상호작용 예측의 임계평가
Critical Assessment of Prediction of Interactions상호 작용의 PRedicate Assessment(CAPRI)는 단백질-단백질 도킹이라고도 하는 단백질 복합체의 분자 구조를 모델링하는 지역사회 차원의 실험이다.
CAPRI는[1] 지역 사회 전체의 연구자들이 평가자들이 제공한 것과 같은 단백질을 도킹하려고 시도하는 진행 중인 일련의 사건이다.회진은 약 6개월마다 열린다.각 라운드에는 최근 실험적으로 구조가 결정된 1~6개의 표적 단백질-단백질 콤플렉스가 들어 있다.좌표와 좌표는 평가자가 개인적으로 보유하고 있으며, 이를 결정한 구조 생물학자들의 협력도 함께 이루어진다.CAPRI 실험은 제출자가 해결된 구조를 알지 못하며, 평가자는 제출물과 작성자의 신원 사이의 일치성을 알지 못한다는 점에서 이중 블라인드다.
참고 항목
- 단백질 구조 예측 기법의 비판적 평가 - 단백질 구조 예측 분야에서의 유사한 운동
- CAFA(기능 주석)의 중요도 평가
참조
- ^ Joël Janin; Kim Henrick; John Moult; Lynn Ten Eyck; Michael J E Sternberg; Sandor Vajda; Ilya Vakser; Shoshana Wodak (1 July 2003). "CAPRI: a Critical Assessment of PRedicted Interactions". Proteins. 52 (1): 2–9. CiteSeerX 10.1.1.461.3355. doi:10.1002/PROT.10381. ISSN 1097-0134. PMID 12784359. S2CID 31489448. Wikidata Q28208450.
외부 링크
CAPRI에 참여하는 예측 서버 목록
- 클루스프로
- 그램-X
- 파이어독
- 웨이백 머신에 보관된 2020-01-29 - 고밀도 기반 단백질-단백 도킹
- PyDockWEB — 단백질-단백질 상호작용의 구조적 예측
- 패치독
- 스무디독
- 3D-Garden — 글로벌 및 절제된 도킹 탐색 넥서스
- 스쿼드독
- 도크/파이
- 스파이더 - 채점 단백질-단백질 상호작용
