스트라이드
STRIDE단백질 구조에서 Structure Identification(STRIDE; 구조식별)은 X선 결정학, 단백질 NMR 또는 다른 단백질 구조 결정법에 의해 정의된 단백질의 원자좌표가 주어진 단백질 2차 구조 요소의 할당을 위한 알고리즘이다.보다 일반적인 DSSP 알고리즘에 의해 사용되는 수소 결합 기준 외에, STRIDE 할당 기준에는 이면체 각도 전위도 포함된다.따라서 개별 이차 구조를 정의하는 기준은 DSSP의 기준보다 복잡하다.STRIDE 에너지 함수는 레너드-존스와 같은 8-6 거리 의존 전위와 최적화된 수소 결합 형상의 평면성을 반영하는 두 개의 각도 의존 인자를 포함하는 수소 결합 항을 포함한다.DSSP에 의해 보고된 것과 동일한 그룹으로 분류되는 개별 2차 구조 요소에 대한 기준은 단백질 데이터 뱅크에서 추출된 시각적으로 할당된 2차 구조 요소를 사용하여 해결된 구조의 경험적 검사에서 도출된 통계적 확률 인자를 포함한다.
DSSP가 오래된 방법이고 가장 일반적으로 사용되고 있지만, 원래의 SRIDE 정의는 최소 70%의 사례에서 더 만족스러운 구조적 할당을 제공하기 위해 DSSP를 보고했습니다.특히, SRIDE는 전문 결정학자가 할당한 것보다 짧은 2차 구조를 할당하는 DSSP의 성향을 교정하는 것으로 관찰되었다. 이는 보통 2차 구조 [1]요소의 말단 부근에서 가장 일반적인 구조의 경미한 국소적 변화 때문이다.슬라이딩 윈도우 방법을 사용하여 단일 터미널 잔류물 할당의 변화를 부드럽게 함으로써, 현재 SRIDE와 DSSP의 구현은 최대 95.4%의 [2]사례에서 동의하는 것으로 보고되었다.다른 일반적인 2차 구조 할당 방법 중 SRIDE와 DSSP는 모두 pi 헬리클을 [3]과소 예측하는 것으로 여겨진다.
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레퍼런스
- ^ 프리슈만 D, 아르고스 P.(1995).지식 기반 단백질 2차 구조 할당.단백질 23(4):566-79. doi:10.1002/prot.340230412 PMID8749853
- ^ Martin J, * Letellier G, Marin A, Taly JF, de Brevern AG, Gibrat JF. (2005)단백질 2차 구조 할당에 대해 다시 검토: 다양한 할당 방법에 대한 상세 분석.BMC Structure Biol 5:17.PMID 16164759
- ^ Fodje MN, Al-Karadaghi S. (2002).pi-helix에 대한 발생, 구조 특징 및 아미노산 성향.단백질 Eng 15(5): 353-8.PMID 12034854
외부 링크
- STRIDE - 웹 인터페이스, 원본 STRIDE 종이 인쇄물 및 소프트웨어 설명서 포함
- 최초 웹 서버 구현에 관한 문서
