코파시

COPASI
코파시
초기 릴리즈2004년 10월 11일; 17년 전(2004-10-11)
안정적 해제
4.25 (빌드 207호) / 2019년 3월 15일; 2년 전(2019-03-15)
리포지토리
기록 위치C++
운영 체제Linux, MacOS 및 Microsoft Windows
플랫폼Qt
면허증아티스틱 라이선스
웹사이트copasi.org

COPASI[1](COMplex PAthway SImulator)는 신진대사 네트워크, 세포 신호 경로, 규제 네트워크, 전염병 등 생물학적 과정의 수학적 모델을 만들고 해결하기 위한 오픈소스 소프트웨어 애플리케이션이다.

역사

COPASI는 페드로 멘데스에 의해 1990년대 초에 개발된 제파시[2] 시뮬레이션 소프트웨어에 기반을 두고 있다.COPASI의 초기 개발은 버지니아 생물정보학 연구소와 클라우스 츠치라 재단의 자금 지원을 받았다.현재의 개발 노력은 국립보건원, BBSRC, 독일 교육부로부터의 보조금으로 뒷받침된다.

개발팀

코파시는 맨체스터 대학교(영국), 하이델베르크 대학교(독일), 버지니아 생물정보학 연구소(미국)가 국제적으로 협력한 결과다.프로젝트 주임 조사관은 페드로 멘데스와 우슐라 쿠머다.주요 소프트웨어 설계자는 Stefan Hoops와 Sven Sahle이다.

특징들

COPASI는 생물학적 프로세스의 모델을 정의하고, 이러한 모델을 시뮬레이션 및 분석하며, 분석 보고서를 생성하고, SBML 형식의 모델을 수출입하는 기능을 포함한다.

  • 모델 정의:모델은 분자종 사이의 화학반응으로 정의된다.모델의 역학은 개별 반응과 관련된 비율 법칙에 의해 결정된다.모델에는 시스템의 역학을 지정하는 데 도움이 될 수 있는 컴파트먼트, 이벤트 및 기타 전역 변수도 포함될 수 있다.[3]
  • 과제: 과제는 모델에서 수행할 수 있는 여러 가지 분석 유형이다.여기에는 정상 상태 분석,[4] 확률적 시뮬레이션 알고리즘을 이용한 타임 코스 시뮬레이션, 대사 제어 분석, 랴푸노프 지수 연산, 시간 척도 분리, 파라미터 스캔, 최적화, 파라미터 추정 등이 포함된다.
  • 가져오기 및 내보내기: COPASI는 Gepasi 형식뿐만 아니라 SBML 형식의 모델도 읽을 수 있다.COPASI는 SBML, C 프로그래밍 언어의 소스 코드, 버클리 마돈나 파일, XPPAUT 파일 등 여러 가지 다른 형식으로 모델을 작성할 수 있다.

참조

  1. ^ Hoops, S.; Sahle, S.; Gauges, R.; Lee, C.; Pahle, J.; Simus, N.; Singhal, M.; Xu, L.; Mendes, P.; Kummer, U. (2006). "COPASI--a COmplex PAthway SImulator". Bioinformatics. 22 (24): 3067–3074. doi:10.1093/bioinformatics/btl485. PMID 17032683.
  2. ^ Mendes, P. (1993). "GEPASI: A software package for modelling the dynamics, steady states and control of biochemical and other systems". Computer Applications in the Biosciences. 9 (5): 563–571. doi:10.1093/bioinformatics/9.5.563. PMID 8293329.
  3. ^ Srinivasan, Bharath (2020-09-27). "Words of advice: teaching enzyme kinetics". The FEBS Journal. 288 (7): 2068–2083. doi:10.1111/febs.15537. ISSN 1742-464X. PMID 32981225.
  4. ^ Srinivasan, Bharath (2021-07-16). "A Guide to the Michaelis‐Menten equation: Steady state and beyond". The FEBS Journal: febs.16124. doi:10.1111/febs.16124. ISSN 1742-464X.

외부 링크