photype Ontology 용어로 인간 시퀀스에 주석을 달아야 하는 추가 과제가 있습니다.제출 마감일은 2014년 1월 15일이었다.예측 평가는 2014년 6월에 실시됩니다.

「 」를 참조해 주세요.

CASP: 단백질 구조 예측의 비판적 평가
CAPRI: 상호작용 예측에 대한 비판적 평가

레퍼런스

  1. ^ Predrag, Radivojac; et al. (2013). "A large-scale evaluation of computational protein function prediction". Nature Methods. 10 (3): 221–227. doi:10.1038/nmeth.2340. PMC 3584181. PMID 23353650.
  2. ^ Bernal, Axel; Uy Ear; Nikos Kyrpides (2001). "Genomes OnLine Database (GOLD): a monitor of genome projects world-wide". Nucleic Acids Research. 29 (1): 126–127. doi:10.1093/nar/29.1.126. PMC 29859. PMID 11125068.
  3. ^ Friedberg, Iddo; Martin Jambon; Adam Godzik (June 2006). "New avenues in protein function prediction". Protein Science. 15 (6): 1527–1529. doi:10.1110/ps.062158406. PMC 2242544. PMID 16731984.
  4. ^ Rodrigues, Ana; Barry Grant; Adam Godzik; Iddo Friedberg (2007). "The 2006 Automated Function Prediction Meeting". Bioinformatics. 8 (Suppl 4): S1–4. doi:10.1186/1471-2105-8-s4-s1. PMC 1892079. PMID 17570143.
  5. ^ Gillis, Jesse; Paul Pavlidis (April 2013). "Characterizing the state of the art in the computational assignment of gene function: lessons from the first critical assessment of functional annotation (CAFA)" (PDF). BMC Bioinformatics. 14 (Suppl 3): S15. doi:10.1186/1471-2105-14-s3-s15. PMC 3633048. PMID 23630983.

외부 링크