LSID

LSID

생명과학 식별자는[1][2] 웹에서 정보의 이름을 지정하고 위치를 찾는 방법입니다. 기본적으로 LSID는 일부 데이터의 고유 식별자이며 LSID 프로토콜은 데이터를 찾는 표준 방법과 해당 데이터를 설명하는 표준 방법을 지정합니다. 많은 출판사에서 사용하는 DOI와 약간 비슷합니다.

LSID는 다음 형식으로 URN(Uniform Resource Name)으로 표시됩니다.

  • urn:lsid:<권한>:<이름공간>:<객체ID>[:<버전>]

그러나 lsid: 네임스페이스는 IANA(Internet Assigned Numbers Authority)에 등록되지 않으므로 엄격하게 URN이나 URI가 아닙니다.[3]

LSID는 URL(예: http://zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:CDC8D258-8F57-41DC-B560-247E17D3DC8C )에서 확인할 수 있습니다.

LSID 사용 논란

LSID는 생물정보학과 생물다양성 공동체 모두에서 많은 관심을 받아왔으며, LSID는 글로벌 카탈로그에서 종을 식별하는 방법으로 계속 사용되고 있습니다.[4] 그러나 최근 HTTP URI가 유사한 명명 작업을 수행할 수 있는 방법에 대한 이해가 높아짐에 따라 [5][6]LSID를 식별자로 사용하는 것은 기존 URI 체계를 재사용하는 웹 아키텍처 모범 사례를 위반한다는 비판을[7] 받았습니다.[8] 그럼에도 불구하고, 데이터와 메타데이터의 명시적인 분리, 데이터 검색을 위한 다수의 위치를 발견하기 위한 방법의 구체화, 그리고 식별된 것에 대한 다수의 독립적인 메타데이터 소스를 발견하는 능력은 HTTP-only에 의해 성공적으로 모방되지 않은 LSID 및 이의 해상도 사양의 중요한 부분이었습니다. 접근.

월드 와이드 웹은 생물정보학을 포함한 거의 모든 과학적 협업에 필수적인 전 세계적으로 분산된 커뮤니케이션 프레임워크를 제공합니다. 그러나 몇 가지 한계와 불충분함이 존재하는 것으로 생각되었으며, 그 중 하나는 네트워크를 통해 널리 배포될 수 있는 로컬 이름 객체를 프로그래밍적으로 식별할 수 없다는 것이었습니다. 이러한 인식된 단점은 생물정보학에서 흔히 볼 수 있는 것처럼 공유 도메인의 부분적인 정보를 제공하는 여러 지식 기반을 통합하는 능력을 제한할 것입니다. 생명과학 식별자(LSID)와 LSID 해결 시스템(LSRS)은 기존 인터넷 기술의 확장을 기반으로 차세대 시맨틱 웹 및 시맨틱 그리드와 일치하는 이 문제에 대한 간단하고 우아한 해결책을 제공하도록 설계되었습니다. 그러나 이러한 인식된 단점 중 일부는 HTTP URI에 고유하지 않으며 LSID가 제공하는 기능의 대부분(전부는 아니지만)은 적절하게 만들어진 HTTP URI를 사용하여 얻을 수 있다는 점이 최근에 지적되었습니다.[5]

유기체에 대한 대체 식별자

유기체, 예를 들어 DOI 시스템에 대한 대체 식별자가 제안되었습니다. 민간기업 Names for Life (N4L)는 유기체에 DOIs를 적용하는 시스템을 구축했습니다. 예를 들어, doi:10.1601/nm.3093은 대장균에 대한 DOI이고, doi:10.1601/tx.3093은 해당 분류군입니다.[9]

참고 항목

메모들

  1. ^ 클라크 T., 마틴 S., 리펠트 T. 생물정보학 분야의 브리핑 5.1:59-70, 2004년 3월 1일
  2. ^ Cover, Robin. "OMG Life Sciences Identifiers Specification (LSID)". xml.coverpages.org. Retrieved 2022-12-10.
  3. ^ "GitHub - tdwg/wiki-archive: Archive of the TDWG wiki". 2018-11-15.
  4. ^ Jones, Andrew C.; White, Richard J.; Orme, Ewen R. (2011-10-17). "Identifying and relating biological concepts in the Catalogue of Life". Journal of Biomedical Semantics. 2 (1): 7. doi:10.1186/2041-1480-2-7. ISSN 2041-1480. PMC 3245425. PMID 22004596.
  5. ^ a b "Converting New URI Schemes or URN Sub-Schemes to HTTP URIs". dbooth.org. Retrieved 2022-12-10.
  6. ^ "A precedent suggesting a compromise for the SWHCLS IG Best Practices from Henry S. Thompson on 2006-07-26 (public-semweb-lifesci@w3.org from July 2006)". lists.w3.org. Retrieved 2022-12-10.
  7. ^ "My conversation with Sean Martin about LSIDs from noah_mendelsohn@us.ibm.com on 2006-07-25 (www-tag@w3.org from July 2006)". lists.w3.org. Retrieved 2022-12-10.
  8. ^ "Architecture of the World Wide Web, Volume One". www.w3.org. Retrieved 2022-12-10.
  9. ^ Garrity, George M.; Lyons, Catherine (2003-01-01). "Future-Proofing Biological Nomenclature". OMICS: A Journal of Integrative Biology. 7 (1): 31–33. doi:10.1089/153623103322006562. PMID 12831553.

외부 링크