표현차이분석
Representational difference analysis |
표현차이분석(RDA)은 두 게놈 또는 cDNA 샘플의 배열 차이를 찾기 위해 생물학적 연구에 사용되는 기술이다.두 표본(즉, 암 샘플과 정상 샘플)의 게놈 또는 cDNA 염기서열을 PCR 증폭하고 감산 DNA 교배법을 사용하여 차이를 분석한다.이 기술은 어레이 기술을 사용하여 이러한 분석을 수행하는 표현 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이 분석(ROMA) 개발을 통해 더욱 강화되었습니다.이 방법은 또한 메틸화 민감 표현 차이 분석(MS-RDA)[1]에서 볼 수 있듯이 DNA 메틸화 차이를 검출하기 위해 적합할 수 있다.
이론.
이 방법은 '드라이버'와 '테스터' DNA라고 불리는 거의 동일한 두 DNA 종의 소화된 조각들 사이에서 비호몰로지 DNA 영역을 차등적으로 증폭시키기 위해 PCR에 의존합니다.일반적으로 테스터 DNA는 드라이버 DNA와 상동성이 없는 일련의 관심사를 포함합니다.두 종류가 혼합되면 드라이버 시퀀스가 테스터에 과도하게 추가됩니다.PCR 중에 먼저 95°C 이하의 온도에서 이중 가닥 조각이 변성되었다가 소둔 온도가 되면 다시 소둔됩니다.드라이버와 테스터의 배열이 거의 동일하기 때문에 드라이버 DNA 조각의 초과는 테스터 종의 상동 DNA 조각으로 소둔됩니다.이것에 의해 PCR의 증폭이 차단되어 상동 fragment는 증가하지 않습니다.그러나 두 종 사이에 다른 조각은 상보적인 것으로 소둔되지 않고 PCR에 의해 증폭된다.RDA의 사이클이 많아짐에 따라 고유 시퀀스 프래그먼트 복사 풀은 두 종 모두에서 발견된 프래그먼트보다 빠르게 증가합니다.
레퍼런스
- Lisitsyn N, Lisitsyn N, Wigler M.(1993) 두 복잡한 게놈 간의 차이점 복제.과학, 259, 946-951
