비소프트

Bsoft

Bsoft는 구조 생물학에서 이미지와 분자 처리를 위한 소프트웨어 개발을 위한 프로그램 및 플랫폼의 집합체다.구조 생물학의 문제들은 고도로 모듈화된 설계로 접근하여 파일 I/O와 같은 문제들의 부담 없이 새로운 알고리즘을 신속하게 개발할 수 있다.그것은 쉽게 접근할 수 있는 인터페이스, 즉 다른 패키지에서 사용할 수 있고 사용되어 온 자원을 제공한다.단일 입자 분석 및 단층 촬영과 같은 몇 가지 워크플로우는 매개 변수 교환과 함께 지원되며 이기종 컴퓨터 클러스터 간에 분산 처리를 수행할 수 있다.

기술적 세부사항

버전: 1.8.8

OS 지원: Unix(Mac OS X, IRIX, Linux, AIX, Solaris, Tru64), OpenVMS

형식 지원:

  • 이미지: BioRad, Brix, CCP4, 디지털 Instruments, Digital Micrograph, DSN6, EM, Goodford, GRD, Imagic, JPEG, MFF, Image Magick, MRC, PIC, PIF, PNG, Spider, Suprim, TIFF, RAW
  • 마이크로그래프 파라미터: STAR(Bsoft 사전), XML(Bsoft 스키마), EMX(EM 교환 형식 스키마)
  • 시퀀스: EMBL, Fasta, Genbank, Philip, PIR, STAR, 텍스트
  • 분자 모델링: 그로맥스, PDB, STAR/mmCIF, 텍스트, WAH
  • 일반 모델링:키메라 마커 모델, STAR(Bsoft 사전), XML(Bsoft 스키마)

출판물

  • 헤이만 JB (2001) Bsoft : 전자현미경에서의 영상과 분자처리.구조 생물학 저널 133(2/3), 156 - 169.
  • Heymann JB and Belnap DM (2007) Bsoft: 전자 현미경 검사를 위한 이미지 처리 및 분자 모델링.구조 생물학 저널 157(1) 3 - 18.
  • Heymann JB, Cardone G, Winkler DC 및 Steven AC(2008) Bsoft에서 극저온 단층촬영을 위한 계산 리소스.Structural Biology 161(3), 232 – 242.
  • Heymann JB (2018) 전자 마이크로그래프의 생체 분자 구조 검증 및 고해상도 재구성에 대한 Bsoft 사용 지침.단백질 과학 27(1), 159-171.
  • Heymann JB(2018) Bsoft for the Map Challenge를 이용한 단일 입자 재구성 및 검증.구조 생물학 저널 204(1), 90-95.

참고 항목

외부 링크