머스타드 데이터베이스

Mustard Database
겨자
내용
묘사메타게노믹스에서 식별된 AR 결정인자와 큐레이션된 AR 유전자 함유
데이터형
발동.		항균성 유전자 및 AR 결정인자
유기체박테리아
연락
주요 인용문PMID 30478291
접근
웹 사이트mgps.eu/Mustard/
다운로드 URL다운로드.
여러가지 종류의
북마크 가능
엔티티		네.

머스타드는 항균성 결정인자(ARD)를 추적하는 데이터베이스입니다.ARD를 추적하는 방법은 단백질 호몰로지 모델링(Pairwise Comparative Modeling, PCM)에서 채택된 자체 방법을 사용하며, 이는 특히 원거리 관련 단백질 [1]호몰로지에 대해 특이성 단백질 예측을 증가시킨다.PCM을 사용하여 인간의 내장 마이크로바이오타 20개 가족 6095명의 ARD가 있습니다.사용된 항생제 내성 데이터베이스는 ResFinder,[2] ARG-ANNOT,[3] 지금은 없어진 Lahey Clinic,[4] Marilyn Roberts 웹사이트에서 테트라사이클린 및 마크로라이드[5] 내성 유전자와 [6][7][8]메타게노믹스를 다루었습니다.

「 」를 참조해 주세요.

레퍼런스

  1. ^ Ehrlich, S. Dusko; Kennedy, Sean P.; Doré, Joël; Haimet, Florence; Weiszer, Kevin; Levenez, Florence; Letur, Aline; Léjard, Véronique; Léonard, Pierre (January 2019). "Prediction of the intestinal resistome by a three-dimensional structure-based method" (PDF). Nature Microbiology. 4 (1): 112–123. doi:10.1038/s41564-018-0292-6. ISSN 2058-5276. PMID 30478291. S2CID 53757858.
  2. ^ Zankari, E.; Hasman, H.; Cosentino, S.; Vestergaard, M.; Rasmussen, S.; Lund, O.; Aarestrup, F. M.; Larsen, M. V. (2012-07-10). "Identification of acquired antimicrobial resistance genes". Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 67 (11): 2640–2644. doi:10.1093/jac/dks261. ISSN 0305-7453. PMC 3468078. PMID 22782487.
  3. ^ Gupta, Sushim Kumar; Padmanabhan, Babu Roshan; Diene, Seydina M.; Lopez-Rojas, Rafael; Kempf, Marie; Landraud, Luce; Rolain, Jean-Marc (2013-10-21). "ARG-ANNOT, a New Bioinformatic Tool To Discover Antibiotic Resistance Genes in Bacterial Genomes". Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 58 (1): 212–220. doi:10.1128/aac.01310-13. ISSN 0066-4804. PMC 3910750. PMID 24145532.
  4. ^ "RED-DB". Retrieved July 27, 2019.
  5. ^ "Marilyn Roberts website".
  6. ^ Allen, Heather K; Moe, Luke A; Rodbumrer, Jitsupang; Gaarder, Andra; Handelsman, Jo (2008-10-09). "Functional metagenomics reveals diverse β-lactamases in a remote Alaskan soil". The ISME Journal. 3 (2): 243–251. doi:10.1038/ismej.2008.86. ISSN 1751-7362. PMID 18843302. S2CID 16496336.
  7. ^ Moore, Aimée M.; Patel, Sanket; Forsberg, Kevin J.; Wang, Bin; Bentley, Gayle; Razia, Yasmin; Qin, Xuan; Tarr, Phillip I.; Dantas, Gautam (2013-11-13). "Pediatric Fecal Microbiota Harbor Diverse and Novel Antibiotic Resistance Genes". PLOS ONE. 8 (11): e78822. doi:10.1371/journal.pone.0078822. ISSN 1932-6203. PMID 24236055.
  8. ^ Sommer, M. O. A.; Dantas, G.; Church, G. M. (2009-08-27). "Functional Characterization of the Antibiotic Resistance Reservoir in the Human Microflora". Science. 325 (5944): 1128–1131. doi:10.1126/science.1176950. ISSN 0036-8075. PMC 4720503. PMID 19713526.


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