베이스 콜

Base calling

염기 호출은 나노포어를 통과하는 뉴클레오타이드로 인해 발생하는 크로마토그램 피크 또는 전류 변화에 핵염기를 할당하는 과정입니다.이 작업을 수행하기 위한 컴퓨터 프로그램 중 하나는 Pred입니다.Pred는 높은 염기 호출 [1]정확도로 인해 학술 및 상업용 DNA 염기서열 분석 연구소에서 널리 사용되는 염기 호출 소프트웨어 프로그램입니다.

나노포어 시퀀싱의 기본 발신자는 실제 시퀀싱 데이터에서 얻은 전류 신호에 대해 훈련된 신경망을 사용합니다.[2]

기본 호출 정확도

기본 호출은 읽기 정확도와 합의 정확도라는 두 가지 메트릭으로 평가할 수 있습니다.판독 정밀도는, 기존의 참조에 대해서, 착신 베이스가 얼마나 정확한지를 나타냅니다.컨센서스 정확도는 컨센서스 시퀀스가 동일한 유전자 궤적에서 중복되는 판독치와 비교해 얼마나 정확한지를 의미한다.[2]

레퍼런스

  1. ^ Richterich, Peter (1998-03-01). "Estimation of Errors in "Raw" DNA Sequences: A Validation Study". Genome Research. Cold Spring Harbor Laboratory. 8 (3): 251–259. doi:10.1101/gr.8.3.251. ISSN 1088-9051. PMC 310698. PMID 9521928.
  2. ^ a b Wick, Ryan R.; Judd, Louise M.; Holt, Kathryn E. (2019-06-24). "Performance of neural network basecalling tools for Oxford Nanopore sequencing". Genome Biology. Springer Science and Business Media LLC. 20 (1): 129. doi:10.1186/s13059-019-1727-y. ISSN 1474-760X. PMC 6591954. PMID 31234903.