알칼리코커스

Alkalicoccus
알칼리코커스
과학적 분류
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속:
알칼리코커스 자오 외 2017, 수정.굽타 외 2020년
종.

LPSN 2021에 근거한 정보

알칼리코쿠스그램 양성 막대 모양의 박테리아로, 바실라스목 [1][2]바실라스과에 속합니다.이 속의 모식종은 알칼리코커스 살리필루스이다.[3]

Alkalicoccus의 구성원들은 이전에는 종(종류 종들을 제외하고, Alkalicoccussaliphilus)간균,(능력은 산소가 있endospores을 만들기 위해 같은)[5]이전에 s를 할당하기 위해 사용한 막연한 criteria[4]때문에 광범위한 polyphyly과 계통 발생적 이질성 표시 인정 받고 있는 종에 속하는pecies이 분지까지.비교 계통 분석을 이용한 여러 연구가 발표되어 알칼리할로바실루스, 브레비바실루스, 솔리바실루스, 알리시클로바실루스, 버기바실루스, 에반셀라 [6][7][8][9][10][1]등 수많은 새로운 속들이 확립되었다.또한 Bacillus속은 Bacillus subtilis [6][1]Bacillus cereus밀접한 관련이 있는 종만을 포함하도록 제한되었다.

알칼리코커스라는 이름은 접두사 "-alkali" (아랍어 "the"로 번역되는 "the"와 아랍어 명사 "galiy"에서 유래)와 접미사 "-occus" (라틴어 coccus, 구([11]球)에서 유래했다.알칼리코쿠스는 기본적인 환경에 사는 구균으로 번역됩니다.

생화학적 특성 및 분자 신호

이 속은 호기성 또는 통칭 혐기성으로 주로 식염수 호수에서 발견된다.몇몇 구성원들은 내포자를 만들 수 있고 운동성이 있다.대부분의 종은 적당한 내할로성과 내알칼리성을 가지고 있으며 성장을 위해 NaCl(2-8%, w/v)이 필요하다.성장을 위한 온도 범위는 8-45°C이며, 최적의 성장 온도는 일반적으로 30-37°[1]C입니다.`

알칼리코커스 종의 게놈 배열 분석에서 bis(5'-뉴클레오실)-테트라포스파타아제 PrpE, 디히드로트로산탈수소효소 전자전달 서브유닛, DUF368 도메인 함유 단백질, 페니실린-DNA' 중합효소, 이 속에만 독점적인 9개의 보존 시그니처 인델(CSI)이 확인되었다.uclease PolX, α-글루코시드가수분해효소, 1,4-α-글루칸 분기단백질 GlgB, SDR 패밀리 산화환원효소 및 tRNA1(Val) [아데닌(37)-N6]-메틸전달효소.[1]이러한 분자 신호는 다른 바실라과 속과 박테리아로부터 알칼리코커스 종을 식별 및 분화하는 신뢰할 수 있는 방법을 제공합니다.

분류법

2021년 5월 현재, 알칼리코쿠스는 총 6종의 [3]이름을 가진 유효한 이름을 가진 종을 포함하고 있다.이 속은 바실러스 [1]의 분류학적 관계를 조사한 연구에서 단통성 분지이며 다른 바실러스 종과 계통학적으로 무관한 것으로 확인되었다.이 분기 패턴은 GTDB([12]Genome Taxonomy Database)에서도 관찰됩니다.

또, 미발표종인 「Bacillus dachingensis」도, 계통수에서 알칼리코쿠스의 다른 종과 함께 군집해, 보존 시그니처 인델(CSI)[1]의 형태로 같은 분자 마커를 공유하는 것이 발견되었다.그러나 배양균주 정보가 부족하여 공식적으로 이전이 제안되지 않았다.추가적인 게놈과 새로운 종이 발견되고 지정되기 때문에 이 속은 더 많은 수정이 필요하다.

레퍼런스

  1. ^ a b c d e f g Gupta, Radhey S.; Patel, Sudip; Saini, Navneet; Chen, Shu (2020-11-01). "Robust demarcation of 17 distinct Bacillus species clades, proposed as novel Bacillaceae genera, by phylogenomics and comparative genomic analyses: description of Robertmurraya kyonggiensis sp. nov. and proposal for an emended genus Bacillus limiting it only to the members of the Subtilis and Cereus clades of species". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (11): 5753–5798. doi:10.1099/ijsem.0.004475. ISSN 1466-5026. PMID 33112222.
  2. ^ Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T.; Garrity, George M.; Boone, David R.; De Vos, Paul; Goodfellow, Michael; Rainey, Fred A.; Schleifer, Karl-Heinz, eds. (2005). Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology. doi:10.1007/0-387-28022-7. ISBN 978-0-387-24144-9.
  3. ^ a b "Genus: Alkalicoccus". lpsn.dsmz.de. Retrieved 2021-05-30.
  4. ^ Ash, Carol; Farrow, J.A.E.; Wallbanks, Sally; Collins, M.D. (2008-06-28). "Phylogenetic heterogeneity of the genus Bacillus revealed by comparative analysis of small-subunit-ribosomal RNA sequences". Letters in Applied Microbiology. 13 (4): 202–206. doi:10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x. ISSN 0266-8254. S2CID 82988953.
  5. ^ Logan, N. A.; Berge, O.; Bishop, A. H.; Busse, H.-J.; De Vos, P.; Fritze, D.; Heyndrickx, M.; Kampfer, P.; Rabinovitch, L.; Salkinoja-Salonen, M. S.; Seldin, L. (2009-06-30). "Proposed minimal standards for describing new taxa of aerobic, endospore-forming bacteria". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 59 (8): 2114–2121. doi:10.1099/ijs.0.013649-0. ISSN 1466-5026. PMID 19567583.
  6. ^ a b Patel, Sudip; Gupta, Radhey S. (2020-01-01). "A phylogenomic and comparative genomic framework for resolving the polyphyly of the genus Bacillus: Proposal for six new genera of Bacillus species, Peribacillus gen. nov., Cytobacillus gen. nov., Mesobacillus gen. nov., Neobacillus gen. nov., Metabacillus gen. nov. and Alkalihalobacillus gen. nov". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (1): 406–438. doi:10.1099/ijsem.0.003775. ISSN 1466-5026. PMID 31617837.
  7. ^ SHIDA, O.; TAKAGI, H.; KADOWAKI, K.; KOMAGATA, K. (1996-10-01). "Proposal for Two New Genera, Brevibacillus gen. nov. and Aneurinibacillus gen. nov". International Journal of Systematic Bacteriology. 46 (4): 939–946. doi:10.1099/00207713-46-4-939. ISSN 0020-7713. PMID 8863420.
  8. ^ Wisotzkey, J. D.; Jurtshuk, P.; Fox, G. E.; Deinhard, G.; Poralla, K. (1992-04-01). "Comparative Sequence Analyses on the 16S rRNA (rDNA) of Bacillus acidocaldarius, Bacillus acidoterrestris, and Bacillus cycloheptanicus and Proposal for Creation of a New Genus, Alicyclobacillus gen. nov". International Journal of Systematic Bacteriology. 42 (2): 263–269. doi:10.1099/00207713-42-2-263. ISSN 0020-7713. PMID 1374624.
  9. ^ Mual, Poonam; Singh, Nitin Kumar; Verma, Ashish; Schumann, Peter; Krishnamurthi, Srinivasan; Dastager, Syed; Mayilraj, Shanmugam (2016-05-01). "Reclassification of Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 as Solibacillus isronensis comb. nov. and emended description of genus Solibacillus Krishnamurthi et al. 2009". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 66 (5): 2113–2120. doi:10.1099/ijsem.0.000982. ISSN 1466-5026. PMID 26907585.
  10. ^ Heyndrickx, M.; Lebbe, L.; Kersters, K.; Hoste, B.; De Wachter, R.; De Vos, P.; Forsyth, G.; Logan, N. A. (1999-07-01). "Proposal of Virgibacillus proomii sp. nov. and emended description of Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 49 (3): 1083–1090. doi:10.1099/00207713-49-3-1083. ISSN 1466-5026. PMID 10425765.
  11. ^ Zhao, Baisuo; Lu, Weidong; Zhang, Shanshan; Liu, Kang; Yan, Yanchun; Li, Jun (2017-05-01). "Reclassification of Bacillus saliphilus as Alkalicoccus saliphilus gen. nov., comb. nov., and description of Alkalicoccus halolimnae sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a salt lake". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 67 (5): 1557–1563. doi:10.1099/ijsem.0.001759. ISSN 1466-5026. PMID 28032538.
  12. ^ "GTDB - Tree". gtdb.ecogenomic.org. Retrieved 2021-05-28.