바이오PHP
BioPHP| 원본 작성자 | 호세바 비칸디 박사 |
|---|---|
| 기록 위치 | PHP |
| 플랫폼 | 크로스 플랫폼 |
| 유형 | 생물정보학 |
| 면허증 | GNU GPL 버전 2 |
| 웹사이트 | biophp |
BioPHP는 오픈 소스 PHP 코드의 모음으로 DNA 및 단백질 시퀀스 분석, 정렬, 데이터베이스 파싱 및 기타 생물정보학 도구를 위한 클래스가 있다.바이오루비는 GNU GPL 버전 2 라이선스에[1] 따라 출시되며, 코드 중복을 줄이기 위해 고안된 다수의 바이오* 프로젝트 중 하나이다.[2]오픈소스 생물정보학 프로젝트로서, 바이오PHP는 오픈 바이오정보학 재단에 소속되어 있다.[3]
역사
바이오PHP 프로젝트는 2003년 세르게 그레고리오가 시작한 진피피피에서 성장했다.GenePHP는 BioPerl, BioPython, BioRubby와 같은 유사한 생물정보학 패키지의 PHP 기반 구현으로 구상되었다.BioPHP는 2005년 12월 스페인 바스크 대학교의 Joseba Bikandi에 의해 GenePHP의 연장으로 개발되었다.GenePHP는 현재 바이오PHP를 형성하고 있는 네 가지 프로젝트 중 하나이다.[1]
프로젝트
BioPHP는 4개의 '프로젝트'로 나뉜다.GenePHP 프로젝트는 다른 바이오* 프로젝트와 유사한 구조를 가지고 있으며, (다른 것 중 가장 많은) DNA와 단백질 시퀀스 및 시퀀스 정렬을 나타내는 여러 클래스가 있다.각 등급은 다수의 BioPHP 프로젝트에서 유용할 정도로 일반적이 되도록 설계되었다.마찬가지로 Functions 프로젝트는 클래스 객체에 대한 작업을 수행하기 위한 여러 기능을 만들고 프로젝트 간 코드 복제를 줄이는 것을 목표로 한다.Minitools 및 Tools 프로젝트는 소규모 반복 작업을 위한 PHP 스크립트 세트를 생성하는 것을 목표로 한다. Tools 프로젝트의 스크립트는 일반적으로 비 PHP 스크립트 및/또는 코드(예: Perl 또는 C로 작성됨)와의 인터페이스와 같은 특별한 요구사항을 가지고 있다.[1]
참고 항목
참조
- ^ a b c "BioPHP Wiki - Info". Retrieved 13 August 2015.
- ^ Mangalam H (2002). "The Bio* toolkits--a brief overview". Brief Bioinform. 3 (3): 296–302. doi:10.1093/bib/3.3.296. PMID 12230038.
- ^ "Projects - Open Bioinformatics Foundation". Retrieved 13 August 2015.
