HIV 툴박스

HIVToolbox

HIV Toolbox는 과학자들이 에이즈를 유발하는 바이러스인 HIV를 더 잘 이해하고 새로운 잠재적인 약물 [1]표적을 식별하는 것을 목표로, 실험의 해석을 용이하게 할 뿐만 아니라 과학자들이 새로운 가설을 확인하고 개발하는 것을 돕는 인터넷 응용 프로그램입니다.

HIV에 대한 정보는 종종 도메인이라고 불리는 HIV 단백질의 다양한 부분을 포함합니다.미니모티프라고 불리는 단백질의 더 작은 영역도 HIV 단백질에 존재합니다.짧은 선형 모티프라고도 불리는 이 미니모티프들은 HIV [2]단백질에서 서로 다른 분자 기능을 암호화합니다.HIV 툴박스는 다양한 분리체, 단백질 구조, 단백질 도메인, 단백질-단백질 상호작용, 단백질의 기능적 요소, Minimotif Miner [3][4]데이터베이스의 알려진 및 예측된 최소 모티브에서 파생된 단백질 서열에 대한 HIV 데이터를 통합하도록 설계된 MySQL 데이터베이스에서 실행되는 인터넷 애플리케이션입니다.촉매, 이량화 등과 같은 분자 기능에 관여하는 다른 아미노산도 포함됩니다.이 프로그램의 데이터베이스에는 모든 HIV 단백질에 대한 계산된 아미노산 보존도 포함되어 있습니다.이것은 바이러스가 변하지 않는 영역을 식별하는 데 도움이 되므로 중요한 영역을 나타내는 것으로 생각됩니다.HIV Toolbox의 두 번째 릴리스인 HIV Toolbox2는 또한 다른 HIV 약물이 결합하는 단백질의 위치와 HIV에서 발생하고 바이러스를 약물에 내성을 갖게 하는 돌연변이와의 공간적 관계에 대한 정보를 포함하고 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ Sargeant, David; Deverasetty, Sandeep; Luo, Yang; Baleta, Angel V.; Zobrist, Stephanie R.; Rathnayake, Viraj; Tusso, Jacqueline C.; Vyas, Jay; Muesing, Mark A.; Schiller, Martin R. (2011). "HIVToolbox, an integrated web application for investigating HIV". PLOS ONE. 6 (5): e20122. Bibcode:2011PLoSO...620122S. doi:10.1371/journal.pone.0020122. PMC 310207. PMID 21647445.
  2. ^ Kadaveru, Krishna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). "Viral infection and human disease - insights from minimotifs". Frontiers in Bioscience. 13 (13): 6455–71. doi:10.2741/3166. PMC 2628544. PMID 18508672.
  3. ^ Rajasekaran, Sanguthevar; Balla, Sudha; Gradie, Patrick; Gryk, Michael R.; Kadaveru, Krishna; Kundeti, Vamsi; MacIejewski, Mark W.; Mi, Tian; Rubino, Nicholas (2009). "Minimotif miner 2nd release: a database and web system for motif search". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D185–90. doi:10.1093/nar/gkn865. PMC 2686579. PMID 18978024.
  4. ^ Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). "Minimotif Miner, a tool for investigating protein function". Nature Methods. 3 (3): 175–177. doi:10.1038/nmeth856. PMID 16489333. S2CID 15571142.