메타페노믹스

Metaphenomics

메타테노믹스는[1] 메타분석을 통해 식물이나 다른 유기체의 페놈을 연구한다.주요 목표는 대규모 a-바이오틱 환경 요인에 대한 광범위한 표현형질의 용량-반응 관계를 확립하는 것이다.

이론적 근거

식물에 미치는 환경의 영향을 연구하는 일반적인 방법은 관심 있는 한 종의 개인 하위그룹이 한 가지 환경 요인(예: 빛, CO2)의 다른 레벨에 노출되는 실험을 설정하는 것이다. 반면에 다른 모든 요인은 유사하다.이러한 연구들은 식물이 환경에 반응하는 방식에 대한 많은 통찰력을 낳았지만, 고전적인 메타분석을 통해 통합하는 것은 어려울 수 있다.그 이유 중 하나는 표현적 특성이 종종 환경에 비선형적으로 반응하기 때문이다.'저2 CO'와 '고2 CO' 재배 식물의 차이를 평가하기보다는 CO2 수준 실험이 수행된 경우를 고려한 용량-반응 곡선을 도출하는 것이 좋을 것이다.메타페노믹스는 다양한 실험에서 용량-반응 곡선을 계산하는 방법을 사용하며, 어떤 표현형질이나 많은 환경변수에 적용할 수 있다.

방법

메타페노믹스에 사용되는 방법의 핵심은 특정 종에 대한 모든 표현형 데이터 또는 유전자형 데이터를 관심 있는 환경변수(예: CO2)의 모든 수준에서 해당 환경변수의 기준값으로 그들이 가지고2 있는 값(예: CO 농도 400ppm)으로 스케일링하는 것이다.이렇게 하면 관심의 성질에 있는 종이나 유전자형 간의 고유 변동을 제거하는데, 모든 실험과 종의 경우 400ppm으로 스케일링된 값이 1.0이 된다.이후 데이터에 수학적 방정식을 결합하여 일반 선량-반응 곡선을 도출할 수 있다.[2]

결과

결과는 일반적으로 하나의 표현형질성에 대한 용량-반응 곡선을 다양한 환경변수에 대해 비교하거나 하나의 환경요인에 대한 반응에 대해 많은 다른 표현형질들을 분석하는 곡선군이다.[3][4][5]이것은 식물이나 다른 유기체가 환경에 반응하는 여러 가지 방법에 대한 단순하고 정량적인 개요를 제공한다.

참고 항목

참조

  1. ^ "Plant Meta-Phenomics". www.metaphenomics.org.
  2. ^ Poorter, Hendrik; Niinemets, Ülo; Walter, Achim; Fiorani, Fabio; Schurr, Uli (May 2010). "A method to construct dose–response curves for a wide range of environmental factors and plant traits by means of a meta-analysis of phenotypic data" (PDF). Journal of Experimental Botany. 61 (8): 2043–2055. doi:10.1093/jxb/erp358.
  3. ^ Poorter, Hendrik; Niinemets, Ülo; Poorter, Lourens; Wright, Ian J.; Villar, Rafael (16 April 2009). "Causes and consequences of variation in leaf mass per area (LMA): a meta‐analysis". New Phytologist. 182 (3): 565–588. doi:10.1111/j.1469-8137.2009.02830.x.
  4. ^ Esteban, Raquel; Barrutia, Oihana; Artetxe, Unai; Fernández-Marín, Beatriz; Hernández, Antonio; García-Plazaola, José Ignacio (April 2015). "Internal and external factors affecting photosynthetic pigment composition in plants: a meta-analytical approach". New Phytologist. 206 (1): 268–280. doi:10.1111/nph.13186.
  5. ^ Poorter, Hendrik; Niinemets, Ülo; Ntagkas, Nikolaos; Siebenkäs, Alrun; Mäenpää, Maarit; Matsubara, Shizue; Pons, ThijsL. (8 April 2019). "A meta‐analysis of plant responses to light intensity for 70 traits ranging from molecules to whole plant performance". New Phytologist. doi:10.1111/nph.15754.