1988 JSL 컵 결승은 JSL 컵 대회의 13번째 결승전이었다.결승전은 1988년 9월 11일 미에 요코이치 경기장에서 열렸다.닛산 자동차가 우승을 차지했다.[1]
닛산자동차가 히라카와 히로시, 미즈누마 다카시 등의 골로 도시바를 3-0으로 꺾고 첫 우승을 차지했다.