재정적으로 불안한 출발을 한 뒤 1931년 베지르크스리가 라인-사르로 승격할 때까지 하위리그로 꾸준히 진출했지만 그 수준에서 단 한 시즌만 뛰다가 다시 내려왔다.1943년, TSV발도르프, VfB 비슬로흐와 함께KSG 발도르프-비슬로흐로 통합되었다.SG 산트하우젠은 1945년 말 독립 클럽으로 재창단되었다.6년 후, 그것은 원래의 이름을 다시 불렀다.산트하우젠은 란데스리가나 2부에서 축구를 했다.아마츄어리그는 1956년까지 1부 리그에 진출했다.아마추어 리그 노르트바덴1977년 독일 아마추어 챔피언십에서 준우승을 차지했고 1978년 오버리가 바덴뷔르템베르크에 진출해 꾸준히 상위권을 차지했다.산트하우젠은 1980년대 오버리가와 1993년 독일아마추어챔피언십에서 세 차례 우승을 차지했다.1995년과 2000년에 연속 오버리가 우승을 차지하였고, 2007년에 가장 최근 우승을 차지하여 레기오날리가 수트(II)로 승격하였다.
2005년 말부터 2006년 초까지 산하우젠과 TSG 1899호펜하임, FC 아스토리아 발도르프를 합병하여 FC 하이델베르크 06을 창단하기 위한 협상은 산하우젠과 발도르프 양측의 제안에 대한 반발과 새로운 구장의 하이델베르크에 대한 합의의 실패로 무산되었다.
2007-08 시즌은 2인승으로 성공적인 시즌을 보냈다. 분데스리가 승진은 거의 시즌 말까지 진행되었고 새로운 3강에 쉽게 진출할 수 있었다. 리가. 2012년, 구단은 3강전에서 승리했다.리가와 그에 따라 2부 리그로의 승격.분데스리가.그 클럽은 창단 2회를 마쳤다.그러나 MSV 뒤스부르크가 자격증을 거부당하면서 2013-14시즌은 12위로 마감하였다.