크레노박터 동굴

Crenobacter cavernea

C. Cavena Cave-375는 이전에 발견된 Crenobacter cavenae 균주 K1W11S-77ͭ와 밀접한 관련이 있는 그램 음성 세균입니다. C. cavena Cave-375는 형태학적으로 직접 설명되지 않았지만 관련 균주 K1W11S-77ͭ는 "봉 모양, 운동성 및 엄격하게 호기성이 있는 새로운 박테리아"[1]입니다.

그것의 신진대사는 아직 결정되지 않았습니다.

C. cavenea Cave-375는 떨어지는 종유석에서 나온 물 샘플에서 처음 확인되었습니다.이 종유석은 포르투갈 [2]서부의 카르스트 에스트레마두라 석회암 마시프에 있는 알가르도 페나 동굴에 위치해 있었습니다.

C. cavenea Cave-375는 처음으로 분리되었고 "25도의 [2]영양 한천에서 자랐습니다."

그것의 생태는 아직 알려져 있지 않습니다.C. cavernea Cave-375의 게놈 서열 분석을 통해 생태학적 영향을 [2]확인할 수 있어야 합니다.

다양성

C. cavernea Cave-375는 프로테오박테리아 문, Neisseriaceae과, 그리고 Crenobacter cavernea 종에 속합니다.CAVE-375 얼룩의 16s rRNA를 크레노박터 동굴 종과 비교하여 99%의 유사성 값을 계산했습니다.게놈 대 게놈 거리 계산기를 사용하여 DNA-DNA 교배를 비교했을 때 62.66%의 교배율이 [2]발견되었습니다.

게놈

"NZY 미생물 gDNA 분리 키트(NZYTech, 포르투갈)[2]를 사용하여 C. cavenea Cave-375에서 게놈 DNA를 추출했습니다."그리고 나서 전체 게놈은 전체 게놈 샷건 염기서열 분석 방법을 사용하여 염기서열을 분석했습니다.이를 통해 "17,325,372개의 고품질 원시 시퀀스를 N 값이 323,281이고50 총 게놈 크기가 2,273,143개의 염기쌍(2.9Mb)[2]인 15개의 콘티그로 조립했습니다." NCBI 원핵생물 게놈 주석 파이프라인은 65.9%의 GC 함량과 단백질 및 tRNA에 대한 염기서열 코딩을 식별할 수 있었습니다.이 [2]방법을 사용하여 "2,779개의 단백질 코딩 서열과 63개의 tRNA 서열"을 확인했습니다.

레퍼런스

  1. ^ Zhu, Hai-Zhen; Jiang, Cheng-Ying; Liu, Shuang-Jiang (2019). "Crenobacter cavernae sp. nov., isolated from a karst cave, and emended description of the genus Crenobacter". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 69 (2): 476–480. doi:10.1099/ijsem.0.003179.
  2. ^ a b c d e f g Coelho, Catarina; Veríssimo, António; Tiago, Igor (2019). "High-Quality Draft Genome Sequences of Crenobacter cavernae Strain CAVE-375 and Oxalobacteriaceae sp. Strain CAVE-383, Two Bacteria Isolated from Dripping Water in a Karstic Cave in Portugal". Microbiology Resource Announcements. 8 (12). doi:10.1128/MRA.00127-19.