헤타페 B는 1983년 1군과 동시에 창단되어 11년 만에 처음으로 4부 리그에 진출하여 1시즌 만에 강등되었다.1998년 다시 이 부문으로 돌아와 3년간 지속되며 14위 이상을 차지하지 못했다.
2004-05 시즌,1군팀이 라 리가에 처음 등장하면서, 리저브 팀은 4부 리그로 복귀하였고, 이후 몇 년 동안 리저브 팀은 안정되었다.2010년, 두 번의 플레이오프 방문에 실패한 후, 그 클럽은 사상 처음으로 3레벨로 승격했다.첫 시즌에 그 클럽은 20개 [2]팀 중 7위에 올랐다.헤타페 B가 [3]8위에 그쳤기 때문에 2011-12시즌은 약간 더 나빴다.2018-19시즌 헤타페 B는 테르세라 디비시온 [4]7조 챔피언이 되었다.세군다 디비시온 B의 시즌 초반은 어려웠는데, 첫 14경기에서 [5]4승만을 거두었기 때문이다.