비리보솜 코드
Nonribosomal code |
비리보솜 코드는 기질특이성을 예측하기 위해 사용되는 비리보솜펩티드합성효소의 아데닐화 도메인의 1차 배열 내에서 주요 아미노산 잔류물과 그 위치를 참조하며, 따라서 (부분적으로) 최종 생성물을 나타낸다.비리보솜 코드와 유사한 것은 DNA/RNA 코돈 판독에 의한 펩타이드 조성 예측이며, 이는 분자생물학의 중심 교의에 의해 잘 뒷받침되고 DNA 코돈 테이블 또는 RNA 코돈 테이블을 따르는 것만으로 유전자 코드를 사용하여 달성된다.그러나 비리보솜 코드에 의한 천연물/2차 대사물의 예측은 DNA/RNA 코돈-to-아미노산만큼 구체적이지 않으며, 광범위한 사용 코드를 가지기 위해서는 여전히 많은 연구가 필요하다.배열된 게놈의 수와 높은 처리량 예측 소프트웨어의 증가로 예측된 기질 특이성, 즉 천연물/2차 대사물을 더 잘 설명할 수 있게 되었습니다.예를 들어 기질특이성에 대한 ATP-피로인산교환측정, 실리코 기질결합 포켓모델링 및 구조기능 돌연변이 유발(체외시험 또는 실리코모델링)에 의한 효소특징은 예측알고리즘을 지원하는 데 도움이 된다.박테리아와 곰팡이에 대한 많은 연구가 이루어졌으며, 원핵 박테리아는 예측하기 쉬운 제품을 가지고 있다.
다모듈형 효소 복합체인 NRPS(Nonribosomal 펩타이드 합성효소)는 최소 반복 3도메인(아데닐화(A), 펩티딜 캐리어 단백질(PCP) 및 마지막 응축(C)을 포함한다.아데닐화 도메인(A)은 개시 및 기질 인식 도메인이기 때문에 기질 특이성의 초점이다.하나의 예에서, 아데닐화 기질 결합 포켓(내부 10개의 잔류물에 의해 정의됨) 배열은 정의된 특이성을 발생시키는 클러스터로 이어졌다(즉, 효소 포켓의 잔류물은 비리보솜 펩타이드 [1]염기서열을 예측할 수 있다).기질 결정 잔류물의 실리코 돌연변이도 변화 또는 완화 [2]특이성을 유발했다.또한 NRPS 공선성 원리/규칙은 NRPS 전체에 걸쳐 아데닐화 도메인(및 기질 특이성 코드)의 순서가 주어지면 생성된 작은 펩타이드의 아미노산 배열을 예측할 수 있음을 지시한다.NRPS, NRPS 유사 또는 NRPS-PKS 복합체도 존재하며 영역 변동, 추가 및/또는 제외가 있다.
지원 사례
A 도메인은 8개의 아미노산 길이 비리보솜 [3]시그니처를 가지고 있다.
LTKVGHIG → Asp(아스파르트산)
VGEIGSID → Orn (오리니틴)
AWMFAAVL → Val(발린)
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ 비리보솜 코드[full citation needed] 1999
- ^ 1999년 비리보솜펩타이드 합성효소에서의[full citation needed] 아데닐화 도메인의 특이성 부여 코드
- ^ Compeau, Phillip (2018). Bioinformatics algorithms : an active learning approach. Pevzner, Pavel. (3rd ed.). San Diego, CA. ISBN 978-0-9903746-3-3. OCLC 1060570224.
