화학정보학 툴킷

List of cheminformatics toolkits

Cheminformatics 툴킷은 Cheminformatics가 가상 스크리닝, 화학 데이터베이스 마이닝 및 구조 활동 [1][2]연구에 사용할 수 있도록 맞춤형 컴퓨터 애플리케이션을 개발할 수 있도록 하는 주목할 만한 소프트웨어 개발 키트입니다.툴킷은 새로운 방법론을 사용한 실험에 자주 사용됩니다.그들의 가장 중요한 기능은 화학 구조의 조작과 구조 간의 비교를 다룬다.개별 결합 및 원자의 특성에 대한 프로그램적 접근이 제공됩니다.

기능

툴킷은 다음과 같은 기능을 제공합니다.

  • 다양한 화학 파일 형식으로 구조를 읽고 저장합니다.
  • 어떤 구조가 다른 구조의 하위 구조인지 확인합니다(하위 구조의 일치).
  • 두 구조가 동일한지 확인합니다(정확한 일치).
  • 세트의 구조물에 공통되는 하부구조(Maximal Common Substructure, MCS)의 식별.
  • 분자를 분해하여 조각으로 분할합니다.
  • 원소 또는 서브 분자에서 분자를 조립합니다.
  • 입력 반응물 구조에 반응을 적용하여 반응 생성물 구조를 출력합니다.
  • 분자 지문을 생성하다.핑거프린트는 개별 비트가 구조 기능의 유무에 대응하는 비트벡터입니다지문의 가장 중요한 용도는 화학 데이터베이스의 색인화입니다.

주목할 만한 화학 도구 키트 목록

이름. 면허증. API 홈페이지 메모들
3D-e-Chem 오픈 소스 Python, Java, Knime https://3d-e-chem.github.io/ [3][4]
CDD 볼트 독자 사양, CDD 퍼블릭 읽기 전용 데이터 무료 CDD 볼트 https://www.collaborativedrug.com/cdd-vault [5]
CDK 오픈 소스 자바 https://cdk.github.io/ [6][7][8]
체미네r 오픈 소스 R, C++ http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/chemminer [9][10]
에날로스 KNIME 노드 오픈 소스 키보드 http://tech.knime.org/community/enalos-nodes [11]
Enalos+KNIME 노드 독자 사양 키보드 http://enalosplus.novamechanics.com/ [12]
분자 조작 환경(MOE) 독자 사양 과학적 벡터 언어 https://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm
오픈 바벨 오픈 소스 C++, Python, Java, Perl, C#, Ruby http://openbabel.org/ ,[13][14]
Rcpi 오픈 소스 R https://bioconductor.org/packages/Rcpi [15]
RDKit BSD-3-Clause 라이선스 C++, Python https://www.rdkit.org/
SMSD Creative Commons 귀속 자바 http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/SMSD/ [16]

레퍼런스

  1. ^ Jean-Loup Faulon; Andreas Bender (April 2010). Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman & Hall. ISBN 978-1420082920.
  2. ^ Johann Gasteiger (November 2003). Chemoinformatics. Wiley-VCH. ISBN 3527306811.
  3. ^ McGuire R, Verhoeven S, Vass M, Vriend G, de Esch IJ, Lusher SJ, Leurs R, Ridder L, Kooistra AJ, Ritschel T, de Graaf C (2017). "3D-e-Chem-VM: Structural cheminformatics research infrastructure in a freely available Virtual Machine". J. Chem. Inf. Model. 57 (2): 115–121. doi:10.1021/acs.jcim.6b00686. PMC 5342320. PMID 28125221.
  4. ^ Kooistra AJ, Vass M, McGuire R, Leurs R, de Esch IJ, Vriend G, Verhoeven S, de Graaf C (2018). "3D-e-Chem: Structural Cheminformatics Workflows for Computer-Aided Drug Discovery". ChemMedChem. 13 (6): 614–626. doi:10.1002/cmdc.201700754. PMC 5900740. PMID 29337438.
  5. ^ 화학 정보학, 생물학 및 소셜 네트워크를 조합한 새로운 웹 기반 도구.Hohman M, Gregory K, Chibale K, Smith PJ, Ekins S, Bunin B Drug Discov Today.2009년 3월 14일 (5-6일) : 261-70.
  6. ^ Steinbeck C, C.; Han Y; Kuhn S; Horlacher O; Luttmann E; Willighagen E (2003). "The Chemistry Development Kit". J. Chem. Inf. Comput. Sci. 43 (2): 493–500. doi:10.1021/ci025584y. PMC 4901983. PMID 12653513.
  7. ^ Steinbeck C., Christoph; Hoppe C.; Kuhn S.; Floris M.; Guha R.; Willighagen E.L. (2006). "Recent Developments of the Chemistry Development Kit (CDK) - An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics". Curr. Pharm. Des. 12 (17): 2111–2120. doi:10.2174/138161206777585274. hdl:2066/35445. PMID 16796559.
  8. ^ Willighagen, Egon L.; Mayfield, John W.; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomáš; Rojas-Chertó, Miquel; Spjuth, Ola; Torrance, Gilleain; Evelo, Chris T.; Guha, Rajarshi; Steinbeck, Christoph (December 2017). "The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching". Journal of Cheminformatics. 9 (1): 33. doi:10.1186/s13321-017-0220-4. PMC 5461230. PMID 29086040. S2CID 2019985.
  9. ^ Cao, Y; Charisi, A; Cheng, LC; Jiang, T; Girke, T (2008). "ChemmineR: A Compound Mining Framework for R." Bioinformatics. 24 (15): 1733–1734. doi:10.1093/bioinformatics/btn307. PMC 2638865. PMID 18596077.
  10. ^ Wang, Y; Backman, TW; Horan, K; Girke, T (2013). "fmcsR: Mismatch Tolerant Maximum Common Substructure Searching in R." Bioinformatics. 29 (21): 2792–4. doi:10.1093/bioinformatics/btt475. PMID 23962615.
  11. ^ Knime 필요(http://www.knime.org/)
  12. ^ KNIME 필요(http://www.knime.org/)
  13. ^ 모든 화학 파일 형식을 읽고 씁니다.
  14. ^ O’Boyle N; Banck M; James C; Morley C; Vandermeersch T; Hutchison G (2011). "Open babel: an open chemical". Journal of Cheminformatics. 3 (33): 33. doi:10.1186/1758-2946-3-33. PMC 3198950. PMID 21982300.
  15. ^ Cao DS, Xiao N, Xu QS, Chen AF (Jan 2015). "Rcpi: R/Bioconductor package to generate various descriptors of proteins, compounds and their interactions". Bioinformatics. 31 (2): 279–281. doi:10.1093/bioinformatics/btu624. PMID 25246429.
  16. ^ S. Asad Rahman, Syed; M. Bashton; G. L. Holliday; R. Schrader; J. M. Thornton (2009). "Small Molecule Subgraph Detector (SMSD) Toolkit". Journal of Cheminformatics. 1 (12): 12. doi:10.1186/1758-2946-1-12. PMC 2820491. PMID 20298518.