긴 비코딩 RNA 데이터베이스 목록

List of long non-coding RNA databases

lncRNA에 [1][2]대한 정보를 제공하는 긴 비코딩 RNA 데이터베이스 목록입니다.

긴 비코딩 RNA 데이터베이스

이름. 묘사 레퍼런스
딥 베이스 딥시퀀싱 데이터에서 긴 비코드 RNA(LncRNA), 작은 RNA 및 원형 RNA의 식별, 발현, 진화 및 기능 [3]
LNCipedia 인간의 긴 비부호화 RNA의 포괄적인 개요. [4][5]
lncRNADB 기능성 긴 비코딩 RNA에 대한 참조 데이터베이스. [6]
LncRNAWiki 인간의 긴 비코드 RNA(lncRNA) 커뮤니티 큐레이션을 위한 Wiki 기반의 공개 편집 오픈 콘텐츠 플랫폼 [7]
LncBook 270,044명의 인간 lncRNA의 포괄적인 수집 및 멀티오믹스 데이터 통합, 기능 주석 및 질병 관련성을 통한 lncRNA 주석의 체계적인 큐레이션 [8]
모노클 데이터베이스 MOUSE NOnCode Lung 데이터베이스는 인플루엔자 및 SARS-CoV 감염과 관련된 마우스 긴 비코드 RNA(lncRNA)의 주석과 발현 프로파일을 제공합니다. [9]
코드 외 ncRNA, 특히 lncRNA 전용 통합 지식 데이터베이스 [10]
lnc R Nome 인간의 긴 코드화되지 않은 RNA에 대한 포괄적인 검색 가능 생물학적 지향 지식 기반입니다.
NRED 긴 비코딩 RNA 발현 데이터베이스입니다. [11]
C-It-Loci 3개 유기체의 다양한 조직들 사이에서 보존된 자리의 발현 프로파일을 탐색하고 비교하는 도구

[12]

MiTranscriptome 다양한 암 및 조직 유형에 걸쳐 6,500개 이상의 샘플에서 높은 처리량 RNA-Seq 데이터의 컴퓨터 분석에서 파생된 인간의 긴 폴리 아데닐화 RNA 전사 카탈로그 [13]
slncky Evolution 브라우저 이 사이트에는 보존된 lncRNA의 정렬과 진화 지표가 포함되어 있습니다. [14]
암 LncRNA 센서스(CLC) 생체 내, 체외 및 기타 증거를 통해 암에 원인적으로 관여하는 긴 비코딩 RNA의 데이터베이스. [15]
BIGTranscriptom 수백 개의 유사 가닥 및 고립된 RNA-seq 데이터셋으로 구성된 코딩 및 비코딩 트랜스크립텀의 높은 신뢰도. [16]
lncRNAKB 긴 비코드 RNA의 조직별 기능 주석 및 특성 관련 지식 기반 [17]

레퍼런스

  1. ^ Rinn, J. L.; Chang, H. Y. (2012). "Genome Regulation by Long Noncoding RNAs". Annual Review of Biochemistry. 81: 145–166. doi:10.1146/annurev-biochem-051410-092902. PMC 3858397. PMID 22663078.
  2. ^ Martin, L.; Chang, H. Y. (2012). "Uncovering the role of genomic "dark matter" in human disease". Journal of Clinical Investigation. 122 (5): 1589–1595. doi:10.1172/JCI60020. PMC 3336981. PMID 22546862.
  3. ^ Zheng, LL; Li, JH; Wu, J; Sun, WJ; Liu, S; Wang, ZL; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (4 January 2016). "deepBase v2.0: identification, expression, evolution and function of small RNAs, LncRNAs and circular RNAs from deep-sequencing data". Nucleic Acids Research. 44 (D1): D196–202. doi:10.1093/nar/gkv1273. PMC 4702900. PMID 26590255.
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  5. ^ Volders, P. J.; Verheggen, K; Menschaert, G; Vandepoele, K; Martens, L; Vandesompele, J; Mestdagh, P (2015). "An update on LNCipedia: A database for annotated human lncRNA sequences". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D174–180. doi:10.1093/nar/gku1060. PMC 4383901. PMID 25378313.
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  8. ^ Ma, Lina; Cao, Jiabao; Liu, Lin; Du, Qiang; Li, Zhao; Zou, Dong; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2019). "LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs". Nucleic Acids Research. 47 (Database issue): D128–D134. doi:10.1093/nar/gky960. PMC 6323930. PMID 30329098.
  9. ^ Josset L, Tchitchek N, Gralinski LE, Ferris MT, Eisfeld AJ, Green RR; et al. (2014). "Annotation of long non-coding RNAs expressed in collaborative cross founder mice in response to respiratory virus infection reveals a new class of interferon-stimulated transcripts". RNA Biol. 11 (7): 875–90. doi:10.4161/rna.29442. PMC 4179962. PMID 24922324.{{cite journal}}: CS1 maint: 여러 이름: 작성자 목록(링크)
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  11. ^ Dinger, M. E.; Pang, K. C.; Mercer, T. R.; Crowe, M. L.; Grimmond, S. M.; Mattick, J. S. (2009). "NRED: A database of long noncoding RNA expression". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D122–D126. doi:10.1093/nar/gkn617. PMC 2686506. PMID 18829717.
  12. ^ Weirick, T.; David, J.; Stefanie, D.; Uchida, S. (2015). "C-It-Loci: a knowledge database for tissue-enriched loci". Bioinformatics. 31 (21): 3537–3543. doi:10.1093/bioinformatics/btv410. PMID 26163692.
  13. ^ Iyer, Matthew K.; Niknafs, Yashar S.; Malik, Rohit; Singhal, Udit; Sahu, Anirban; Hosono, Yasuyuki; Barrette, Terrence R.; Prensner, John R.; Evans, Joseph R. (March 2015). "The landscape of long noncoding RNAs in the human transcriptome". Nature Genetics. 47 (3): 199–208. doi:10.1038/ng.3192. ISSN 1546-1718. PMC 4417758. PMID 25599403.
  14. ^ Chen, Jenny; Shishkin, Alexander A.; Zhu, Xiaopeng; Kadri, Sabah; Maza, Itay; Guttman, Mitchell; Hanna, Jacob H.; Regev, Aviv; Garber, Manuel (2016-02-02). "Evolutionary analysis across mammals reveals distinct classes of long non-coding RNAs". Genome Biology. 17: 19. doi:10.1186/s13059-016-0880-9. ISSN 1474-760X. PMC 4739325. PMID 26838501.
  15. ^ Carlevaro-Fita, Joana; Lanzós, Andrés; Feuerbach, Lars; Hong, Chen; Mas-Ponte, David; Skou Pedersen, Jakob; Johnson, Rory (2020). "Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis". Communications Biology. 3. doi:10.1038/s42003-019-0741-7. PMC 7002399.
  16. ^ You, Bo-Hyun; Yoon, Sang-Ho; Nam, Jin-Wu (2017-06-01). "High-confidence coding and noncoding transcriptome maps". Genome Research. 27 (6): 1050–1062. doi:10.1101/gr.214288.116. ISSN 1088-9051. PMC 5453319. PMID 28396519.

17. Seifuddin, F., Singh, K., Suresh, A. et al. lncRNAKB, 긴 비코딩 RNA의 특정 기능 주석 및 특성 관련 지식 기반. Sci Data 7, 326 (20).https://doi.org/10.1038/s41597-020-00659-z